正冠状病毒亚科（学名：Orthocoronavirinae）, 冠状病毒可感染哺乳动物、鸟类，引起牛和猪的消化道疾病或鸡的上呼吸道疾病。自然界常见，已知可感染人类的冠状病毒共有七种，会引起人类的呼吸道感染，可引发普通感冒，乃至中东呼吸综合征（MERS）和严重急性呼吸综合征（SARS）、2019年冠状病毒疾病（COVID-19）等较严重疾病。
冠状病毒亚科属于网巢病毒目冠状病毒亚目（Cornidovirineae）冠状病毒科，又分为α、β、γ、δ等四个属。冠状病毒的基因组大小在26,000至32,000个碱基对之间，是基因组规模最大的一类RNA病毒。冠状病毒在电子显微镜下呈球状或椭圆形，上有规则排列的囊状胶原纤维突，形似皇冠状，因此得名。该病毒囊膜由双层脂质组成，穿插膜蛋白和纤突蛋白，某些还会有血凝素。病毒内部为RNA和衣壳蛋白组成的核蛋白核心，呈螺旋式结构。
历史
冠状病毒最早发现于1960年。最早为在禽类中发现的禽类传染性支气管炎病毒（IBV），后在患普通感冒的人类鼻腔中检测出两例，分别命名为人类冠状病毒229E与人类冠状病毒OC43。
冠状病毒的成员还包括2003年的严重急性呼吸系统综合症 ，又称非典型肺炎或SARS。 2004年的人类冠状病毒NL63。2005年的人类冠状病毒HKU1。 2012年发现的中东呼吸综合征冠状病毒。2019年发现的2019新冠病毒。上述病毒大多会引起严重的呼吸道感染。
传播途径
病毒进入人体细胞后，病毒会脱掉外壳将核糖核酸（RNA）基因组释放到细胞质中。冠状病毒的RNA基因组有5'甲基化的端帽和3'多聚腺苷酸化的尾。 这使它可以附着在人类的核糖体上进行转移。
- 甲型冠状病毒属（Alphacoronavirus；Alpha-CoV）。 模式种：甲型冠状病毒一型（Alphacoronavirus 1、Alpha-CoV-1）
- 种：羊驼冠状病毒（Alpaca-CoV）、甲型冠状病毒一型（犬冠状病毒、猫冠状病毒）、人类冠状病毒229E（HCoV-229E）、人类冠状病毒（HCoV-NL63）、长翼蝠冠状病毒1（英语：Miniopterus Bat coronavirus 1） (Bat-CoV MOP1)、长翼蝠冠状病毒HKU8 (Bat-CoV HKU8)、豚豕流行性腹泻病毒 (PEDV)、菊头蝠冠状病毒HKU2 (Bat-CoV HKU2)、高头蝠冠状病毒512 (Bat-CoV 512)。
- 乙型冠状病毒属 (Beta-CoV)。 模式种：鼠类冠状病毒（M-CoV；小鼠肝炎病毒）
- 种：乙型冠状病毒一型 (Beta-CoV-1)、人类冠状病毒HKU1（HCoV-HKU1）、鼠类冠状病毒（M-CoV）、伏翼蝠冠状病毒HKU5（Bat-CoV HKU5）、果蝠冠状病毒HKU9（HKU9-1）、严重急性呼吸道综合症病毒 (SARS-CoV)、扁颅蝠冠状病毒HKU4（英语：Tylonycteris Bat coronavirus HKU4） (Bat-CoV HKU4)、中东呼吸综合症冠状病毒 (MERS-CoV)、人类冠状病毒OC43 (HCoV-OC43)、刺猬冠状病毒（EriCoV）、严重急性呼吸系统综合症冠状病毒2型 (SARS-CoV-2)[5]、蝙蝠冠状病毒RaTG13（Bat-CoV RaTG13）。(Bat-SL-CoV ZC45)。
- 丙型冠状病毒属（Gamma-CoV）。 模式种：禽类传染性支气管炎病毒（IBV）
- 种：鲸豚冠状病毒（Cetacean coronavirus）、禽类传染性支气管炎病毒（IBV）。
- 丁型冠状病毒属（Delta-CoV）[7]。模式种：鹎冠状病毒HKU11（Bulbul-CoV HKU11）
- 种：鸭冠状病毒HKU20（Wigeon-CoV HKU20）[8]、鹎冠状病毒HKU11（Bulbul-CoV HKU11）、猪丁型冠状病毒 (PorCoV HKU15)、文鸟冠状病毒HKU13（Munia-CoV HKU13）、鸫鸟冠状病毒HKU12（Thrush-CoV HKU12）。
人类冠状病毒
目前已有七个已知的人类冠状病毒种类。其中，严重急性呼吸系统综合症冠状病毒(SARS-CoV)(广东肺炎)、中东呼吸综合症冠状病毒(MERS-CoV)(中东肺炎)及严重急性呼吸系统综合症冠状病毒2型（SARS-CoV-2）(新冠肺炎)三种可引起致命的呼吸系统疾病。其余四种冠状病毒是人类感冒的常见病原体，通常不会造成严重疾病，只限于可能会在少数免疫力差的患者身上出现肺炎等并发症。
人类冠状病毒229E（英语：Human_coronavirus_229E）（HCoV-229E）
