建國之後的思想改造中，顧頡剛與兩個人糾纏最深，一個是胡適，一個為魯迅。對於胡魯二人，顧的交代重點有所不同：對胡適，顧頡剛以批判為準，與其劃清界限；而魯迅因其被樹立為文化偶像，顧頡剛只能對照光輝的魯迅形象，對自身進行深刻剖判。胡適暫且按下不表，此處單說魯迅。顧頡剛日記第一次出現交代魯迅的文字是1952年8月23日，“今日寫魯迅事，殊難措辭。”為何難以措辭，日記並沒說明，從日記內容可知，所謂的“魯迅事”是交代1927年與魯迅打官司之事，但交代效果並不好，顧認為分析批判尚嫌不足。依我看來，就是對自己的批判還不夠猛烈。所以當天思想改造小組對顧頡剛提的意見是，顧對魯迅思想的認識模模糊糊，看不清楚。
1966年8月13日，顧頡剛在這一天的日記中特別註明自己被歷史所裡的革命青年揪出批判，貼的大字報是“把反動史學權威顧頡剛揪出來”，被批鬥僅一個星期，顧已感覺滋味難受，度日如年，如將死之狗。毫無疑問，在這場觸及人的靈魂的大革命中，顧頡剛的魯迅問題此時更要詳細檢討，檢討的內容依然是當年為何與魯迅打官司。歷史所文革小組指出顧頡剛當年與魯迅打官司是反魯迅，反魯迅即是反共。但顧頡剛並不認可這一看法，認為當時的魯迅只是一個小說家，並非黨員，談不上進步性。隨後顧頡剛多次交代他的魯迅問題，死去的魯迅依然給他帶來了沉重的精神負擔：
1966年11月1日 今晚廣播紀念魯迅文，予已於報端見之，而靜秋(指顧頡剛妻子———引者注)必欲予聽，橫加批判，堪兒(指顧頡剛之子———引者注)和之，使予精神緊張，不易成眠。家庭中之教條主義真可畏也。
1969年8月26日 看《魯迅先生怒斥顧頡剛》大字報，心情激動，覺心旌搖搖，如船在漩渦中轉，將掌不住舵，此真觸動靈魂矣。
在寫交代的同時，顧為提高他的思想認識，開始頻繁翻閱魯迅著作，比如《而已集》、《兩地書》、《二心集》、《偽自由書》、《集外集拾遺》、《壁下譯叢》以及魯迅翻譯的《死魂靈》、《毀滅》等書，並且還作了評價，總體意思是魯迅的思想進步，自己則一味鑽進古書，脫離了現實。與其說這是顧的看法，倒不如認為這是顧為時勢所逼而發的通論。
迫於形勢，顧頡剛不斷作魯迅問題的交代。無奈顧頡剛一介書生，雖然經過多次檢討與批判，他總是檢討不到位。在五十年代批胡運動中，好友辛樹幟給他出了不少如何過關的主意，他勉強能通關。此時在魯迅問題上，顧頡剛好像又忘了，檢討寫得多，寫得也費力費時。自己覺得在自我批評中盡心竭力罵自己，以為能博得“好感”，在別人看來，卻是處處在吹捧自己，這不得不說是荒唐的對照。這樣的檢討很自然被認定為不合格。顧頡剛分析是他的立場沒有站穩。更根本在於，他對思想改造這一套東西始終搞不通，顧頡剛曾自述剛接觸改造的心理狀態，以為“思想而能改造，在我的舊腦筋裡簡直是一件不能想象的奇事”。不過面對現實，以及家人的催逼，他必須好好“琢磨”，思想改造的大勢由不得自己拂逆。
可是反覆讀顧頡剛日記以及翻閱他的讀書筆記，筆者發現顧頡剛真是一個少有的實實在在讀書人，他只要鑽到書裡彷彿可以忘懷一切。當妻子張靜秋勸他暫時擱置專業，專心政治學習，以符時代要求的時候，顧頡剛不得已採取了一些措施，將《尚書》書稿全部放進房間裡面的書室，客廳書桌則專放《毛選》、《毛主席語錄》以及報紙、學習資料等，表明自己心不旁鶩，也在關心政治。這不過是做做樣子，寬妻子的心而已。這樣的舉措實在說明顧頡剛的“可愛”。除了家人督責外，顧頡剛的朋友們又給他提了些建議，教其如何寫檢討。章元善、劉起釪都有詳細建議見告，顧有沒有聽進去不得而知，後來顧在周恩來的關照下整理古籍，境遇才好轉起來。
顧頡剛在1967年2月6日日記裡寫道：“我自省，一生只有和胡適、魯迅、朱家驊三人的關係是我的大錯，其他時間或其他地方，我實是一個謹小慎微之人。”從顧頡剛建國以後的人生軌跡來看，他的確因和這三人之關係而受罪不少，尤其與胡適、魯迅之糾葛。簡單來講，五十年代舉國批胡適，作為胡適門生的顧頡剛難以抽身必須參與批判，身處海峽對岸的胡適雖然多少能理解學生的處境，對顧頡剛而言，他內心的掙扎與焦慮卻難以言表。到了六十年代，魯迅早已被奉為聖人，走上神壇，顧頡剛作為魯迅最討厭的人之一，他如何有好果子吃呢？連顧自己都疑惑，一個搞學術研究，一個弄小說創作，八竿子打不到一塊的兩個人，居然產生如此之深的嫌隙。不過六十年代的語境不會顧及這些，革命的邏輯是反魯迅就是反革命，顧頡剛反魯迅當然也是反革命。古人云壽則多辱，魯迅早已亡故，顧頡剛卻揹負前半生的孽債，用風燭殘年的後半生來反覆解釋甚至辯解他與魯迅之關係，表明自己曾經並非有意冒犯。想來頗覺可笑，可是又笑不出，因為這沉重的魯迅包袱不是他想卸就能卸下的。我看到的是一個緊張、焦慮、煩躁甚至有點茫然的顧頡剛。
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