載淳登基後，鈕祜祿氏和那拉氏被尊為皇太后。鈕祜祿氏為母后皇太后，那拉氏為聖母皇太后。根據《清稗類鈔》記載，咸豐帝在臨死前想學劉徹賜死鉤弋夫人那樣處理掉那拉氏。某天，他春日泛舟，那拉氏毛遂自薦說自己在江南呆過很長時間，划船在行，“乃親理篙楫以侍”，親自搖櫓。划船也是技術活，那拉氏可能太久沒玩過變生手了。“詎文宗立未定，而後篙遽下舟為之側，文宗顛墮水”，竟然把咸豐搖水裡去了。咸豐很不爽，不少人趁機挑撥離間，“以那拉將覆滿洲詛咒之說進”。
話說1619年，海西女真的葉赫部，也就是皇太極的外公家，被努爾哈赤消滅時，最後一代貝勒布揚古說了句話“我葉赫那拉就算只剩下一個女人，也要滅掉建州女真！”正史中沒有記載這句。詛咒在皇太極時開始受到重視。皇太極在位時，翻新瀋陽的舊行宮。挖房基時發現一塊二尺長一尺寬的石板，上刻八個大字：“滅大清者葉赫那拉”。皇太極覺得外公家族陰魂不散，於是規定，皇帝不得以葉赫家族之女為妃，更不可封為皇后。
此時有人重提這個詛咒。咸豐心裡也犯憷，“乃擬致之死”，打算賜死那拉氏。他這個想法曾經跟肅順提起過，“ 朕不日將效漢武帝之於鉤弋夫人故事，卿謂何如？”這是他的家事，誰敢亂髮言。肅順“不敢置一詞”。不說話那就是默認，這事傳到了那拉氏耳朵裡，“銜肅”，恨死他了。如果咸豐殺了那拉氏還好說，他後來又猶豫了憐香惜玉了，這可就把肅順給坑苦了。
咸豐設計的八大大臣輔政方案一投入實施，就出了問題。八大臣想過把皇帝癮，“擅政”。兩宮皇太后在避暑山莊澹泊敬誠殿與託孤八大臣召開第一次最高會議，討論公文流轉的具體操作辦法。尤其是報告、請示和幹部任免等核心問題如何處理。八位大臣沒把兩個女人放在眼裡，不就是30不到的兩個少婦嘛，頭髮長見識短。他們提出，聖旨由大臣草擬，太后蓋章但不能修改。下面打得報告你們倆也不能看。這樣一來，她們倆就成了管公章的小保管員了。
鈕祜祿氏和那拉氏都不傻，堅決不同意。原則性問題沒有討論的餘地，她們要求擁有審核權、修改權、否決權，並決定蓋不蓋章。八大臣說什麼也不能答應這樣的要求，那不等於她倆就是皇上嘛。雙方誰也說服不了誰，爭了四天後，八大臣讓步，同意了她們的要求。這次會議讓兩宮太后看清了八個大臣的野心，她們倆擰成一股繩，打算除掉他們。
恭親王奕忻進入了兩人的視野。
奕忻是咸豐的弟弟，也是皇族裡面最能幹的人才。在咸豐病重的時候，北京有個謠言說洋人想用奕忻代替咸豐。經過肅順這些與奕忻不合的大臣添油加醋一掰活，奕忻被排斥在了託孤大臣行列。肅順還以載淳的名義要求奕忻留在北京，不讓參加咸豐的喪禮。
被擠出最高權力機構之外，奕忻當然不服氣不甘心。太后通過密函的形式聯絡奕忻，他立刻對兩宮拋來的橄欖枝做出了反應，快馬加鞭來到熱河，祭奠咸豐，然後單獨和兩宮太后見了面。這裡出現個問題，肅順等八大臣掌權後，對奕忻是小心防範，明文不讓他赴熱河的。奕忻抗旨到熱河，肅順竟然沒有警覺沒有任何反應？是大意還是出現了什麼變故？沒有史料佐證，總之是見了。單獨會面長達兩小時，主題就是除掉顧命八大臣。
