早在宋元時期，東南沿海的對外貿易已是一派欣欣向榮的景象，但這一局面隨著明朝的建立戛然而止了。朱元璋稱帝不久的洪武四年（1372年）已下令“仍禁瀕海民不得私出海。”十年之後，明太祖再次重申“禁瀕海民私通海外諸國”，並親令將貿易大港明州改為寧波，冀望海疆能夠海定波寧。非但朱元璋在世時三令五申海禁之令，曾經大規模派遣鄭和統帥船隊進行史無前例遠洋航行的明成祖，打著維護祖制幌子從建文帝手中搶來皇位後就立即在《即位詔》中宣佈：“緣（沿）海軍民人等，近年以來，往往私自下番，交通外國，今後不許。所司以遵洪武事例禁治。”
朱元璋
於是，“海禁”政策作為歷代明朝皇帝不敢輕易的“祖宗舊制”，延續了一個半世紀之久。《大明律》明文規定， “擅造二桅以上違式大船，將帶違禁貨物下海，前往番國買賣”，主犯比照“謀叛”斬首！嚴刑峻法無法掩蓋帝王色厲內荏的內心，就像馬克思說的那樣，“與外界完全隔絕曾是保存舊中國的首要條件。”對於陌生的海洋，出身淮泗農家的皇帝只感到恐懼。朱元璋自承，“朕以海道可通外邦，故嘗禁其往來。”結果，“在世界歷史的這一重要轉折關頭，使中國的力量轉向內部，將全世界海洋留給了西方的冒險事業”。
但紫禁城的主人計不及此。在西方官民協力的大航海時代，大明朝廷卻在費盡心機來阻止東南沿海民間貿易向外發展，而民間貿易勢力為爭得海外貿易的權益，亦不得不首先把主要的精力用於反抗海禁政策的鬥爭。嘉靖年間，海禁之令變本加厲。1547年，巡按浙江御史裴紳（山西人）上奏嚴禁出海捕魚打柴，甚至毫無人性地聲稱“人民雖失山澤之利，地方實免殺戮之苦”。而兵部竟允行此議，無異於朝廷已視東南子民為草芥。隨著兩者對立的陡然激化，一場震動海疆的“倭亂”便接踵而至了。
倭寇
所謂“嘉靖倭亂”，是指從嘉靖三十一年到四十三年（1552-1564年）間，在東南沿海的數省發生的大規模的海盜搶劫和燒殺事件。“數千裡間受其茶毒，所焚劫子女、金帛、廬舍以數萬計，所殺將、吏、民以數千計，所陷城邑、衛所、鄉鎮以數十百計”。更有甚者，明廷從四境調來的御倭兵卒紀律居然比倭寇還差，以至有“寧遇倭賊，毋遇客兵。遇倭猶可避，遇兵不得生”的說法。廣大民眾可謂經歷了一場前所未有的浩劫。
雖雲“倭”亂，但時人已覺察到這一時期的“倭寇”其實多是中國海商（海盜）。南京御史屠仲律（嘉興人）就直言，“海賊稱亂，起於負海奸民通番互市……雖既稱倭夷，其實多編戶之齊民也”。唐樞（湖州人）也說，“寇與商同是人，市通則寇轉為商，市禁則商轉為寇”。東南沿海本就人多地少，破產農民迫於衣食只能下海“通番”。既有“海禁”，自然也就有了“反海禁”。違禁經營海外貿易的商民不惜鋌而走險，走上了武裝走私的道路，淪為海盜（“寇”）。嘉靖年間厲行海禁結果是禁之愈嚴，盜起愈烈，“片板不許下海，艨艟鉅艦反蔽江而來；寸貨不許入番，子女玉帛恆滿載而去”。海禁與“倭患”竟成惡性循環，實在是高壓政策下的時代悲劇。
1565年後，明朝政府雖以巨大的人力財力為代價用武力平定“倭亂”，不少有識之士已發現這場得不償失的戰爭正是海禁種下的惡果，徐光啟（上海人）就感嘆“譬如積水於此，不得不通”。海禁政策嚴重違背了瀕海人民的利益和願望，致使“海濱人人皆賊”，更令統治者有誅不勝誅之感。曾指揮平“倭”戰爭的胡宗憲悲嘆：“邇年蘇（州府）、松（江府）、兩浙連遭倭患，舊賊未及除，而新賊繼至。協從未及招，而附者日踵。”“”
徐光啟
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