901年，朱溫兵馬向西，攻陷河中、晉絳，進至同華。神策中尉韓全誨利用昭宗對崔胤的忌憚心理，說崔胤與朱溫關係密切，擔心會引汴軍進逼京師，於是免除了崔胤的相職，罷其所兼三司使，並挾持昭宗出奔鳳翔李茂貞。
朝廷對於汴師西進的這種反應令人費解。難道你解除了崔胤的職位，就可以阻止汴師嗎？崔胤的不滿直接表現在他聯絡朱溫到岐山迎駕（奪回天子），其本人不僅沒有陪駕西行，反而將朱溫的軍隊引入長安，還慫恿朱溫上書皇帝，說即將奔赴行在，迎駕回宮。
昭宗對崔胤非常憤怒，下詔斥責他“曾無報國之心，但作危邦之計，四居極位，一無可稱。……致茲播越，職爾之由（這次皇帝出奔，都是崔胤的罪責）。豈有權重位崇，恩深獎厚，曾無惕厲，轉恣睢盱，顯構外兵，將圖不軌”，批評崔胤引汴師入京的動機（“顯構外兵，將圖不軌”）。
902年，朱溫自岐下還軍河中，崔胤迎謁於渭橋，哭訴自己的委屈，捧卮敬酒，持板為全忠唱歌，還自撰歌辭，讚美朱溫功高蓋世。從當年四月到次年正月，就這樣僵持了9個月的時間，李茂貞因勢力稍弱，最終殺了韓全誨等宦官，與朱溫講和，決定對昭宗放手。昭宗急詔徵崔胤赴行在討論對策，凡四次降詔，三次賜朱書御札，崔胤都稱病不赴。
昭宗離開鳳翔是在903年正月二十二，他來到朱溫的軍營，朱溫素服待罪。皇上命客省使宣旨免罪，撤去正衙三衛的兵仗，僅留下傳報平安的人，讓他們穿著公服入見。
朱溫拜見皇上，頓首流涕。昭宗命韓偓將其扶起，也流下了眼淚，對朱溫說：“宗廟社稷，賴卿再安；朕與宗族，賴卿再生。”親解玉帶賜之。稍事休息，即啟程還京。朱溫單騎前導十餘里，皇上辭之，全忠乃令其侄大將朱友倫將兵扈從，自留部分後隊，焚撤諸寨。胡三省在此注云：“此皆朱溫繆為恭敬也！”
所有的恭順都是在作秀。這天晚上，朱溫車駕宿岐山。三天後到了興平（今屬陝西咸陽）崔胤始率百官迎謁，復以崔胤為司空、門下侍郎、同平章事，領三司如故。
二十七日，昭宗入長安。崔胤利用朱溫獲得了權勢，朱溫則利用崔胤成功地控制了朝廷。這一次，崔胤一不做二不休，乾脆與朱溫聯合奏請罷去左右神策、內諸司等使及諸道監軍、副監、小使、宦官三百餘人，同日斬之於內侍省；此外，諸道監軍，也隨處斬首以聞。
現在，朱溫成了最有權勢的人，各方勢力都要求助於他。崔胤要搞掉同僚韓偓，就請朱溫出面，昭宗不得已貶黜了韓偓。
昭宗想讓平原公主回來——幾天前公主被李茂貞脅迫嫁給了他的兒子，就請朱溫給李茂貞寫信，“茂貞不敢違，遽歸之”。
朱溫的黨羽佈滿京城，侄子朱友倫率領步騎萬人留守京師，充任最有權勢的左軍宿衛都指揮使。崔胤自以為成了最有權勢的宰相，他擔心朱溫的篡位會殃及於己，於是又陰謀建立了一支獨立的中央禁軍。
這種算計哪裡逃得過朱溫的眼睛。朱溫將計就計，讓自家軍隊應募入伍，又向皇帝奏請誅殺崔胤，罪名是“專權亂國，離間君臣”。昭宗哪敢說半個“不”字！史稱“胤長於陰計，巧於附麗，外示凝重而心險躁”。
崔胤就這樣聰明反被聰明誤，丟掉了性命。
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