明太祖朱元璋建立明朝後，將權力進一步收歸君主手中，取消了宰相，六部直接向皇帝彙報，同時地方上和軍權全部收到中央，君主集權制度的巔峰由此開始！
明朝內閣
明朝建立後，隨著天下已定，政權穩固，朱元璋便對這些功高震主的文臣武將展開殺戮，包括宰相李善長、胡惟庸均被誅殺，宰相一職形同虛設，於是朱元璋直接取消了宰相，六部尚書直接向皇帝彙報。
沒有了宰相，國家大事便取決於皇帝一人身上，但又不能設立宰相對自己的君權造成威脅，為了減輕負擔，便設立內閣。將翰林院學士充入內閣成為殿閣大學士，這些品級地下的翰林學士便成了皇帝專屬的秘書，專門負責奏摺的勘察和批示。
內閣的職能相當於宰相，但這個"宰相"權力被極度縮小，到最後成了各部尚書、侍郎的兼職，並且也沒有秦漢時期"宰相"的"君臣共治天下"那等榮耀了。內閣人員負責為皇帝分擔，但實際權力仍牢牢掌握在皇帝手中，朱元璋甚至設立祖訓：不得預立宰相，臣工敢言立者斬。
地方三權分立
中央的權力已經徹底掌控在皇帝手中，在地方上，也設立三司：承宣布政使司，負責管理民政和財政；提刑按察使司，負責監察和司法；都指揮使，負責軍政管理。
三個部門互不統屬，級別相同，都直接向中央彙報，三權分立的作用自然是防止了地方做大，威脅朝廷。但權力太過分散，要造成了政策執行難度加強，百姓怨言不斷。於是，又設立巡撫制度，中央直接派遣官員到地方巡視和監察，到了明末，巡撫便成了正式官職，三司成了巡撫下屬，三權分立也名存實亡。
軍權改革
明朝初期，朱元璋收歸所有軍權，設置統軍大元帥，後改為樞密院，接著又改為大都督府，節制所有中外軍事。
但大都督府的軍權集中，導致權力過大，容易威懾皇帝，於是朱元璋又廢大都督府，改為左、右、前、後、中五軍都督府，管理節制京城和地方的軍隊衛所。五軍都督府各設左、右都督，以及都督同知、都督僉事等。五軍都督府和兵部相互制約，兵部擁有調兵權，五軍都督府只有統兵權。於是五軍都督府也逐漸成為虛職機構，軍權也成了皇帝囊中之物。
明太祖朱元璋，總結了前朝的經驗，在穩定朝廷和政權的基礎上，通過各種政策手段維護了軍權的至高無上，也就此開啟了明朝兩百多年的基業。
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