人类冠状病毒OC43（英语：Human_coronavirus_OC43）（HCoV-OC43）
严重急性呼吸系统综合症冠状病毒（SARS-CoV）：2003年世界卫生组织发布新闻稿，指出在亚洲爆发的严重急性呼吸系统综合症（SARS）的病原体是一种新的冠状病毒，也就是严重急性呼吸系统综合症冠状病毒（SARS-CoV）。超过8,000人被感染，死亡率约为10%。
人类冠状病毒NL63（英语：Human_coronavirus_NL63）（HCoV-NL63）
人类冠状病毒HKU1（HCoV-HKU1）
中东呼吸综合症冠状病毒（MERS-CoV）：人类通过与受感染的单峰驼骆直接或间接接触而受到感染。在中东、非洲和南亚一些国家的单峰骆驼中检出此病毒。[11]截止2019年12月，中东呼吸综合征（MERS）确诊2,468例，死亡851例，死亡率约为34.5%。
严重急性呼吸系统综合症冠状病毒2型（SARS-CoV-2）：2019年12月31日，中国大陆武汉报道了一种新的冠状病毒株，为避免污名化疫情首发地区，虽与先前命名方式不同，世界卫生组织将其正式命名为2019-nCoV[12]。此病毒属于β属，有包膜，颗粒呈圆形或椭圆形，常为多形性，直径60-140nm。其基因特征与SARSr-CoV和MERSr-CoV有明显区别。目前研究显示与蝙蝠SARS样冠状病毒（bat-SL-CoVZC45）同源性达85%以上。体外分离培养时，2019-nCoV 96个小时左右即可在人呼吸道上皮细胞内发现，而在VeroE6和Huh-7细胞系中分离培养需约6天。
动物冠状病毒
1970年代初期，确认冠状病毒可以在动物间传播。症状主要为禽类的传染性支气管炎，还有肠胃疾病相关症状。
由冠状病毒引起的动物疾病
冠状病毒主要传染哺乳动物和鸟类的上呼吸道和 肠道。 目前有七个已知的冠状病毒可以传染给人类。人类中大部分的感冒是由冠状病毒引起。冠状病毒引起感冒主要症状包括发烧，喉咙肿胀，多发于冬季和春季。
冠状病毒可能导致肺炎，包括病毒性肺炎或细菌性肺炎和支气管炎。广受大众关注的SARS具有独特的发病机理，因为它会同时导致上层和下呼吸道感染。冠状病毒的重要性和对经济的影响是难以评估的，且与人类鼻病毒(另一个种导致普通感冒的病毒)不同，感染人类的冠状病毒通常很难在实验室环境里培养。
冠状病毒也会在家畜和宠物中传播，有时会对农畜业造成重大的打击。禽类传染性支气管炎病毒（IBV），不仅会攻击禽类的呼吸系统，还会引起泌尿生殖系统疾病，病毒会在禽类体内不同的器官间传播。猪传染性胃肠炎病毒（TGE）、猪流行性腹泻病毒（PEDV）等多种冠状病毒均可导致幼年猪类腹泻与死亡。冠状病毒也可引发猫类动物、貂类动物、犬类动物以及鼠类动物相关疾病。
一种与菊头蝠冠状病毒HKU2（Bat-CoV HKU2）有关、源自于蝙蝠的猪急性腹泻综合征冠状病毒（SADS-CoV；SADS冠状病毒）可导致猪类腹泻疫情。
家畜冠状病毒列表
传染性支气管炎病毒 (IBV)导致 禽类传染性支气管炎.
猪冠状病毒(传染性肠胃炎的冠状病毒).
家畜冠状病毒(BCV)，导致牛犊严重肠炎。
猫科动物冠状病毒 (FCoV)可导致轻微炎症， 和十分严重的猫科动物传染性腹膜炎 (与FCoV相似的变种病毒)。
两种狗冠状病毒 (CCoV)(一种造成肠炎，另一种导致呼吸系统疾病).
火鸡冠状病毒 (TCV) 导致火鸡肠炎.
可导致雪貂肠炎的冠状病毒
死亡率很高的可导致欧洲幼兔肠道疾病和腹泻的冠状病毒。
演变
冠状病毒的源头最晚可追溯到公元前8000年。 也有可能是公元前8100年。
非冷血飞行动物，蝙蝠和鸟类似乎是冠状病毒最佳的宿主（蝙蝠携带甲型冠状病毒属，乙型冠状病毒属；鸟类则携带丙型冠状病毒属和丁型冠状病毒属）。
家畜冠状病毒和狗呼吸系统冠状病毒来自于1951年的一个共同祖先。 家畜冠状病毒和人类冠状病毒OC43于1899年开始分别独立演化。18世纪家畜冠状病毒由马冠状病毒中分离出来。人类冠状病毒OC43也有可能是于1890年从家畜冠状病毒中分离出来的产物。
人类冠状病毒OC43的最近共同祖先已经追溯到1950年代。
寄存于蝙蝠的冠状病毒和导致严重急性呼吸道综合症的SARS病毒于1986开始出现分歧。SARS病毒被指出与蝙蝠有密切联系。研究人员表明，冠状病毒与蝙蝠进行了长期的共同演化，SARS病毒最早由旧世界叶形鼻蝙蝠(leaf-nosed bat)携带，随后传染给菊头蝠科蝙蝠，之后传染给果子狸，最后传染给人类。
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