正冠狀病毒亞科（學名：Orthocoronavirinae）, 冠狀病毒可感染哺乳動物、鳥類，引起牛和豬的消化道疾病或雞的上呼吸道疾病。自然界常見，已知可感染人類的冠狀病毒共有七種，會引起人類的呼吸道感染，可引發普通感冒，乃至中東呼吸綜合徵（MERS）和嚴重急性呼吸綜合徵（SARS）、2019年冠狀病毒疾病（COVID-19）等較嚴重疾病。
冠狀病毒亞科屬於網巢病毒目冠狀病毒亞目（Cornidovirineae）冠狀病毒科，又分為α、β、γ、δ等四個屬。冠狀病毒的基因組大小在26,000至32,000個鹼基對之間，是基因組規模最大的一類RNA病毒。冠狀病毒在電子顯微鏡下呈球狀或橢圓形，上有規則排列的囊狀膠原纖維突，形似皇冠狀，因此得名。該病毒囊膜由雙層脂質組成，穿插膜蛋白和纖突蛋白，某些還會有血凝素。病毒內部為RNA和衣殼蛋白組成的核蛋白核心，呈螺旋式結構。
歷史
冠狀病毒最早發現於1960年。最早為在禽類中發現的禽類傳染性支氣管炎病毒（IBV），後在患普通感冒的人類鼻腔中檢測出兩例，分別命名為人類冠狀病毒229E與人類冠狀病毒OC43。
冠狀病毒的成員還包括2003年的嚴重急性呼吸系統綜合症 ，又稱非典型肺炎或SARS。 2004年的人類冠狀病毒NL63。2005年的人類冠狀病毒HKU1。 2012年發現的中東呼吸綜合徵冠狀病毒。2019年發現的2019新冠病毒。上述病毒大多會引起嚴重的呼吸道感染。
傳播途徑
病毒進入人體細胞後，病毒會脫掉外殼將核糖核酸（RNA）基因組釋放到細胞質中。冠狀病毒的RNA基因組有5'甲基化的端帽和3'多聚腺苷酸化的尾。 這使它可以附著在人類的核糖體上進行轉移。
- 甲型冠狀病毒屬（Alphacoronavirus；Alpha-CoV）。 模式種：甲型冠狀病毒一型（Alphacoronavirus 1、Alpha-CoV-1）
- 種：羊駝冠狀病毒（Alpaca-CoV）、甲型冠狀病毒一型（犬冠狀病毒、貓冠狀病毒）、人類冠狀病毒229E（HCoV-229E）、人類冠狀病毒（HCoV-NL63）、長翼蝠冠狀病毒1（英語：Miniopterus Bat coronavirus 1） (Bat-CoV MOP1)、長翼蝠冠狀病毒HKU8 (Bat-CoV HKU8)、豚豕流行性腹瀉病毒 (PEDV)、菊頭蝠冠狀病毒HKU2 (Bat-CoV HKU2)、高頭蝠冠狀病毒512 (Bat-CoV 512)。
- 乙型冠狀病毒屬 (Beta-CoV)。 模式種：鼠類冠狀病毒（M-CoV；小鼠肝炎病毒）
- 種：乙型冠狀病毒一型 (Beta-CoV-1)、人類冠狀病毒HKU1（HCoV-HKU1）、鼠類冠狀病毒（M-CoV）、伏翼蝠冠狀病毒HKU5（Bat-CoV HKU5）、果蝠冠狀病毒HKU9（HKU9-1）、嚴重急性呼吸道綜合症病毒 (SARS-CoV)、扁顱蝠冠狀病毒HKU4（英語：Tylonycteris Bat coronavirus HKU4） (Bat-CoV HKU4)、中東呼吸綜合症冠狀病毒 (MERS-CoV)、人類冠狀病毒OC43 (HCoV-OC43)、刺蝟冠狀病毒（EriCoV）、嚴重急性呼吸系統綜合症冠狀病毒2型 (SARS-CoV-2)[5]、蝙蝠冠狀病毒RaTG13（Bat-CoV RaTG13）。(Bat-SL-CoV ZC45)。
- 丙型冠狀病毒屬（Gamma-CoV）。 模式種：禽類傳染性支氣管炎病毒（IBV）
- 種：鯨豚冠狀病毒（Cetacean coronavirus）、禽類傳染性支氣管炎病毒（IBV）。
- 丁型冠狀病毒屬（Delta-CoV）[7]。模式種：鵯冠狀病毒HKU11（Bulbul-CoV HKU11）
- 種：鴨冠狀病毒HKU20（Wigeon-CoV HKU20）[8]、鵯冠狀病毒HKU11（Bulbul-CoV HKU11）、豬丁型冠狀病毒 (PorCoV HKU15)、文鳥冠狀病毒HKU13（Munia-CoV HKU13）、鶇鳥冠狀病毒HKU12（Thrush-CoV HKU12）。
人類冠狀病毒
目前已有七個已知的人類冠狀病毒種類。其中，嚴重急性呼吸系統綜合症冠狀病毒(SARS-CoV)(廣東肺炎)、中東呼吸綜合症冠狀病毒(MERS-CoV)(中東肺炎)及嚴重急性呼吸系統綜合症冠狀病毒2型（SARS-CoV-2）(新冠肺炎)三種可引起致命的呼吸系統疾病。其餘四種冠狀病毒是人類感冒的常見病原體，通常不會造成嚴重疾病，只限於可能會在少數免疫力差的患者身上出現肺炎等併發症。
人類冠狀病毒229E（英語：Human_coronavirus_229E）（HCoV-229E）
