咸豐二年(1852)，左宗棠已年屆四十。太平軍在這年春天挺進湖南，一路攻城略地，逼近長沙。八月，經胡林翼、江忠源等人舉薦，左宗棠入湖南巡撫幕府，正式踏入官場。
汪衍振：太平軍攻打長沙時，張亮基剛就任湖南巡撫。
王魯湘：人生地不熟。
汪衍振：對，兩眼一抹黑。來長沙之前，胡林翼給他寫過信，說湖南有一個能員雖是布衣，但思想很超前，不是一般的書呆子，是一個能擔當大任的人。誰呢？湘陰左宗棠。張亮基為了請左宗棠出山，從長沙城後門直奔湘陰東山白水洞。
王魯湘：當時左宗棠躲在山裡。
汪衍振：他在那個地方建了一個陋室，為了避兵禍。張亮基把他請到長沙佐幕——明是佐幕，實際上是佐以兵事，把所有軍務都交給他。左宗棠當時起的作用很大。
王魯湘：這就給了左宗棠第一個平臺。
汪衍振：對，否則太平軍不可能圍困長沙八十二天沒破，而僅用七天時間就攻破武昌。什麼原因呢？
王魯湘：長沙城裡有個左宗棠。
經長沙一役後，左宗棠名聲大振。因防守湖南有功，清廷賞他七品頂戴以知縣用，並賞加六品同知銜。已過不惑之年的他終於有了功名，儘管只是空頭銜。不久，張亮基調署湖廣總督，偕他同赴湖北武昌就任。八個月後，張亮基調任山東巡撫，他便辭歸湘陰。湖南巡撫駱秉章得知後，數次禮聘他均遭拒，直到1854年因湖南軍情緊急才復出。
當時湖南岌岌可危，太平軍馳騁湘北，長沙周邊城池大多被佔領，農民起義此起彼伏。左宗棠再入撫署後，專主湖南軍事六年。對這位師爺的能力，駱秉章起初有所保留，一年後就心甘情願當個只畫諾的上司。左宗棠向來心高氣傲，不甘屈居人下，遇到這樣一位無為而治的上司，正好可以大展拳腳。當時他“日間忙不可言，口講手批，略無片刻暇”，殫精竭慮地輔佐巡撫內清四境、外援五省，革除弊政，開源節流，穩定貨幣，籌措軍械，勉力支撐大局。在他的悉心謀劃卞，湖南形勢轉危為安。
咸豐八年( 1858)，清廷與太平軍開戰的第七個年頭，驍勇善戰的湘軍將太平軍趕出湖南，並增援江西、湖北等地。湖南巡撫駱秉章因調度有功受嘉獎，已獲五品兵部郎中頭銜的左宗棠也賞加四品卿銜。左宗棠的前途似乎一片光明，然而烏雲正在聚集。咸豐九年(1859)夏，咸豐帝的御案上放著一道關係到左宗棠安危的奏摺，系由湖廣總督官文上呈。
汪衍振：當時湖南永州鎮總兵樊燮是個滿人，幹了很多貪汙腐化的事，比如私役兵弁。駱秉章就參他，左宗棠馬上起草摺子。他起草的摺子，駱秉章看都不看就拜發。
王魯湘：非常信任他。
汪衍振：他們當時沒有考慮後果。湖廣總督官文是滿貴大員，是朝廷安插在湖廣的眼線，湖南、湖北所有事情都逃不過朝廷的眼睛。這一參，樊燮不幹了，就一封信寫到官文那兒。樊燮說誰參我，不是駱秉章，是左宗棠乾的，人稱“二巡撫”。官文不幹了，一介幕僚竟然敢替巡撫做主，如何得了！
