纵观历史，唐、宋、元、明、清，历朝历代的发展更迭，无不推进了历史发展的进步。明朝作为中国历史上政治经济各方面逐渐走向文明的朝代，他的发展是中国历史上不可或缺的重要一环。特别是军事结构，在逐渐完善的同时也在诠释着明朝皇帝的无奈。
在明朝初期，并没有特别设立中规中矩的军事机构。随着政治军事结构的不断发展变化，设立专门的管理部门已迫在眉睫。朱元璋称帝后，建立了新的年号，设立了新的部门“五军都督”作为军事管理部门。还设立了单独管理行政工作的“中书省”，其有六个部，来分别管理不同的行政工作。当时的皇帝不仅仅在中央设立了军事集权部门，为了更便于地方的管理，指挥使司、布政使司、按察使司地方“三司”设立，标志着皇帝集权的范围势力逐渐强大。这样的管理制度从洪武十三年以后一直持续到永乐年间。
皇帝的野心就是要逐渐扩大自己的势力范围，唯有疆土的扩大才是彰显实力的重要标志，因此，皇帝不断组织军事行动、打仗，直接关系到的就是老百姓，在纷飞的战火中，无数百姓民不聊生，揭竿而起，聚众闹事起义的现象也时有发生。俗话说：“水能载舟亦能覆舟”，为了安抚百姓，皇帝也是操碎了心。于是便下令交给当时的行政机构“三司”来处理，谁料由于这“三司”往往意见不统一，没能解决问题，反倒使问题复杂化了。皇帝无奈，只要指派一名信得过的官员（当时的兵部侍郎）去调解，巡察具体民情，由此高于“三司”的官职“巡抚”便应运而生了，就是我们俗称的“钦差大臣”。
有了巡抚，皇帝就像多了很多双眼睛和耳朵一样，特别是一些要紧的事物，第一时间就能得到解决和反馈，真是省心了不少。同时巡抚也相当于“救火队员”的代名词，哪里有问题找巡抚，巡抚成了百姓的第一主心骨。可是巡抚出巡往返，需要的时间较长，好处理的也需要几个月的时间，棘手些的一年半载也是有可能的。再加上百姓的事情越来越多了，中央巡抚官员毕竟精力有限，为了解决这一凸显的问题，皇帝索性设立了地方巡抚，作为常规的管理部门。可是问题并没有得到根本性的解决，到底又衍生什么新的问题让皇帝忧心呢？
原来地方巡抚所管辖的范围是有限定的，一方巡抚只能管辖一个地方的大事小情，遇到跨省、跨地域的事情，两个地方的巡抚往往互相推诿，事情根本得不到解决，反而起了内讧，更严重的是，这样的不团结往往会被外敌利用，给予致命的打击。在很多军事行动上，屡屡挫败。皇帝为此事忧心忡忡，为了管理巡抚乱象，随即设立了总督官职。
总督（一般由兵部尚书担任）作为管理巡抚的上级部门，所被授予的权力是很大的，相当于“一品”官职了，就是我们常常说的“总督领兵部尚书衔”，最有名望的代表人物是胡宗宪，嘉靖时期担任浙江直总督。话说回来，从三司—巡抚—总督历经了这样的发展，确实使当时的政治军事混乱的现象得到了改善，成华五年（1469年）以后，皇帝为了更好的管理边疆，在两广设立了总督，从这一刻开始，总督制备正式的作为长期的制度确定了下来。当然三司作为比七品还小的芝麻官，就更加的没有什么权利了，逐渐的退出了政治军事舞台。
总督的设立，看似可以让皇帝安枕无忧，可是事情的变化，往往比我们想象的要复杂，到明朝后期，随着军事活动的逐渐频繁，疆土的逐渐扩大，农民起义发展势头愈演愈烈，跨多个省、多个地域的现象尤为突出，皇帝为了平复叛乱，在地方设立的总督机构数量也逐渐增多，但是根源问题又出现了，随着总督的增多，好多总督之间也越发的有了矛盾，谁也不服谁，在好多问题的看法上，都觉得自己对。于是，皇帝不得不指派更高一级别的官员去协调，因此督师（由大学士担任）一职应运而生。
在明朝末期，政治军事机构发展到一定局面，一种新“乱象”出现了，由此我们可以想到一个词“宦官当权”。这是怎么回事呢？原来皇帝为了平百姓的反抗，设立了一个总指挥—“总兵官”。又担心“总兵官”掌握的权力太大，对自己造成威胁，又派“监军”（太监）去监督。“监军”相当于现今的“秘书”，皇帝身边的红人，权力非常大，因为“监军”往往直接传达皇帝的指令，同时向皇帝反馈各机构的情况，所以不论是“巡抚”还是“总督”对“监军”几乎是言听计从，不敢违背。当时就形成了“监军”当权的政治局面，皇帝往往会轻信“监军”的片面之词而蒙蔽了双眼，不乏错杀忠良，任用奸臣。
在这里我们不得不提到一个官职“巡按”，就是俗称的“明朝十三道御史”。具体的工作内容也是替皇帝去地方检察工作的，相当于正七品。虽然官职不大，可别小看了这些“巡按”，相比较来说，他们的权力不亚于“监军”，都是打着替皇上办事的旗号，不过他们办的往往都是好事，真真正正的为百姓办实事，在一定程度上，缓和了中央皇权和百姓直接的矛盾，“巡按”一职，在很多文学作品上都大肆歌颂，重点描写，同时也反映了当时老百姓的强烈愿望。由于“巡抚”和“总督”在明朝确实起了很大的政治军事作用，使当时社会更加安定，因此这两个职务直到最后清朝灭亡，一直都被皇帝沿用。
历史的车轮不断向前，同时也推动着人类的文明逐渐进步。明朝的政治军事结构的发展变迁，反映了当时社会矛盾的同时，也诠释了统治者的几多无奈！
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