人類冠狀病毒OC43（英語：Human_coronavirus_OC43）（HCoV-OC43）
嚴重急性呼吸系統綜合症冠狀病毒（SARS-CoV）：2003年世界衛生組織發佈新聞稿，指出在亞洲爆發的嚴重急性呼吸系統綜合症（SARS）的病原體是一種新的冠狀病毒，也就是嚴重急性呼吸系統綜合症冠狀病毒（SARS-CoV）。超過8,000人被感染，死亡率約為10%。
人類冠狀病毒NL63（英語：Human_coronavirus_NL63）（HCoV-NL63）
人類冠狀病毒HKU1（HCoV-HKU1）
中東呼吸綜合症冠狀病毒（MERS-CoV）：人類通過與受感染的單峰駝駱直接或間接接觸而受到感染。在中東、非洲和南亞一些國家的單峰駱駝中檢出此病毒。[11]截止2019年12月，中東呼吸綜合徵（MERS）確診2,468例，死亡851例，死亡率約為34.5%。
嚴重急性呼吸系統綜合症冠狀病毒2型（SARS-CoV-2）：2019年12月31日，中國大陸武漢報道了一種新的冠狀病毒株，為避免汙名化疫情首發地區，雖與先前命名方式不同，世界衛生組織將其正式命名為2019-nCoV[12]。此病毒屬於β屬，有包膜，顆粒呈圓形或橢圓形，常為多形性，直徑60-140nm。其基因特徵與SARSr-CoV和MERSr-CoV有明顯區別。目前研究顯示與蝙蝠SARS樣冠狀病毒（bat-SL-CoVZC45）同源性達85%以上。體外分離培養時，2019-nCoV 96個小時左右即可在人呼吸道上皮細胞內發現，而在VeroE6和Huh-7細胞系中分離培養需約6天。
動物冠狀病毒
1970年代初期，確認冠狀病毒可以在動物間傳播。症狀主要為禽類的傳染性支氣管炎，還有腸胃疾病相關症狀。
由冠狀病毒引起的動物疾病
冠狀病毒主要傳染哺乳動物和鳥類的上呼吸道和 腸道。 目前有七個已知的冠狀病毒可以傳染給人類。人類中大部分的感冒是由冠狀病毒引起。冠狀病毒引起感冒主要症狀包括髮燒，喉嚨腫脹，多發於冬季和春季。
冠狀病毒可能導致肺炎，包括病毒性肺炎或細菌性肺炎和支氣管炎。廣受大眾關注的SARS具有獨特的發病機理，因為它會同時導致上層和下呼吸道感染。冠狀病毒的重要性和對經濟的影響是難以評估的，且與人類鼻病毒(另一個種導致普通感冒的病毒)不同，感染人類的冠狀病毒通常很難在實驗室環境裡培養。
冠狀病毒也會在家畜和寵物中傳播，有時會對農畜業造成重大的打擊。禽類傳染性支氣管炎病毒（IBV），不僅會攻擊禽類的呼吸系統，還會引起泌尿生殖系統疾病，病毒會在禽類體內不同的器官間傳播。豬傳染性胃腸炎病毒（TGE）、豬流行性腹瀉病毒（PEDV）等多種冠狀病毒均可導致幼年豬類腹瀉與死亡。冠狀病毒也可引發貓類動物、貂類動物、犬類動物以及鼠類動物相關疾病。
一種與菊頭蝠冠狀病毒HKU2（Bat-CoV HKU2）有關、源自於蝙蝠的豬急性腹瀉綜合徵冠狀病毒（SADS-CoV；SADS冠狀病毒）可導致豬類腹瀉疫情。
家畜冠狀病毒列表
傳染性支氣管炎病毒 (IBV)導致 禽類傳染性支氣管炎.
豬冠狀病毒(傳染性腸胃炎的冠狀病毒).
家畜冠狀病毒(BCV)，導致牛犢嚴重腸炎。
貓科動物冠狀病毒 (FCoV)可導致輕微炎症， 和十分嚴重的貓科動物傳染性腹膜炎 (與FCoV相似的變種病毒)。
兩種狗冠狀病毒 (CCoV)(一種造成腸炎，另一種導致呼吸系統疾病).
火雞冠狀病毒 (TCV) 導致火雞腸炎.
可導致雪貂腸炎的冠狀病毒
死亡率很高的可導致歐洲幼兔腸道疾病和腹瀉的冠狀病毒。
演變
冠狀病毒的源頭最晚可追溯到公元前8000年。 也有可能是公元前8100年。
非冷血飛行動物，蝙蝠和鳥類似乎是冠狀病毒最佳的宿主（蝙蝠攜帶甲型冠狀病毒屬，乙型冠狀病毒屬；鳥類則攜帶丙型冠狀病毒屬和丁型冠狀病毒屬）。
家畜冠狀病毒和狗呼吸系統冠狀病毒來自於1951年的一個共同祖先。 家畜冠狀病毒和人類冠狀病毒OC43於1899年開始分別獨立演化。18世紀家畜冠狀病毒由馬冠狀病毒中分離出來。人類冠狀病毒OC43也有可能是於1890年從家畜冠狀病毒中分離出來的產物。
人類冠狀病毒OC43的最近共同祖先已經追溯到1950年代。
寄存於蝙蝠的冠狀病毒和導致嚴重急性呼吸道綜合症的SARS病毒於1986開始出現分歧。SARS病毒被指出與蝙蝠有密切聯繫。研究人員表明，冠狀病毒與蝙蝠進行了長期的共同演化，SARS病毒最早由舊世界葉形鼻蝙蝠(leaf-nosed bat)攜帶，隨後傳染給菊頭蝠科蝙蝠，之後傳染給果子狸，最後傳染給人類。
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