天启帝即位后，袁可立受命赞理东征军务，备兵防海，“节制两镇，凡一应兵马钱粮、征收调遣、防剿功罪尽归经理”。当其之时，“一方豪杰皆在老公祖幕下” ，他运筹帷幄，节制悍将毛文龙、指挥大将沈有容和张盘飞船往来攻袭于辽海各岛间，战线绵延至千余里，多次挫败后金对明朝沿海一带的侵扰。
天启二年（1622年）十二月，袁可立利用地震的“示警”作用再次向朝廷奏报，要求拨付足够的费用“修战舰，备器械，预筹毛帅之接济。” “更呼吸岛帅（毛文龙），驶千帆继其糒”。时后金“出没于长山、旅顺间，漕艘贾舶多为所梗。”袁可立在“去鼍矶岛四百里”的水域广布水师，“逾铁山联广鹿岛”，又“于皇城岛设参将、守备各一员，练兵三千，以为登莱外薮。又设游兵两营，飞樯往来策应于广鹿诸岛。制炮设墩，旌旗相望。”“奴小至则避之洲，大至则遁之海，用三肄疲敌之法，然后用登、莱兵图四卫之南。”“无事则更番防守，有事则合并策应。又设南游、北游两营，各分讯地，侦逻于广鹿诸岛之间，时东时西，忽远忽近，使敌望之不知所攻，亦不知所守，因劳为逸，反客为主，布帆草筏于是绝迹。”又“如遇运艘经过，便当拨兵防护，期保无虞”从此琉球、朝鲜海运得通，开创了中国军队国际护航的先河历史。
天启三年（1623年）春夏间，努尔哈赤下令大肆屠戮旅顺和金、复一带的百姓，袁可立令登莱水师大兵出海，“联络诸岛，收复旅顺”，以图解救沦陷区内的离散百姓。天启三年三月，袁可立奏报朝廷：“登莱之水师实榆关之犄角，臣与镇道图画者数月。诸凡操练将士、修验船只、合并营伍、简汰官兵稍有次第。”他亲自挑选出精兵“三千六百人，俾总兵沈有容领之先发”，“出海于旅顺、皇城、广鹿、平山等岛，相机进勦”。而副将李性忠所领数千辽左健士，袁可立“于三月十二日饯而送之，嘱以相机进止以固榆关，以联毛帅。”大兵所到之处，“舳舻相接，奴酋胆寒。”后金放弃“金、复不守，而以西虏二万人守盖”。这时袁可立的布局还有一个重要目的就是大兵压境震慑南四卫，以图策应后金复州总兵刘爱塔反正归明。
天启三年六月初四，袁可立令属下的两镇兵马奇兵出袭，“督兵过海，乘虚捣之”。“时星驰至垒，恍光弼之按子仪军也。” 沈有容起兵“自皇城岛掩袭旅顺南四卫”策应于南，毛文龙“自皮岛掩袭镇江九连城”抄袭于北。“巡抚袁可立使总兵沈有容以舟师赴岛上，与毛文龙连兵应之。”“（袁可立）命总兵沈有容于三月十三日率兵出海相机接应。去讫四月内，贼见登兵北来，毛帅之兵又交相接应，……五月登兵与岛帅布置相应。” 当年七月初二日，张盘率领军队和登莱招抚的辽民混编的队伍一举打下金州，乘胜收复要塞旅顺、望海堡和红嘴堡等战略要地，使辽南数百里土地重新收归于明朝。
天启三年六月十八日，总兵毛文龙则自统八千马步精锐，从镇江、汤站一路进击剿杀，后金军队疲于奔命，于二十八日“至镇江、汤站、凤凰城等处安营下寨，以图进剿”， “四面出奇以蹑其后”，“从昌城过满浦以捣其巢”。朱家龙从千家庄出击，王辅从凤凰城进军，曲承恩出兵昌城，易承恩直捣满浦。“复地自金州至永宁堡、旅顺、岫岩、盖州……汤站、凤凰城并镇江一带，计地千有余里。”
袁可立设计策反后金女婿刘爱塔，夜袭金州，收复旅顺，连克金、复、盖三卫及红嘴、望海、永宁等多堡要地，收复辽南三卫及海岛疆土千余里，明朝大部分沿海要地失而复得，后金“四卫已空其三，沿海四百余里之地奴尽弃之而不敢据，所余者酉虏千人而已。”金州、旅顺和复州、永宁等地的收复，在辽海开辟了辽东战场的新局面，使登莱、旅顺、皮岛、石城、宽叆等地连为一条弧线，对后金形成了一道新的屏障和包围圈，不但解除了后金对山东半岛的军事威胁，也令明朝千里海疆重新得到巩固，形成了对后金的海上军事封锁，加重了后金占领区内战略物资的紧张状况。
袁可立是明金交战史上罕见的能向前推进防线并收复失地的杰出将领，充分展示了他作为一代军事家的智谋和韬略。自后金与明交战以来，攻城掠地，战无不克，明将谈金色变，能勉强守住讯地者就称“大捷”。袁可立出镇登莱节制辽海，直接把战线推进到后金既占领土南四卫北端腹地，而刘爱塔被策反更让金人蒙羞。甚至毛文龙部直逼其老巢，给后金带来了交战以来从未有过的梦魇。可以说，袁可立是满清碰到的真正对手和死敌。
满清取得政权后，康乾两世大兴“文字狱”，在自己编修的《明史》中对曾经影响过明清战争史的重要人物袁可立、刘爱塔等一概削去不立传，毛文龙也仅以寥寥数语附于他传之后。陆时化的一部书画著作《吴越所见书画录》竟然因为“《袁节寰墓碑》，犯时忌，祸几不测，先生急取板稿尽毁之。”
终清一朝整个史界对袁可立十分忌惮，所涉传记史料均遭删削。迄今所见董其昌《容台集》各个版本均被抽毁篡改而找不到《节寰袁公行状》只言片语。
金陵陷落后，其子袁枢当四十五岁，秉父志“死忠死孝”不仕满清，抑郁绝食数日而卒。因保城有功，睢州人屡请，死后六十年才得以被清政府入祀乡贤祠。“
直到清光绪十七年，“袁尚书大石坊”仍被睢州知州王枚以“年久失修”为借口强行拆毁。
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