1922年6月，孫中山一手扶持起來的粵軍總司令陳炯明叛變，炮擊廣州大元帥府，逼得孫連夜避難於永豐艦，在水上漂泊了40多天。陳炯明的叛變使孫中山對依靠舊軍閥革命徹底喪失了信心，下決心建立自己親自掌握的革命軍隊。
軍校成立之初，蔣介石被任命副校長
要建立軍隊，就必須有高素質的革命軍官，1924年1月，孫中山組建籌備處，準備在廣州東郊黃埔島建立一所國共兩黨合作創辦的一所新型軍校。在陳炯明叛變的歲月裡，受其排擠長期帶職滯留上海的蔣介石緊急返回，全程登艦侍護，取得了孫的信任和器重，平叛之後被任命為大元帥府參謀長。
黃埔軍校籌建之初，由於蔣介石在日本陸軍士官學校炮兵科留學和率領“孫逸仙博士團”到蘇聯爭取援助的經歷，其被任命為副校長職務。由於此時校長是由孫中山本人兼任，蔣介石自然不敢造次，但隨著孫中山身體狀況每況愈下，實在無法負擔過多工作，遂決定將校長一職轉交辛亥革命元老、大元帥府軍政部長程潛擔任。
得知程潛位居其上，蔣介石負氣出走
對孫中山這一安排，蔣介石大為不滿，認為屈居程潛之下是對自己的一種侮辱，於是耍起了政客的慣用手段。1924年2月21日，蔣介石未經孫中山和負責軍校籌備工作的廖仲愷同意，就突然宣佈軍校不辦了，並擅自發給教職員離職津貼，企圖解散籌委會；最後乾脆不辭而別，跑到了上海，又經上海跑回了浙江奉化老家，消極對抗，以示自己對黃埔軍校校長一職志在必得。
不過，令蔣介石沒有想到的是，無論廖仲愷還是孫中山都不慣他這個毛病。廖仲愷對籌委會人員宣佈：“辦黃埔是黨要辦的，而且一定要辦成。”“蔣介石不要辦，或因此辦不成，蔣先生要開罪於全黨”。孫中山則乾脆派粵軍第1軍軍長許崇智到奉化，明言：如果蔣介石再不回廣州，軍校之責就只好另請別人了。4月21日，蔣介石在感到再拖下去恐怕凶多吉少，緊急重返廣州。
孫中山考慮換將，可惜暫無合適人選
對於蔣介石不顧大局，鬧個人意見的行為，孫中山也的確想要換人，無奈自己手下的軍事人才實在不多雖然有心任命程潛擔任校長。但程兼任大元帥府軍政部長、軍法總裁判官等要職，還統領著數千湘軍，實在分身乏術。權衡之下，除了蔣介石之外，也實在找不到更合適的人選，為了防止蔣介石無人駕馭、再次撂挑子，孫中山決定：校長一職由蔣介石擔任，另設軍校總理一職由自己親任，仍位駕於校長之上，同時設立校黨代表一職由廖仲愷擔任，以制約蔣介石。
5月2日，蔣介石如願以償地當上了黃埔軍校校長。1924年6月16日，在軍閥陳炯明發動武裝叛亂兩週年的紀念日，黃埔軍校正式舉行開學典禮，並在隨後的幾年裡培養出大批優秀的軍事、政治人才，到各軍中充當中、下級軍官，逐漸控制了軍權。隨著北伐戰爭的開始和節節勝利，昔日僅有數萬人的國民革命軍膨脹到上百萬人，逐漸掌握了全國。
純粹由黃埔學生軍擴編而成的國民革命軍第1軍，後來發展成了蔣介石的嫡系中央軍，為其建立全國政權、大搞獨裁統治提供了武力支持。
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