縱觀歷史，唐、宋、元、明、清，歷朝歷代的發展更迭，無不推進了歷史發展的進步。明朝作為中國歷史上政治經濟各方面逐漸走向文明的朝代，他的發展是中國歷史上不可或缺的重要一環。特別是軍事結構，在逐漸完善的同時也在詮釋著明朝皇帝的無奈。
在明朝初期，並沒有特別設立中規中矩的軍事機構。隨著政治軍事結構的不斷髮展變化，設立專門的管理部門已迫在眉睫。朱元璋稱帝后，建立了新的年號，設立了新的部門“五軍都督”作為軍事管理部門。還設立了單獨管理行政工作的“中書省”，其有六個部，來分別管理不同的行政工作。當時的皇帝不僅僅在中央設立了軍事集權部門，為了更便於地方的管理，指揮使司、布政使司、按察使司地方“三司”設立，標誌著皇帝集權的範圍勢力逐漸強大。這樣的管理制度從洪武十三年以後一直持續到永樂年間。
皇帝的野心就是要逐漸擴大自己的勢力範圍，唯有疆土的擴大才是彰顯實力的重要標誌，因此，皇帝不斷組織軍事行動、打仗，直接關係到的就是老百姓，在紛飛的戰火中，無數百姓民不聊生，揭竿而起，聚眾鬧事起義的現象也時有發生。俗話說：“水能載舟亦能覆舟”，為了安撫百姓，皇帝也是操碎了心。於是便下令交給當時的行政機構“三司”來處理，誰料由於這“三司”往往意見不統一，沒能解決問題，反倒使問題複雜化了。皇帝無奈，只要指派一名信得過的官員（當時的兵部侍郎）去調解，巡察具體民情，由此高於“三司”的官職“巡撫”便應運而生了，就是我們俗稱的“欽差大臣”。
有了巡撫，皇帝就像多了很多雙眼睛和耳朵一樣，特別是一些要緊的事物，第一時間就能得到解決和反饋，真是省心了不少。同時巡撫也相當於“救火隊員”的代名詞，哪裡有問題找巡撫，巡撫成了百姓的第一主心骨。可是巡撫出巡往返，需要的時間較長，好處理的也需要幾個月的時間，棘手些的一年半載也是有可能的。再加上百姓的事情越來越多了，中央巡撫官員畢竟精力有限，為了解決這一凸顯的問題，皇帝索性設立了地方巡撫，作為常規的管理部門。可是問題並沒有得到根本性的解決，到底又衍生什麼新的問題讓皇帝憂心呢？
原來地方巡撫所管轄的範圍是有限定的，一方巡撫只能管轄一個地方的大事小情，遇到跨省、跨地域的事情，兩個地方的巡撫往往互相推諉，事情根本得不到解決，反而起了內訌，更嚴重的是，這樣的不團結往往會被外敵利用，給予致命的打擊。在很多軍事行動上，屢屢挫敗。皇帝為此事憂心忡忡，為了管理巡撫亂象，隨即設立了總督官職。
總督（一般由兵部尚書擔任）作為管理巡撫的上級部門，所被授予的權力是很大的，相當於“一品”官職了，就是我們常常說的“總督領兵部尚書銜”，最有名望的代表人物是胡宗憲，嘉靖時期擔任浙江直總督。話說回來，從三司—巡撫—總督歷經了這樣的發展，確實使當時的政治軍事混亂的現象得到了改善，成華五年（1469年）以後，皇帝為了更好的管理邊疆，在兩廣設立了總督，從這一刻開始，總督製備正式的作為長期的制度確定了下來。當然三司作為比七品還小的芝麻官，就更加的沒有什麼權利了，逐漸的退出了政治軍事舞臺。
總督的設立，看似可以讓皇帝安枕無憂，可是事情的變化，往往比我們想象的要複雜，到明朝後期，隨著軍事活動的逐漸頻繁，疆土的逐漸擴大，農民起義發展勢頭愈演愈烈，跨多個省、多個地域的現象尤為突出，皇帝為了平復叛亂，在地方設立的總督機構數量也逐漸增多，但是根源問題又出現了，隨著總督的增多，好多總督之間也越發的有了矛盾，誰也不服誰，在好多問題的看法上，都覺得自己對。於是，皇帝不得不指派更高一級別的官員去協調，因此督師（由大學士擔任）一職應運而生。
在明朝末期，政治軍事機構發展到一定局面，一種新“亂象”出現了，由此我們可以想到一個詞“宦官當權”。這是怎麼回事呢？原來皇帝為了平百姓的反抗，設立了一個總指揮—“總兵官”。又擔心“總兵官”掌握的權力太大，對自己造成威脅，又派“監軍”（太監）去監督。“監軍”相當於現今的“秘書”，皇帝身邊的紅人，權力非常大，因為“監軍”往往直接傳達皇帝的指令，同時向皇帝反饋各機構的情況，所以不論是“巡撫”還是“總督”對“監軍”幾乎是言聽計從，不敢違背。當時就形成了“監軍”當權的政治局面，皇帝往往會輕信“監軍”的片面之詞而矇蔽了雙眼，不乏錯殺忠良，任用奸臣。
在這裡我們不得不提到一個官職“巡按”，就是俗稱的“明朝十三道御史”。具體的工作內容也是替皇帝去地方檢察工作的，相當於正七品。雖然官職不大，可別小看了這些“巡按”，相比較來說，他們的權力不亞於“監軍”，都是打著替皇上辦事的旗號，不過他們辦的往往都是好事，真真正正的為百姓辦實事，在一定程度上，緩和了中央皇權和百姓直接的矛盾，“巡按”一職，在很多文學作品上都大肆歌頌，重點描寫，同時也反映了當時老百姓的強烈願望。由於“巡撫”和“總督”在明朝確實起了很大的政治軍事作用，使當時社會更加安定，因此這兩個職務直到最後清朝滅亡，一直都被皇帝沿用。
歷史的車輪不斷向前，同時也推動著人類的文明逐漸進步。明朝的政治軍事結構的發展變遷，反映了當時社會矛盾的同時，也詮釋了統治者的幾多無奈！
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