公元668年，在大化改新中發揮重要作用的中大兄皇子即位,成為日本第38代天皇天智天皇。天智天皇即位後,因為膝下兒子無一成器，所以就破格立曾大力幫助自己登基的胞弟大海人皇子為皇太子，並將四個女兒嫁給他，以示拉攏。但在一次宴會時,大海人皇子酒醉後用長矛刺穿地板，這引起了天智天皇的極度不滿，也讓兄弟二人從此產生嫌隙。
公元671年，天智天皇在沒有任何徵兆的前提下，突然宣佈任命自己的兒子大友皇子為太政大臣。太政大臣是除天皇之外的最高官職，助天皇總理朝政，地位相當於大化改新前的皇太子攝政。所以，這實際上是向全國人民昭示：大友皇子才是正統的皇儲，大海人皇子將不再繼承皇位。
天智天皇為保障自己兒子順利登基，甚至還吸收了一些對革新不滿的守舊勢力，這些人當政後，不斷唆使大友皇子打擊、孤立大海人皇子。而大海人皇子則因為大化改新的另一個重要人物——藤原鐮足的去世，失去了最有力的支持，政治地位一落千丈。
同年10月，天智天皇病重,他派人招來大海人皇子,答應給其皇位。大海人皇子深知這不是長的本意，若自己答應，以自己目前的處境，只怕活不到即位那天，所以就謝絕，奏請皇后即位，大友皇子輔政，自己毅然引退，移居吉野，坐觀其變。
果然，大友皇子不甘心屈居輔政位置，與其屬進密謀篡權，他們趁天智天皇彌留之際，迫使其認定大友皇子為皇位合法繼承人。天智天皇剛一過世，尚在服喪期間的大友皇子就迫不及待地即位，即弘文天皇。弘文天皇一登基，就把矛頭指向了正在古野韜光養晦的大海人皇子,他以築山陵為名，在京畿招兵買馬,準備一舉拔掉這個眼中釘、肉中刺。
公元672年6月,得知消息的大海人皇子決定先發制人,他先遣家臣村國男依、和珥部君乎、身毛廣等急赴美濃，聯繫各地郡司，要他們發兵，佔據軍事要塞。然後他本人親率部眾二十餘人，經伊賀、伊勢前往美濃、尾張。
大海人皇子學識淵博、才能出眾，早年輔助天智天皇平息內亂，推行政治改革,在國內很有威信。而弘文天皇任用守舊派為執政大臣，倒行逆施，引起很多人的不滿。所以大海人皇子一路走來，不斷有人投靠，隊伍迅速擴充至數萬人。朝中大臣聽說後十分害怕，有的收拾包袱準備逃往中國，有的則打算藏到深林中。
大敵當前，群臣各作鳥獸散，讓弘文天皇氣憤不已，也失去了迎戰的先機。而大海人皇子則兵分兩路，分別由紀臣阿閉麻呂與村國男依統領，直逼首都近江國和大和國。弘文天皇向東國和吉備(當時的日本國名，後來被分為備前、備中、備後、美作四國)、筑紫(九州)派出使者，要求支援，但派往東國的使者被大海人皇子一方的部隊截住，而古備和筑紫則選擇了觀戰。弘文天皇只集中了附近幾國的兵力。
戰爭初期，弘文天皇在近江戰場一度佔據上風，響應大海人皇子起兵的大伴吹負因為孤軍作戰，幾度出兵都不敵敗走，但隨著戰爭全面爆發，由紀臣阿閉麻呂指揮的來自美濃的援軍到達，近江戰場的形勢就此逆轉。
弘文天皇想襲擊美濃，迫使大海人皇子回救，但由於指揮混亂，部隊停滯不前，延誤戰機。雙方於橫河一帶交火，大海人皇子一方連戰連勝，最後雙方都各自集結兵力在瀨田橋展開決戰。戰爭十分慘烈，史書記載:“旗幟蔽野，埃塵連天，鉦鼓之聲聞數十里，列弩亂髮，矢下如雨。”
這場大戰以大海人皇子的勝利而告終，弘文天皇見大勢已去，於第二天自殺。至此，為時兩個月的內亂結束。因為事情發生在壬申年，故史稱“壬申之亂”。“壬申之亂”後的第二年，大海人皇子登基，即天武天皇。天武天皇把都城遷回奈良，繼續推進革新的事業。
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