1898年6月11日，光緒皇帝頒佈“定國是詔”，實行變法，史稱“戊戌變法”。9月21日，慈禧太后發動政變，“變法”歷時103天，史稱“百日維新”。譚嗣同、林旭、楊銳、楊深秀、劉光第、康廣仁6人被逮捕處死。
袁世凱
一直支持維新變革的袁世凱不但沒有受到牽連，而且此後仕途順利，步步高昇，事實真像傳說的那樣，是袁世凱出賣了光緒帝嗎？在董福祥、聶士成、袁世凱統帥的北洋三軍中，其他兩軍均逐漸式微，為什麼唯獨袁世凱的軍隊發展壯大了呢？
可以說，袁世凱依靠新建陸軍而使仕途一路升遷；同時，新建陸軍也隨著袁世凱的步步高昇而逐漸發展壯大。
由於朝廷在新建陸軍上花費巨大，因此新建陸軍格外受到朝廷的重視，加上袁世凱的練兵有方，軍隊面貌煥然一新，成效顯著，袁世凱受到慈禧太后等人賞識。1896年4月，監察御史胡景桂參奏袁世凱“尅扣軍餉，誅戮無辜”等罪名，在兵部尚書榮祿的遮掩下，袁世凱不但沒有獲罪，反而被提升為直隸按察使，仍專管練兵。1897年，清政府又整飭軍隊，編建精銳軍，分中、前、左、右、後五軍，由榮祿、聶士成、馬玉崑、袁世凱、董福祥五人分別率領。
1898年6月，慈禧太后任命榮祿為直隸總督兼北洋大臣，統率董福祥的甘軍、聶士成的武毅軍和袁世凱的新建陸軍，並稱“北洋三軍”。
慈禧
戊戌變法後，慈禧太后為鞏固京畿重地，命直隸總督榮祿為欽差大臣，節制北洋各軍，組編武衛軍。武衛軍由5支軍隊編成，以聶士城的武毅軍為武衛前軍，駐蘆臺；董福祥的甘軍為武衛後軍，駐荊州、通州；宋慶的毅軍為武衛左軍，駐山海關內外；袁世凱的新建陸軍為武衛右軍，駐小站。榮祿另募新兵萬人為武衛中軍，駐南苑。實際上每軍各踞一方，自成勢力。
此時，袁世凱已升至工部右侍郎。很多人都認為，在戊戌變法中，是袁世凱出賣維新派才導致了變法的失敗。但事實是怎樣的呢？
1898年9月16日，在小站的袁世凱應召赴京覲見光緒帝，得到光緒帝的賞識，升任京卿二品候補侍郎，專辦練兵事務。袁世凱在京期間，維新派代表譚嗣同緊急拜見他，請求其派兵進京，呼應發動政變。但袁世凱考慮到京城內有旗兵數萬人，自己的軍隊只有六七千人，當即予以回絕。那麼，袁世凱告密了嗎？根據袁世凱的一貫風格，他斷不會在帝黨與後黨兩股勢力角力之時，過早地將自己暴露在一個危險的境地，甚至冒著前程盡毀、命懸一線的風險賭上一把。袁世凱深知帝黨沒多大的勝數，後黨實力雄厚，而他站在同情光緒帝與維新派的立場上，應該選擇靜觀其變，坐待事態發展再選邊站隊。事實上，他也是這樣做的。
此外，袁世凱出賣維新派的說法證據不足。第一，如果說袁世凱告密，時間就應該在1898年9月19日這一天，因為18日夜間譚嗣同將“圍園殺後”計劃通報袁世凱，但慈禧直到21日才動手，這不符合慈禧當機立斷的風格。第二，袁世凱無論是直接向慈禧告密，還是通過第三人間接告密，事後都會留下證據，哪怕是間接的證據。但後來袁世凱被革職罷官，有人提出要將他置於死地，光緒之弟載灃也對他恨之入骨，卻沒有一個人能拿出袁世凱出賣變法的任何證據。第三，“戊戌六君子”被殺的同一天，慈禧太后任命榮祿為軍機大臣，取代袁世凱擔任直隸總督兼北洋大臣。袁世凱在戊戌變法後的職務變動，表明他不是撲滅變法的“功臣”，慈禧對他也是不信任的。在9月21日這一天，慈禧可能通過其他信息來源，獲知維新派“圍園殺後”的計劃，而後採取措施的。袁世凱以他久經沙場、老謀深算的歷練在關鍵時刻涉險過關，才有了後來在政治舞臺上大顯身手的機會。
《馬關條約》簽訂後，西方列強爭先恐後掀起瓜分中國的狂潮，都想在中國攫取更多利益。西方列國的不法惡行，激起了中國人民的反抗。1899年10月，義和團運動在山東爆發，發展迅速，引起西方列強的不滿，要求清政府撤換山東巡撫。
