農民專業合作社想申報相關農業項目和補貼資金，首先自身要做到實事求是不弄虛作假。同時需要完善自己的會計帳目和生產記錄規章制度，並且要積極配合相關單位的審核做好年報工作。
申報過程需要提交的單位和遇到的問題要及時解決，主要申報單位有農業農村局、農機局、商務局、地方農委、農辦、科技局、工商局、企業局等；每個農業項目的申報都有相對的文件和要求，要根據這些文件核實自己的條件是不是達到申報所需要的規定和條件要求。
優惠類政策：
（1）對農民專業合作社銷售農業產品，視同農業生產者銷售自產農業產品，免徵增值稅；
（2）一般納稅人從農民專業合作社購進的免稅農產品，可按13%的扣除率計算抵扣增值稅進項稅額；
（3）對農民專業合作社向本社成員銷售的農膜、種子、種苗、化肥、農藥、農機，免徵增值稅。
補貼類政策：
（1）國家給予農村合作社的補貼政策有：土地流轉補貼、貸款補貼、購農機補貼、種糧補貼、農資綜合補貼、生豬標準化規模養殖場(小區)建設、農業保險補貼、糧食最低收購價政策、退耕還林補貼、草原生態保護補助等。
（2）具體項目申報流程還要根據各省市的具體規定實施。全國很多地區對合作社土地流轉都有補貼，比如浙江省新昌縣對流轉土地種植水稻20畝(蔬菜30畝、其他50畝)以上的經營業主和流出戶，給予一次性獎勵每畝150元。
農業專業合作社要想申報農業項目成功必須紮實完善自己的經營重工作，做好登記和平日的財務報表。並且要積極配合當地農業部門的工作要求，爭取我們合作社項目效益最大化利用。
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