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近年來，單細胞測序憑藉技術優勢和針對細胞異質性的研究特性頻繁現身於各頂級期刊。單細胞測序技術，首先要獲取單個細胞，傳統細胞分選由人工或藉助流式平臺完成，但有些細胞不具備特異表面抗原或市面上沒有適用的抗體，無法完成分選，增加了科研研究的難度。基於微流控技術的細胞分選平臺可自動化分選出單個細胞，解決了細胞分選這一難題。
2018年初至今，藉助10xGenomics ChromiumTM平臺研究單細胞轉錄組，已發表40餘篇文章，囊括了CNS等各大期刊。10x Genomics ChromiumTM平臺基於微流控技術，可在7分鐘內分選多至80000個細胞，該技術使用75萬種Barcode序列標記單個細胞，UMI標記轉錄本，應用Cell RangerTM分析軟件得到細胞聚類等結果。
圖1 單細胞PubMed發表文章統計
在腫瘤研究領域，異質性和腫瘤微環境細胞亞型鑑定一直是科研工作者關注的熱點，但樣本上存在分選細胞難、研究需求細胞數量多的問題，技術上受傳統細胞分選技術限制，投入成本較高，很難開展相關研究。利用10x Genomics ChromiumTM平臺可輕鬆研究腫瘤細胞異質性，單個細胞的成本也大大降低。下面，小編就以三個案例來跟大家分享下10x Genomics在腫瘤研究中的應用。
案例一
單細胞轉錄組揭示肝癌細胞中腫瘤幹細胞的異質性
Single‐cell analysis reveals cancer stem cell heterogeneity in hepatocellular carcinoma[1]
期刊：《Hepatology》
影響因子：13.246 ，研究領域：肝癌
樣本：肝癌細胞系HuH1，HuH7，病人肝癌細胞P1
利用10x Genomics單細胞轉錄組測序對肝癌細胞系HuH1，HuH7，病人肝癌細胞P1進行細胞分群和基因表達分析（圖1A），肝癌幹細胞markers在肝癌細胞系中均有表達（圖1B），肝細胞癌markers在三種細胞中均有表達（圖1C），P1主要表達T細胞、B細胞markers（圖1D）。
單細胞轉錄組技術揭示肝細胞肝癌中的癌幹細胞異質性，可用於預後評判，並加深對瘤內細胞異質性，腫瘤演化，臨床症狀的認識。
圖2 肝癌細胞聚類和特異基因表達分析
案例二
單細胞轉錄組揭示腫瘤微環境中巨噬細胞發育
Single-cell profiling of human gliomas reveals macrophage ontogeny as a basis for regional differences in macrophage activation in the tumor microenvironment[2]
期刊：《Genome Biology》
影響因子：11.908， 研究領域：神經膠質瘤
樣本：病人神經膠質瘤組織，神經膠質瘤，小鼠神經膠質瘤模型
流式分選出CD11b+細胞，利用10x Genomics單細胞轉錄組測序，獲得基本的細胞分群，依據巨噬細胞markers篩除非腫瘤相關巨噬細胞，並進行腫瘤相關巨噬細胞（TAMs）的聚類分析。
將病人活檢分選出來的腫瘤相關巨噬細胞與良性組織，神經膠質瘤，小鼠神經膠質瘤模型分選出來的TAMs進行比較，鑑定神經膠質瘤中腫瘤相關巨噬細胞（TAMs）的特異表型，揭示人神經膠質瘤中TAMs的發育機制。
圖3 神經膠質瘤細胞聚類和特異基因表達分析
案例三
A Targetable EGFR-Dependent Tumor-Initiating program in breast cancer[3]
期刊：《Cell Reports》
影響因子：8.282， 研究領域：乳腺癌
樣本：三陰乳腺癌患者衍生異種移植物（PDX）
篩選對EGFR抑制劑吉非替尼作用敏感的PDX個體，根據10x Genomics得到的單細胞轉錄組數據對細胞進行分群，細胞分為6個亞群，定位EGFR高表達的間葉細胞/幹細胞分群，BRCA1突變的細胞系的間葉細胞/幹細胞數值(M/S)較高。
鑑定得到TNBC腫瘤中EGFR表達亞型，該類腫瘤亞型對於EGFR的抑制劑吉非替尼的治療更為敏感。
圖4 PDX細胞聚類和基因表達差異分析
安諾基因10x Genomics團隊新升級
2017年起至今，安諾基因10x團隊致力於為廣大科研工作者提供更好的服務，目前已擁有豐富的項目經驗和強大的技術團隊。
圖5 安諾基因10x Genomics分析結果展示
隨著10x Genomics的廣泛應用，為更專業地服務於廣大科研工作者，安諾基因的10x Genomics團隊新升級，增添更多儀器，不斷擴大團隊。為保證實驗的質量，開展統一培訓，操作流程標準化專業化。
圖6 安諾基因10x Genomics團隊新升級
做單細胞這件事，我們一直很認真。安諾團隊，期待與您的合作！
作為國內單細胞測序技術整體解決方案的領導者，目前安諾基因單細胞多組學研究解決方案已經豐富至三大組學（基因組、轉錄組、表觀組），能夠有針對性並準確服務於不同的研究領域及研究策略，使得科研工作者可以更深入地瞭解細胞間的異質性。
圖7 安諾基因單細胞產品總覽
[1] Zheng Hongping, Pomyen Yotsawat, Hernandez Maria Olga et al. Single-cell analysis reveals cancer stem cell heterogeneity in hepatocellular carcinoma.[J]. Hepatology, 2018.
[2] Müller Sören, Kohanbash Gary, Liu S John et al. Single-cell profiling of human gliomas reveals macrophage ontogeny as a basis for regional differences in macrophage activation in the tumor microenvironment.[J] . Genome Biol., 2017, 18(1): 234.
[3] Savage Paul, Blanchet-Cohen Alexis, Revil Timothée et al. A Targetable EGFR-Dependent Tumor-Initiating Program in Breast Cancer.[J]. Cell Rep, 2017, 21(5):1140-1149.
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