1899年12月，清政府委任袁世凱為山東巡撫。袁世凱把山東原有勇隊15000人編成武衛右軍先鋒隊，重新訓練。以後又陸續將勇隊改編成左翼防軍、右翼防軍和海防防軍，部署山東全省各地，在全省範圍內對義和團進行全面彈壓。山東的義和團首領王立言、王玉振、朱士和及其骨幹分子全部被袁世凱擊斃，義和團在山東全省消失。
1900年，八國聯軍侵華，袁世凱在山東率兵自保，按兵不動。7月20日，八國聯軍侵佔北京，榮祿的武衛軍前、後、左、中四路幾乎全部潰敗，聶士成戰死。袁世凱的武衛右軍絲毫無損，戰爭結束時，袁世凱所掌控的兵力已超過原來新建陸軍的兩倍以上，實力得到進一步發展。
李鴻章
1901年，直隸總督兼北洋大臣李鴻章因勞累過度，吐血不止而死。在李鴻章、劉坤一的舉薦下，就在李鴻章去世的同一天，慈禧太后電令袁世凱代理直隸總督兼北洋大臣。1902年6月實授，又賞加他為太子少保。袁世凱成了權傾一時的封疆大臣。
袁世凱出任直隸總督兼北洋大臣以後，仿照武衛右軍編制創建北洋常備軍右鎮，後又續編為5個鎮和1個京旗常備軍。每鎮轄步兵兩協、四標、十二營約12500多人。兩鎮為一軍。李鴻章死後，淮軍群龍無首。袁世凱在接管李鴻章在北洋經營數十年的官辦企業的同時，一併把他的幕府班底也網羅過來。主要有：
楊士驤，安徽泗州人，進士出身，李鴻章的親信幕僚。袁世凱奏舉他為直隸布政使、山東巡撫。
楊士琦，楊士驤之弟，袁世凱讓他充任洋務總文案。
孫寶琦，浙江杭縣人，長期為李鴻章屬吏，袁世凱奏舉他任駐法、德公使。
趙秉鈞，河南汝州人，擅長緝捕，袁世凱委派他創辦巡警。
此外，還有梁士詒、胡惟德、陳壁、吳重熹、齊耀琳、朱家寶、張鎮芳、周學熙、孫多森等。
這些淮系官僚有著豐富的政治經驗，得到袁世凱的提攜後，他們對袁感恩戴德，誓盡肱股之力，使得袁世凱的勢力得以迅速擴大。
1901年，清政府決定廢除綠營制度，在全國範圍內編練三十六鎮新式陸軍，袁世凱於1902年6月在保定成立北洋軍政司（後改稱“督練公所”），自兼督辦。同年底，朝廷任命袁世凱為京旗練兵大臣，負責北方各省的新軍訓練。
1903年4月，榮祿病死，慶親王奕劻入軍機為領班大臣，掌握政府實權。奕劻與袁世凱素來交好，朝政方面更加倚重袁世凱。1903年12月，清廷成立了中央練兵處，統管全國的練兵。奕劻為總理練兵大臣，袁世凱為會辦大臣。袁世凱自此掌管全國的軍制和軍餉。
1905年，袁世凱把北洋陸軍編為六鎮，共約7萬人，擁有全國最精良的裝備。除第一鎮是旗兵外，其餘五鎮的重要骨幹幾乎都是小站練兵時袁世凱的得力干將：第一鎮統制先後為鐵良、鳳山、何宗蓮；第二鎮統制先後為王英楷、馬龍標、張懷芝、王佔元；第三鎮統制先後為段祺瑞、段芝貴、曹錕；第四鎮統制為吳鳳嶺；第五鎮統制先後為吳長純、張永成、張樹元；第六鎮統制先後為王士珍、趙國賢、段祺瑞。當時擔任協統的有雷震春、陳光遠、李純，擔任標統的有王佔元、盧永祥、鮑貴卿、王懷慶、田中玉、楊善德、孟恩遠、唐天喜、王振畿、趙玉珂、王同玉等，擔任營管帶的有何半林、陸錦、李長泰、李厚基、施從濱、閻相文等。
此外，1902年宋慶死後，武衛左軍（前稱毅軍）也逐漸由薑桂題接管。袁世凱也把它納入北洋系統。
在編練新軍的過程中，袁世凱還創辦了一批新式陸軍學堂，如行營將弁學堂、北洋武備速成學堂、保定陸軍小學堂等。通過這些學堂，袁世凱培養了一大批具有現代軍事觀念的中下級軍官，成為北洋軍隊的骨幹力量。
至此，北洋軍已由最初的7000多人增長到八九萬人，成為清王朝新軍的勁旅。隨著北洋軍的擴張，逐漸形成了以袁世凱為領導的軍事政治團體——北洋集團。
中國是傳統的農耕大國，自古有金秋時節閱兵的慣例，稱為“秋操”。這個季節，正好是一年中的農閒時節，糧食收穫歸倉，民眾有飯吃，草盛馬肥，軍糧也不愁。1905年，清帝國在河北河間舉行了“河間秋操”，這是晚清陸軍參演人數最多的一次閱兵。