關於左宗棠與樊燮的糾葛，野史傳說得有鼻子有眼，尤以左宗棠腳踢或掌摑樊燮最廣為流傳。湖北恩施有位九十多歲的吳姓老人，說他幼時見過罷官歸來的樊燮。老人說：“燮公謁駱帥，帥令謁左師爺，未請安。左厲聲喝曰：‘武官見我，無論大小，皆要請安，汝何不然？快請安。’燮曰：‘朝廷體制，未定武官見師爺請安之例。武官雖輕，我亦朝廷二三品官也。’左怒益急，起欲以腳蹴之，大呵斥曰：‘忘八蛋，滾出去。’燮亦慍極而退。未幾，即有樊燮革職回籍之朝旨。”另一種說法是，“時左宗棠以舉人為湘撫駱秉章主奏稿，會劾永州總兵樊燮驕倨罷官。燮往見宗棠，語不遜。宗棠怒，批其頰”。
上述兩種說法存在出入：一說腳踢，一說掌摑；一說兩人齟齬之後，左宗棠出於報復代擬奏摺參劾樊燮，一說左宗棠因公參劾樊燮之後，樊燮找他算賬時遭掌摑。然而，從左宗棠的書信、駱秉章的奏摺、樊燮的訴狀以及官文的奏摺中，均找不到左宗棠腳踢或掌摑樊燮的敘述。從當事人現存史料來看，有學者認為這可能是外人的添油加醋。
咸豐八年(1858)，樊燮循例進京陛見，駱秉章趁機調查他的劣跡，然後上呈《參劾永州鎮樊燮違例乘輿、私役弁兵折》。清朝規定文官坐轎、武員騎馬，如遇情況緊急，文官可以騎馬，但武員不準乘轎，違者重處。武員私宅可以用家丁，但不準以兵丁充當僕役，因為兵丁拿的是國家俸祿，只准為國效勞。樊燮不僅違例乘坐肩輿、私役弁兵，還冒領軍餉、挪用公款。在太平軍橫掃南方的背景下，身為二品武官的樊燮竟然如此翫忽職守，咸豐帝便下旨將他革職，交駱秉章嚴審究辦。
樊燮不肯善罷甘休，派人向湖廣總督衙門和都察院上呈訴狀鳴冤，說自己是被人挾嫌陷害。樊燮指控駱秉章因濫保無功之人，害怕自己此次進京告密，在幕僚左宗棠的出謀劃策下上折誣陷他，而後審案官員串通一氣陷害他。官文據此上了一道奏摺，於是咸豐帝命他查明是否屬實，並密查撫署幕僚近年積弊。咸豐九年，官文奏報並未查到撫署幕僚“恣意要挾”的確切證據，只得出“跡涉曖昧”的含糊結論。此事後來不了了之，即使當時左宗棠真被查出是“著名劣幕”，也不至於被就地正法。根據大清律例，官員若縱容幕僚把持軍政，會被革職或降級，幕僚則可能被革職永不敘用，但並無性命之虞。所謂左宗棠會被就地正法之說，可能是時人誇大其詞，為談資添點作料而已。
儘管左宗棠並非命懸一線，不過前途堪憂，如要全身而退，尚須有人出手相助。 “國家不可一日無湖南，即湖南不可一日無宗棠也。”這是潘祖蔭在《奏保舉人左宗棠人材可用疏》中寫得最有分量的一句話，一時朝野震驚。區區一介撫署幕僚，竟然關係到一國安危！此言不虛，若無左宗棠從中謀劃行事，湖南恐怕早已落入太平軍之手。左宗棠並不認識潘祖蔭，是誰請他相助呢？郭嵩燾。郭嵩燾為湘軍的創建出過力，後來離開曾國藩幕府，入值上書房。咸豐帝曾向他諮詢左宗棠的情況，他說了不少好話。
汪衍振：郭嵩燾面見咸豐帝時說了三句很關鍵的話，第一句是左宗棠“賦性剛直，不能與世合”，就是說他傲。
王魯湘：他性格就這樣。
汪衍振：在湖南辦事時，左宗棠與撫臣駱秉章性情契合，兩人非常默契，彼此不肯相離。第二句話是左宗棠“才盡大，無不了之事”，什麼事情保證都給你辦明白。
王魯湘：給你擺平了。
汪衍振：他接著說左宗棠“人品尤端正”，因為咸豐帝還得考慮人品。
王魯湘：有才還得有德。
