农民专业合作社想申报相关农业项目和补贴资金，首先自身要做到实事求是不弄虚作假。同时需要完善自己的会计帐目和生产记录规章制度，并且要积极配合相关单位的审核做好年报工作。
申报过程需要提交的单位和遇到的问题要及时解决，主要申报单位有农业农村局、农机局、商务局、地方农委、农办、科技局、工商局、企业局等；每个农业项目的申报都有相对的文件和要求，要根据这些文件核实自己的条件是不是达到申报所需要的规定和条件要求。
优惠类政策：
（1）对农民专业合作社销售农业产品，视同农业生产者销售自产农业产品，免征增值税；
（2）一般纳税人从农民专业合作社购进的免税农产品，可按13%的扣除率计算抵扣增值税进项税额；
（3）对农民专业合作社向本社成员销售的农膜、种子、种苗、化肥、农药、农机，免征增值税。
补贴类政策：
（1）国家给予农村合作社的补贴政策有：土地流转补贴、贷款补贴、购农机补贴、种粮补贴、农资综合补贴、生猪标准化规模养殖场(小区)建设、农业保险补贴、粮食最低收购价政策、退耕还林补贴、草原生态保护补助等。
（2）具体项目申报流程还要根据各省市的具体规定实施。全国很多地区对合作社土地流转都有补贴，比如浙江省新昌县对流转土地种植水稻20亩(蔬菜30亩、其他50亩)以上的经营业主和流出户，给予一次性奖励每亩150元。
农业专业合作社要想申报农业项目成功必须扎实完善自己的经营重工作，做好登记和平日的财务报表。并且要积极配合当地农业部门的工作要求，争取我们合作社项目效益最大化利用。
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