创办于1919年，司徒雷登任校长，知名校友：黄华、黄昆、谢婉莹、孙道临等 校训因真理，得自由，以服务(Freedom Through Truth For Service)1952年院系调整，学校民族学系、社会学系、语文系（民族语文系）、历史系并入中央民族学院（今中央民族大学），法学院并入北京政法学院（今中国政法大学）、中国人民大学，经济学系并入中央财经学院（今中央财经大学），其他文科、理科多并入北京大学，工学院并入清华大学，医学系并入中国协和医学院。校舍由北京大学接收，现在其建筑仍为燕京大学古迹。
金陵大学是美国教会1888年在中国南京创办的私立教会大学，1928年向中华民国教育部注册。1951年与私立金陵女子文理学院合并为公立金陵大学。教育家陶行知、诺贝尔文学奖获得者赛珍珠、哲学家方东美、文学史家程千帆等著名校友均出自于此。在美国加利福尼亚大学对外人在华所办大学编类中，金陵大学是教会大学中唯一的A类，持有金陵大学学位的毕业生有资格直接进入美国大学的研究生院。是当时社会评价为“中国最好的教会大学”，享有“江东之雄”、“钟山之英”的美誉。在1952年的院系调整中，金陵大学各院系分别并入南京大学、南京农学院、南京师范学院、南京工学院等高等院校，原私立金陵大学校舍归南京大学，原私立金陵女子文理学院校舍归南京师范学院。 知名校友南怀瑾、陶行知、杭立武、 牟复礼等
1903年，法国天主教会在徐家汇天文台旧址创办震旦学院，由耶稣会奖学基金提供支持，马相伯神父为创始校长。震旦是印度对中国旧称，英、法文校名分别为Aurora University和Université l'Aurore。1903年2月27日，学校在一个小房间里开学，一开始只有24名学生，所设学科有语文、象数、格物、致知四门。耶稣会的P. François Perrin任副校长，另外还有两个学院教父协助。1952年院系调整， 校训：从震旦到光明创办时间：1903年2月27日知名校友：胡文耀、翁文灏、高平子、马君武、戴望舒、徐悲鸿、何振梁等
震旦大学各院系分别归并上海市各有关高等学校（复旦大学、上海交通大学、同济大学等）。
之江大学是基督教美北长老会和美南长老会在中国杭州联合创办的一所教会大学。也是中国的十三所基督教大学之一。林汉达、金仲华、朱生豪（翻译家）等知名人士都是之大校友。1951年，之江大学被浙江省文教厅接管，美籍教员离校回国。在1952年院系调整中解散，院系拆分至浙江师范学院、浙江大学、复旦大学等。
齐鲁大学，正式校名为山东基督教共和大学。为1904年至1952年在中国山东省办学的一所综合性教会大学，由来自美国、英国以及加拿大的多个基督教差会联合开办。学校包括文科、理科、医科、神科、社会教育科、天文科、农科等科系和国学研究所，校园面积达800亩（含医学院）。鼎盛时号称“华北第一学府”，与燕京大学齐名，有“南齐北燕”之称。大陆许多知名学者如老舍先生、历史学家顾颉刚、墨学大师栾调甫、戏剧学家马彦祥等纷纷到此执教。1952年，齐鲁大学在院校调整中被撤销，原校址为今山东大学趵突泉校区。其各学科分别被并入山东大学、山东师范大学、山东农业大学、中国药科大学、南京大学等高校。 校训：尔将识真理，真理必释尔（约翰福音8:32）创办时间：1864年知名校友:老舍、钱穆、顾颉刚等:
校训:Light＆Truth（光与真理）；学而不思则罔，思而不学则殆创办时间:1879年
圣约翰大学是19世纪末到20世纪初中叶，美国圣公会在中国上海创办的一所享有盛誉的高等教育学府，是在华办学时间最长的一所教会学校，被称为“东方哈佛”。她是中国首个全英语授课的大学，以“光与真理”为校训。上海圣约翰大学前身是创建于1879年的圣约翰书院，1905年升格为圣约翰大学，是中国近代最著名的大学之一，也是在华办学时间最长的一所教会学校。1952年院系调整中，被分拆至上海各大名校后解散，原校址分给华东政法大学。该校培育了林语堂、张爱玲、邹韬奋、顾维钧、宋子文、荣毅仁、刘鸿生、贝聿铭、施肇基等一大批影响中国历史的杰出人物。该校解散以后，上海圣约翰大学校董会主席欧伟国会同广州岭南大学校长李应林和香港教会团体，合并包括上海圣约翰大学在内的中国大陆原13所著名基督教大学，创立崇基学院；崇基学院于1963年被并入“香港中文大学
岭南大学是在美国美北长老会海外差会同意下，1888年于中国广州创立的一所不隶属于任何教派的基督教大学。前身为格致书院，开创了中国华侨教育的先河。1952年的中国院系调整中，与原国立中山大学合并组成中山大学，中山大学主校区迁至原岭南大学康乐园校址。1967年“岭南教育扩展会”于香港以岭南书院名义复校，并在1999年复称岭南大学。 校训:作育英才，服务社会创办时间:1888年知名校友:梁羽生、陈少白、史坚如等
除此之外还有 东吴大学（苏州大学前身）、沪江大学（并入复旦大学）、之江大学（并入浙江大学）、福建协和大学（福建师范大学）、长沙雅礼大学（并入湖南大学）、湖北文华大学（华中师范大学前身）、华西协和大学（四川大学华西医学中心）等
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