嚴格意義上來說，酵素是食品，不能稱其為“藥”。之所以這樣統稱，其實是所選用發酵的原材料均為“藥食同源”，所以應稱為“藥食同源酵素”，而非“中藥酵素”。
我國素有“藥食同源”之說，萬物均為食，萬物均為藥，食物與藥物同源、同用，藥食同源植物因其具有藥物、食物兩用的功能，在中醫傳統營養學中發揮著重要的作用。
常見的如山楂、山藥、桂圓、阿膠、菊花等，既是常見的食物，又是一味中藥。
儘管國內酵素行業起步晚，但具有民族特色的藥食同源酵素髮展勢頭較好。我國中草藥資源非常豐富，約有五千餘種，常用的有近千種，中醫應用中草藥防病治病已有數千年的歷史，積累了豐富的經驗，為我國發展藥食同源酵素奠定了厚實的基礎。
傳統中藥都需要炮製(用蒸、煮、熬、煎、煉、浸等方法)來增強藥效、降低毒副作用而發酵也是一種炮製方法。並且運用了現代技術的發酵，優勢非常明顯。
以山藥為例，山藥具有多種保健功能，其粘液中的薯蕷皂素(dioscin)經發酵除去糖基後的薯蕷苷元(diosgenin)，其抗炎性，降低血清膽固醇，改善胃腸功能，分泌血清抗體 IgG 的能力可大大提高；黃芪經曲黴或納豆芽孢桿菌發酵後，其免疫調節作用，調節血壓，降血糖，抗癌等功能可明顯增強；還有決明子經發酵後其抗氧化，抗高血壓，抗老年痴呆，抗凝血作用等可大大提高，異黃酮經過酶(異黃酮糖基水解酶)的作用，除去糖基後異黃酮的吸收率可增加 2 ~4 倍。
也就是說，發酵可以使中藥材本身的功效能發揮至更大。並且，經過發酵後，原材料的大分子變成了極易被人體吸收的小分子，吸收更好。
傳統中藥本身就有“是藥三分毒”一說，在現代由於環境汙染、大規模種植等原因，藥食材本身的質量已大不如從前，
而通過現代技術進行的特殊菌種（微生物）的發酵，可以對藥食材中的重金屬、毒性等進行“吞噬”，去除毒性。讓“是藥三分毒”成為歷史。
清宮中，乾隆皇帝89歲，慈禧太后74歲，都屬長壽之人，據記載：清宮健脾成方—八仙糕，亦稱八珍糕，由黨參（或人參）、茯苓、白朮、薏米仁、芡實、扁豆等八味中藥組成，不寒不熱，平和溫補，健脾養胃，屢有奇效，故宮中常用之。
乾隆皇帝、慈禧太后都愛食用八珍糕，有健脾養胃之效。
將此“八珍”材料進行發酵，即可成為健脾養胃之良方，並且效果大大提升。
但中醫講求“辨證論治”，由於發病季節或患者體質等原因的不同，調理方法也不相同，異病同治，同病異治，一人一方。
由此可見，由中醫理論發展而來的藥食同源酵素，與果蔬酵素有所不同。我們常見的果蔬酵素，一般適合所有人服用。而藥食同源酵素，原材料的適配上就採用了中醫組方，這就需要對受眾的體質進行辨證，才能對受眾的亞健康問題有針對性的調理。
比如，由玫瑰花、代代花、佛手、葛根、菊苣、松花粉等進行發酵出來的酵素，適合需要保肝護肝的人群。而身體的哪些症狀表示肝出了問題呢？這就需要具備一定中醫養生知識的人來回答，一般受眾很難搞清這個問題。
因此在選用藥食同源酵素時，不可盲目跟風，找到合適自身體質的酵素，才能使調理效果事半功倍。而在整個行業發展中，企業開發藥食同源酵素的同時，相應的售前售後後服務也應當跟上！
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