會面結束後不久，兩宮太后突然要求迴鑾北京。肅順感覺事情不大對頭，他以洋人未撤走回京有危險為理由堅決不讓迴鑾。兩宮太后早就想到他會阻攔，那拉氏直說，回京後如有意外，不與你們相干。她必須回到北京，熱河是肅順的地盤，北京有眾多同情和支持奕忻的勢力，只有回到北京才能動手。肅順還是掉以輕心了，兩個小女人“彼何能為”。
這時回到北京的奕忻的勢力已經做好了政變的準備，連要求太后垂簾聽政的摺子都寫好了，就是有名的《董元醇奏請皇太后權理朝政並另簡親王輔政折》。摺子送到肅順面前，他氣得鬍子翹老高；那拉氏看到摺子是高興得辮子翹老高。她趁機用這個摺子來試探肅順等人的態度。再次召開了兩次最高會議，討論如何處理這個摺子。兩宮太后不表態，讓八大臣先講，就是想試探他們的口風。幾個老謀深算的傢伙措辭強烈地抨擊垂簾聽政的想法。
第一次會議的時候，那拉氏還算剋制；第二次的時候就忍不住和八大臣掐起架來，舌戰數小時，劍拔弩張，當庭咆哮，竟然把在場的7歲的小皇帝嚇得直尿褲子，“及董御史疏上，三人糾黨忿爭，聲振殿陛，天子驚怖，至於啼泣，遺溺後衣。”兩宮太后看八大臣態度強硬，只好退讓，等回北京後再做打算。桂良等人一看摺子被駁回，又出了一招，奏請母后皇太后鈕祜祿氏徽號為慈安皇太后，聖母皇太后那拉氏徽號為慈禧皇太后。
回京時，肅順也大意了，他們八個大臣被打散分兩路兩批走，尤其嚴重的是他本人不和慈禧、慈安一批。兩個太后一回京立即與奕忻會面，詳細討論了政變的具體措施。謀劃停當後，兩人於第二天召見奕忻、大學士桂良、周祖培、賈楨、侍郎文祥等人，哭哭啼啼，說這八個老東西欺負人，孤兒寡母的可怎麼生活。這招蕭綽也用過。參加會見的幾個人都已經得到了奕忻的暗示，趕緊獻上一計：先降旨讓他們下崗然後再逮捕。這正是太后和奕忻密謀好的，連炒魷魚的聖旨都寫好了，當眾宣示八大臣的三大罪狀，載垣、端華、肅順下崗，景壽等五個人退出軍機處。宣佈是在八大臣不在場的情況下進行的，等他們知道大勢已去。
政變就這麼輕易地成功了，至始至終都沒有走漏半點風聲，八大臣全軍覆沒。這既可以說是慈禧政治手段高超，也可以認為是肅順等人太輕敵太自大。印章在太后手裡，八大臣如果不除掉她們兩個，所寫的聖旨都難以生效，但是這兩個女人所寫的聖旨馬上就可以蓋章立即就能生效。在這種情況下，他們不主動出擊，一旦陷入被動就萬劫不復。
第三天，兩宮又連發兩道聖旨由奕忻擔任議政王兼軍機大臣，第四天又補升他為總管內務府大臣和宗人府宗令。大學士桂良、戶部尚書沈兆霖、戶部右侍郎寶鋆、鴻臚寺少卿曹毓瑛為軍機大臣。文祥留任，組成了兩宮為核心的新領導集體。慈安太后不熱心權力，實際是以慈禧為核心。她在政變成功後採取了寬鬆的政策，不株連避免打擊面過大。從肅順家抄沒的書信全部焚燬。整個政變是慈禧過人政治智慧的一次充分而集中的展示，巧妙得當的處理不遜色於歷史上任何政變。
1861年12月，兩宮太后在養心殿垂簾聽政，改年號為“同治”。在奕忻的輔佐下，慈禧開展了一系列卓有成效的改革。一個28歲的年輕女人管理著像老牛破車般衰落的龐大國家，竟然還有些起色。要知道她公公道光帝一輩子勤勤懇懇艱苦樸素穿著打補丁的工作服都沒能減慢大清朝下落的速度，被英國佬發動的鴉片戰爭打得滿地找牙。她看到滿洲貴族整體素質下降，也認同肅順所說的“滿人大多是渾蛋”的觀點，大批量起用漢族大臣，曾國藩、左宗棠、李鴻章、沈葆楨、劉長佑、鄭元善、李續宜、嚴樹森、毛鴻賓、江忠義等一大批漢臣成為高層管理人員。簡直就是大換血，嚇得滿族大臣只打冷戰。
