元惠宗妥懽帖睦爾登基之後，為父親伸冤時說道："文宗稔惡不悛，當躬迓之際，乃與其臣月魯不花、也裡牙、明理董阿等謀為不軌，使我皇考飲恨上賓。"
元惠宗言下的月魯不花、明裡董阿是燕帖木兒心腹，是元文宗一朝的核心人物，而也裡牙則是太醫院使
雖然元朝皇帝多短壽，從歷史資料記載，一直到旺忽察都之地是沒有生過什麼病，而此時正是三十歲的盛年。沒有生病，也就沒有必要喝藥？有資料記載："既而帝暴崩，燕帖木兒聞哭聲，即奔入帳中，取寶璽"。
也就是說，燕帖木兒聽見哭聲便立即進帳搶奪玉璽，這怎麼看都不像是毒殺的現場，而與當年"南坡之變"中的元英宗極為相似。因為，從護衛元明宗的軍隊來看，雖有察合臺汗國之汗燕只吉臺護送，但也並沒有率領察合臺汗國的重兵，護衛也只有一千八百三十人而已。
扈從之軍的首腦卻是逆謀的主謀。可以大膽假設，明宗之死，很有可能如元英宗一般，被燕帖木兒控制行宮宿衛後，差人直入行幄，將其刺殺。
元明宗死後，元文宗來了個"入臨哭盡哀"。而燕帖木兒則立即簇擁著原文宗疾驅還上都，一路上"晝則率宿衛士以扈從，夜則躬擐甲胃繞幄殿巡護"。元文宗八月八日於抵達上都。
八月十五日，元文宗圖帖睦爾在上都大安閣再次登基。可以說，為了皇位，元文宗竟然能夠直接（或縱容）殺害同母所生的胞兄，而在明宗死後不到兩年，元文宗又處死了自己的嫂子，元明宗的皇后八不沙，流放了自己的侄子妥懽帖睦爾。
按照規律，這 麼一個經歷坎坷，瞭解民間疾苦而又素有大志的年輕人，登上皇位應可以成為一代英主的。
可元文宗沒有，雖然他在位期間也著實幹了幾件大事，對於實行文治，推廣文化頗有些貢獻，但整個大元朝卻是在他手裡內訌不斷、民生凋敝，日益走向衰落。 而他本人，則被後人看作是被權臣所挾，無所作為的庸懦之君。
文宗重祚以後，修《經世大典》，建圭章閣，欲興文治。 但是文宗在位期間，丞相燕帖木兒自持有功，玩弄朝廷，元朝朝政更加腐敗，國勢更加衰落。文宗在位期間國內多爆發農民起義，大-正在醞釀之中。
至順三年（1332年）八月，文宗病死，終年29歲，死前自悔謀害兄長之事，吐露真情，遺詔立明宗之子以自贖。 死後葬起輦谷，廟號文宗，諡號聖明元孝皇帝，尊號（汗號）札牙篤汗。
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