汪衍振：你再有能耐，可你人品不行，我能用你嗎？尤其第三句話對左宗棠的幫助非常大，說他“為人是豪傑”，這是一種定性的語言，不是模稜兩可。他接著說左宗棠“每談及天下事，感激奮發。皇上天恩如果用他，他也斷無不出之理”。
王魯湘：這對左宗棠是個定評。
汪衍振：這可了不得！
咸豐八年十二月初三日（1859年1月6日），咸豐帝在養心殿西暖閣召見郭嵩燾，說起左宗棠不肯正式出來為朝廷做事，想必是因為功名心淡。郭嵩燾說左宗棠才幹極大，礙於個性問題不想出山。咸豐帝問左宗棠多大年紀了，郭嵩燾說四十七歲。咸豐帝說：“再過兩年五十歲，精力衰矣。趁此時尚強健，可以一出辦事，也莫自己遭踏。汝須一勸勸他。”郭嵩燾說：“臣也曾勸過他。他只覺自己性太剛，難與時合。在湖南亦是辦軍務。現在廣西、貴州兩省防剿，籌兵籌餉，多系左宗棠之力。”咸豐帝說：“聞渠尚想會試？”郭嵩燾說：“有此語。”咸豐帝不以為然：“左宗棠何必以科名為重。文章報國，與建功立業，所得孰多？渠有如許才，也須得一出辦事才好。”
高居廟堂的咸豐帝何以如此關切一介鄉野舉人，殷殷期待左宗棠出來為朝廷效力呢？原來早在幾年前，左宗棠的聲名就已傳入聖聽。咸豐五年，與左宗棠“無一面之緣，無一字之交”的御史宗稷辰，聽聞左宗棠的才幹後便舉薦他可獨當一面，成就必不下於胡林翼、羅澤南。咸豐六年，胡林翼向咸豐帝舉薦左宗棠可為將才。咸豐帝命駱秉章將左宗棠送部引見，但駱秉章不願放走這個得力助手，以“俟湖南軍務告竣”搪塞過去。此後，只要有認識左宗棠的人覲見，咸豐帝就會問起左宗棠。如此看來，在樊燮狀告左宗棠之前，咸豐帝對左宗棠已知之甚多，對其在撫署不一般的地位也已瞭然於胸，不至於因一紙狀文即令就地正法。
儘管並無性命之憂，處於輿論旋渦中的左宗棠痛感聲名掃地，在給胡林翼的信中慨嘆道：“所可恨者，七年一縷心血頗有以自見，今被一老傖破壞，此身斷無復留之理，而大局且隨之敗裂耳。”他說自咸豐二年入撫署佐幕，“初意不過混影塵俗，數月即便抽身”，不料湖南形勢嚴峻，張亮基、駱秉章兩位巡撫殷切挽留，只好“忍恥受辱，勉與塵世俯仰。湖湘之事，一身任之；即東南之局，亦一心注之，未嘗以他念稍撓其討賊之志。平生未受國家寸祿，而輒不揣其愚闇，慨然以身冒天下之嫌怨謗忌而獨執其咎，寧不自知以無權無位不幕不紳之人，處於有罪無功之地，必為世所不容哉？誠以世局如此，吾鄉系東南安危，不敢不勉盡其心力所能到者，姑為圖之。故頻年苦說歸田，迄未得恝然捨去耳”。
左宗棠隨時想抽身而退，不願進入體制內，因此一直不肯接受政府的聘書，在撫署只是個臨時工。別人看他這個師爺在撫署過得風風光光，其實他內心認為是在忍恥受辱。不管別人表面上如何尊重他，他終究人在屋簷下不得不低頭，一直在為他人做嫁衣裳。平日苦於沒有藉口辭職，這回總算可以藉故離開撫署。咸豐九年十二月，他告別將近八年的幕僚生涯，於次年正月自長沙準備赴京參加會試。
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