規模這麼大的人事調整，讓如此多的漢人控制各省的軍政大權，老祖宗留下的江山就這樣白白的拱手送給漢人了？慈禧不傻，她用的這些人都是被儒家思想控制的，最典型的特點就是忠君。雖然慈禧讀書不多，卻知道漢族的這些讀書人中毒至深容易控制。依靠這些漢族武裝，加上洋人武器彈藥的支持，她先後鎮壓了太平天國、捻軍、苗民和回民起義，暫時避免了清王朝的解體。因為奕忻是洋務派，支持發展軍用、民用工業，建立海軍，加強了軍事實力，促進了工商業發展。風雨飄搖的清王朝竟然開始展現出一點中興的氣象。
說實話，早期的老佛爺慧眼看中的這批文臣武將，可都是出類拔萃的頂尖能人。她能從浩浩蕩蕩多如牛毛的各級幹部中準確無誤地找出“最傑出的政治家、最聰明的顧問、最安全的領導人以及最好的嚮導”，把國內的精英全部聚集在自己周圍為己所用。中國歷史上能像她一樣眼又尖看的又準又敢放權的最高領袖屈指可數。公正地說，她做得不比武則天差，她的胸懷比武則天開闊，她對清朝的貢獻不比孝莊太后少。孝莊、武則天、劉娥這些人生活在王朝的上升時期，人心思定，人才儲備雄厚板凳夠深，略施手腕就可以維持國家正常運轉。慈禧生在亂世，王朝已經在走下坡路，作為一個女性領導人她已經盡力往回拉但無法力挽狂瀾。
她也是一個有七情六慾有血有肉的活生生的人，還是個女人。她愛美，喜歡把自己打扮得漂漂亮亮。她的貼身女官德齡在《清宮二年記》裡說，“她像普通人一樣，愛著各種生物，像花草、樹木、狗、馬等都是她所喜歡的。”她在頤和園種的菊花就有三四千種，還收羅全國各地的奇花異草。據說某天夜裡突然下雨，慈禧被雨聲吵醒，首先想到的是外面正在開放的菊花，直到太監通報已經用蘆蓆把花都蓋好才放心。她個子不高喜歡穿高跟鞋增高，高底平頭鞋（電視劇裡那種旗鞋）是慈禧的最愛，走起路來儀態萬方。她喜歡打麻將，經常召諸的王福晉、格格到宮裡打麻將。沒人敢贏她，所以她每打必贏，贏了就心花怒放。打麻將輸錢是最高超的送禮行賄手法。格格們會裝作無心似地提出哪個朋友哪個親戚沒工作，慈禧一般會很爽快地封個肥缺。她愛讀書，不管是張居正編寫的兒童領導人的培訓教材《帝鑑圖說》，還是《紅樓夢》她都讀得津津有味。《紅樓夢》一直都是清朝的禁書，她卻讓人在長春宮的牆壁上繪製了近二十幅以《紅樓夢》為題材的蘇式彩繪壁畫。還讓人編寫歷代帝王和女主臨朝聽政的經驗教訓《治平寶鑑》，請大臣進行講解，學習管理知識，吸取歷代治國的經驗教訓。
1873年，載淳成年，慈禧還政給他。慈禧對這個獨苗像所有的家長一樣，望子成龍。給他請最好的老師，四位大儒李鴻藻，祁寯（jun）藻，翁心存，倭仁；由恭親王親自給小皇帝制定課程表。皇家擁有的最好的師資力量、最好的教育條件，全部毫無保量地配置給載淳。本來他又沒有高考的壓力，又沒有找工作的苦惱，一門心思讀書就是了。但是他遇到了所有學生都會遇到的問題，課業負擔過重。每天要學騎射，練槍法，學蒙古文，滿文，漢文；學四書五經，唐詩宋詞，春秋左傳。日復一日，年復一年就這些內容。他開始叛逆，開始敷衍了事，讀書根本不在狀態。都16歲了讀個奏摺還困難。更嚴重的是，他的注意力開始往外面的花花世界轉移。寂寞難耐的他經常在伴讀載澂、王慶祺的陪同下帶一群小太監微服出去逛夜市、逛窯子。