1906年10月，在河南彰德舉行了一次大閱兵。彰德秋操由袁世凱總負責，編練新軍成全國性行動，各省都有新軍組織閱兵方陣參加演練，而且還派出了官員與有志之士前來觀摩。這其中不乏喝過洋墨水的年輕海歸。他們不但前來觀看考察，還被袁世凱委以裁判教官之任。當時雲南省派來一位24歲的下級軍官，被袁世凱一眼相中，任命其為秋操審判員。這個氣宇不凡的年輕人就是蔡鍔。
秋季大閱兵不是風風光光地亮個相，而是模擬戰爭時的景象，要讓新軍真正適應戰爭的艱苦環境。後來，馮玉祥回憶秋操時常常抱怨：“一整天沒有吃飯，餓得肚裡轆轆作響，又加演習時揹負極重，路上泥濘油滑，士兵受的苦真是一言難盡。”士兵一天不吃飯、負重行軍，很可能是當時有意設計的考驗戰士生存極限的一個環節，就像現在的“鐵人三項”。
河間秋操時還發生了一次士兵踩踏事件。一支上千人的演練隊伍接到命令，趕往一處寺廟集結地宿營休整。結果，整批的隊伍都擠進廟裡，一下子就擠滿了人。而後面還有部隊往裡擠，人撞人，人擠人，有的士兵被擠得站在人身上，有的士兵倒地直叫喚，有的乾脆蹬著人頭爬到了牆上……整個隊伍混亂不堪，直到長官到達後才得以平息。原來這是事先計劃安排上的失誤，最多隻能住兩個營的寺廟，卻要十多個營住進去。到彰德秋操時，演練前期的準備功課都做得比河間秋操時好多了，各項工作都有章可循，演練部隊各就各位，服從指揮，步調一致，秩序井然。
在彰德秋操的大閱兵中，有一支嶄露頭角的新軍令大家眼前一亮，稱讚其為“東南各省首屈一指”，這是哪一支新軍呢？
這就是湖北新軍派來的演練團隊。湖北新軍和領隊總管黎元洪在南北新軍面前著實露了一把臉。秋操前，大家普遍認為袁世凱編練的北洋新軍肯定執此次秋操之牛耳。可在秋操的表演環節中，湖北新軍個個英勇，槍法精準，士氣高昂，軍容嚴整。黎元洪指揮得法，一聲令下，新軍隊列聞聲而動，整齊劃一，雄壯威武，一時令觀摩的王公大臣刮目相看。後來黎元洪被推舉為革命軍湖北軍政府都督，成為中國歷史上唯一一個兩任大總統和三任副總統的人，這與彰德秋操一舉成名不無關係。
1907年3月，徐世昌授任東三省總督，奏準調第三鎮和兩個混成協隨他赴東三省，北洋勢力隨之延伸至東北各省。
除了編練新軍，袁世凱還依照西法，在保定創辦巡警局，以趙秉鈞為總辦，創辦了巡警學堂，組織巡警隊。他還以推行“新政”為名，改革教育、路礦、通商、外交、財政等事務，控制了直隸、山東、河南、東北等一大片地盤，使北洋集團成為清末統治階層中實力最為雄厚的一個軍事政治集團。
袁世凱集重權於一身，引起了一批滿族皇親如軍機大臣、陸軍部尚書鐵良等的不滿。袁世凱在河南彰德組織新軍大閱兵，開始老百姓都躲得遠遠的，因為按照慣常，大批清兵出動常有擾民現象。可頭幾天有人看了會操，軍紀非常嚴明，軍人買東西一律付錢，行軍中沒有士兵敢出隊買吃喝，一傳十，十傳百，當地的老百姓都趕來圍觀。看到袁世凱訓練出來的軍隊排列整齊、雄壯威武，覺得為漢人爭了臉。這些情景令慈禧生髮擔憂，新軍如此訓練有素，兵權掌握在漢人手中，怕不是好事。
1908年11月，光緒皇帝和慈禧太后相繼病死，3歲的溥儀繼位，由其父載灃攝政。攝政王載灃是光緒皇帝的弟弟，攝政王深信“戊戌政變”是袁世凱告了密，欲殺袁世凱替光緒皇帝報仇。
載灃為此徵詢奕劻、張之洞等人的意見。他們都極力反對殺袁世凱，認為袁世凱手握重兵，殺他將激起兵變，令政局更難駕馭。冷靜下來的攝政王發佈諭旨：“袁世凱現患足疾，步履維艱，難勝職任，袁世凱著即開缺，回籍養痾。”1909年1月6日，曾經威風八面的袁世凱，黯然離京回豫。
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