在明朝末年，山東省境內曾設有兩個巡撫，一個是駐地在濟南的山東巡撫，主管山東內地，一個是駐地在登州的登萊巡撫，轄區主要為登州、萊州兩府（後期青州也一度納入）。
登萊巡撫的設置，主要是軍事用意。
明末，後金在關外興起，遼瀋失陷之後，為了防止後金進一步擴張，明廷構築起海陸兩大防線。陸上就是以山海關、寧遠、錦州為中心的關寧防線，海上就是以旅順、皮島以及膠東半島的登州、萊州為依託的登萊防線。因為兩者之間有一定距離，為了方便指揮，兩邊各有巡撫，陸上為遼東巡撫，海上為登萊巡撫。
據《明史·職官志》記載，登萊巡撫一職，設置於明天啟元年，全稱為“巡撫登萊地方贊理軍務”。鐵打的衙門流水的官，整個天啟年間，雖然官員換了好幾任，但登萊巡撫這個職位一直沒有變化。不過，到了崇禎朝之後，情況發生了改變。
崇禎二年，時任登萊巡撫孫國楨去職，這時明廷並沒有選派繼任者，而是下令停設登萊巡撫。
明廷為何會下這樣一道命令？是因為登萊防線不重要了麼？事實並非如此。根據《明史》的記載，崇禎二年，登萊巡撫的停設，是因為明廷採納了袁崇煥的建議。
袁崇煥，眾所周知，是明末的抗清名將，關寧防線的構築，他有很大的功勞。那麼，他為何要建議停設登萊巡撫呢？
屁股決定腦袋，袁崇煥的建議，主要與他當時的身份有關。
袁崇煥在天啟年間雖然多次擊敗後金軍，但在末年卻遭到冷遇。崇禎皇帝繼任之後，聽取朝臣建議，認為袁崇煥為經略遼東的不二人選，召他入朝商討對策。袁崇煥喊出“五年復遼”的口號之後，崇禎皇帝相當高興，任命他為“兵部尚書兼右副都御史，督師薊遼、兼督登萊、天津軍務”，用現在的詞來說，袁崇煥相當於環渤海區域的總管。
指揮軍務，關鍵在於事權統一。袁崇煥認為，自己是督師，下面再有兩個巡撫，指揮起來並不方便。因此建議朝廷裁撤在遼東和登萊設立的巡撫。
當時，遼東巡撫為畢自肅，登萊巡撫為孫國楨。《明史•袁崇煥傳》載：“自肅既死，崇煥請停巡撫，及登萊巡撫孫國楨免，崇煥又請罷不設。”當時明廷正要倚靠袁崇煥，因此這兩條建議均通過。
值得一提的是，從史料記載來看，當時去職的登萊巡撫孫國楨，與魏忠賢的閹黨有些瓜葛，《明史•魏忠賢傳》記載：“總督張我續及孫國楨……輩，佞詞累牘，不顧羞恥。忠賢亦時加恩澤以報之。”也就是說，孫國楨經常上表阿諛魏忠賢，他之所以能擔任登萊巡撫，未必是因為有能力，而是沾了魏忠賢的光。因此，崇禎初年，魏忠賢倒臺之後，朝廷整肅閹黨，孫國楨很有可能是受此波及而去職。
登萊巡撫停設之後，袁崇煥統一了事權，以往他的活動區域主要是在關寧，這時也逐漸開始泛舟海上。崇禎二年，袁崇煥率軍進入登萊防區，在雙島（遼東旅順境內）與毛文龍見面，持尚方寶劍誅殺之，解決了他認為的“尾大不掉”問題。
然而，沒有後顧之憂的後金軍，趁此機會入塞襲擾京師。崇禎皇帝遷怒於袁崇煥，將之下獄，最終處死。
人亡政息，袁崇煥死後，崇禎三年，明廷下令重新設立登萊巡撫。但好景不長，崇禎四年、五年，在登萊巡撫孫元化任上，發生了舉世震驚的孔有德之亂。可以說，明末很多大事件，都直接或間接與登萊巡撫有淵源。
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