載淳親政後實際上沒有能力管理政府，但是他很想從慈禧的陰影裡走出來，就大舉修繕圓明園準備讓慈禧搬過去住。圓明園被燒燬，基本已經是一片廢墟，重修需要大筆資金。國庫的那點銀子還要支付戰爭賠款，這引起了奕訢等王公大臣反對。慈禧何等精明能幹，但是載淳的政治智商卻極低。他竟然對反對繼續施工的恭親王奕忻說“我停工何如？爾等尚有何嘵舌？”“如此位讓爾何如？”皇帝說出這樣低水準的話，把奕忻雷得無語凝噎。
他對這個不成器的侄子是恨鐵不成鋼，要是當初道光把皇位傳給他而不是瘸子咸豐帝，怎麼會出現這樣的無能皇帝。他忍無可忍就把載淳逛窯子的事情給捅了出來。這可惹毛了載淳，馬上下旨讓他下崗。還連帶把奕誴、奕譞、伯訥彥謨詁、景壽、奕劻、文祥、沈桂芬、李鴻藻等10多個人一起炒魷魚。小皇帝上臺後沒啥事做，重修圓明園是他的形象工程、政績工程，誰攔著他他跟誰急！慈禧知道自己的兒子水有多深，一聽說鬧出這麼大動靜，趕緊要求載淳停手。“十年以來，無恭王何以有今日？皇上少未更事，昨諭著即撤銷。” 從這個角度看，慈禧不還政給他也沒有什麼不妥，他哪是那塊料
載淳經常尋花問柳，很快就染上了髒病，據說是梅毒。身上出現紫色斑塊，最後化膿發出惡臭。當時這種病還不常見，一開始當作感冒、天花來治療。當時的種痘技術已經比較成熟，皇族的小孩在嬰兒期都會種痘，出天花肯定是託辭。因為沒有有效的藥物治療，載淳的病迅速惡化，以至於面目全非，猙獰可怕。慈禧都不敢讓兒子照鏡子，吩咐太監把養心殿內所有的鏡子都收藏起來，藏不了就用紅布蓋住。
載淳之所以經常到花街柳巷去嫖，跟慈禧也有很大關係。她年紀越大控制慾越強，有點更年期綜合症，對兒子的私生活橫加干涉。給載淳娶老婆的時候，她看中了刑部江西司員外鳳秀14歲的女兒富察氏，慈安與載淳看中了蒙古狀元崇綺的女兒阿魯特氏。後來採取折中的辦法，阿魯特氏為皇后，富察氏為慧妃。慈禧十分不喜歡阿魯特氏，一是載淳沒采納她的意見；二是阿魯特氏對她伺候得不夠乖巧。於是，她經常挑撥小兩口的關係，派人監視皇后和載淳的夫妻生活，“陰使內監，時復監視之” 。監視了還要說出來讓載淳知道，“謂帝行將親政，國事繁頤，宜節慾，勿時宿內寢”，說什麼要節慾要剋制要保重身體，然後讓太監偷看落實情況。載淳有五個老婆，卻沒辦法享受年輕人該有的生活樂趣，一氣之下搬到乾清宮獨居了。在家被壓制，他就只能偷偷出去發洩，這一發洩病就上身了。
野史記載，某天皇后阿魯特氏去看望載淳，說婆婆又為小事罵她。她不知道隔牆有耳，話立刻傳到了慈禧耳朵裡。她趕到養心殿逮著皇后就打，還讓太監準備棍子行刑。載淳已經病入膏肓，哪受得了這個，立即昏死過去。沒過多久，薨了，阿魯特氏被逼自殺。因為盛傳她是吞金而死，民國時期孫殿英盜墓時，她慘遭剖腹，為的就是找那塊金子。
慈禧對寶貝兒子寄予厚望，本打算輔佐兒子成事，現在兒子死了，她再一次由幕後走到臺前。
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