陸軍少將蘇哈托以武力鎮壓了“九•三〇運動”後，立即宣佈取締印度尼西亞共產黨，並在全國搜捕和殺害共產黨人及左派人士的行動。同時以蘇加諾總統姑息和支持“九•三〇運動”為理由，逼迫蘇加諾逐步交出總統權力。到1968年3月，蘇哈托正式取代蘇加諾成為共和國的第二任總統。從此印度尼西亞進入了一個新的歷史時期，即所謂新秩序時期。
蘇哈托
蘇哈托為了鞏固他的政權，極力重用忠於他的陸軍將領，將他們安插在軍政部門的關鍵崗位，並賦予他們很大的權力。同時，蘇哈托又將他認為參與或同情印尼共產黨的左翼軍官，以及屬於納蘇蒂安派系的軍官全部清洗乾淨，從而將軍權牢固地掌握在自己手中。例如，1986年在位的37名內閣部長中，就有15名是現役或退役軍官。在派駐各國的大使中，有一半是現役或退役軍官。此外，三分之二的省長和一半的縣長也都是現役或退役軍官。因此可以說，1966年以後的印度尼西亞新政權是以蘇哈托為首的軍人專制政權。印度尼西亞每五年舉行一次大選，但是蘇哈托通過控制專業集團黨而保證他得以連任總統。
蘇哈托一直將1965年的“九•三〇運動”定為印度尼西亞共產黨策劃和領導的叛亂活動，並據此在全國緝捕印尼共產黨成員，從中央到地方的各級領導人中，很少人得以倖免。這些被捕者或被當場槍殺，或被投入監獄，或被流放到荒島，其人數無法確切統計。許多學者估計在50萬至100萬人之間。到1977年，據大赦國際組織估計，仍有5萬至10萬名在押的政治犯。在被監禁的人當中，一些人雖在80年代陸續獲得釋放，但仍受到種種歧視，他們不得參加政治活動，很難得到職業，生活十分困難，有些人則被監禁到蘇哈托政權垮臺後才得已重見天日。
印尼共產黨主席艾地及副主席魯克曼和約多被捕後都遭到殺害。蘇哈托還極力渲染和誇大“九•三〇運動”的“殘暴罪行”，以及煽動人們對印尼共產黨的仇恨情緒。蘇哈托執政後，每年都在雅加達郊外的鱷魚洞（即六名陸軍高級將領於1965年10月1日清晨被槍殺的地點）舉行悼念被害將領的儀式，還下令製作稱為“印度尼西亞共產黨叛亂”的長達4小時的影片，每年9月30日在全國各地放映。
蘇哈托要鞏固他的政權，還必須掃除他的政敵，特別是陸軍中的納蘇蒂安派系。1965年10月1日凌晨，納蘇蒂安因拒捕而越牆逃跑時腳部受傷，他被部下救出後即住在陸軍醫院裡，陸軍的主要將領如陸軍司令雅尼中將等則已被擊斃或被捕，這使納蘇蒂安喪失了對陸軍的實際指揮權。蘇哈托正是利用這個機會把納蘇蒂安的權力架空，把自己親信安插到軍隊的各個關鍵崗位。當時，納蘇蒂安的一些擁護者也曾鼓動他趁機接管蘇加諾的總統權力。但是，納蘇蒂安深知自己手中沒有軍隊，已無法與蘇哈托的勢力抗衡。納蘇蒂安在1966年擔任短時期的人民協商會議主席之後即退出了政壇。60年代末到70年代，納蘇蒂安曾支持青年學生舉行反對蘇哈托政府專制腐敗的示威活動，遭到蘇哈托的嚴厲鎮壓。
蘇加諾長女梅加瓦蒂
蘇哈托不僅在軍隊中資歷不如納蘇蒂安等人，其政治資本也不如許多政界元老。蘇哈托對這些對手是既嫉恨又擔心。例如，早在1956年就因為反對蘇加諾的親共政策而辭去副總統職務的哈達，在蘇哈托上臺後曾希望重返政壇，但遭到蘇哈托的壓制。顯然，蘇哈托十分擔心哈達可能成為他總統寶座的覬覦者。他對蘇加諾在印尼民眾中仍然存在的政治號召力和影響力更是憂心忡忡。蘇加諾作為印度尼西亞共和國的“建國之父”，從1967年起就被軟禁，只能同家人見面，在痛苦中離開人世。直到1978年，在國內外輿論壓力下，當局才為蘇加諾修建了一座陵墓。1985年，雅加達國際機場恢復了原名，即蘇加諾—哈達國際機場。蘇加諾在印度尼西亞獨立前的著作也被允許出版。然而，關於“九•三〇運動”問題的討論，仍然是一個禁區。1995年6月21日，在蘇加諾逝世25週年時，蘇加諾的家屬在他的出生地——勿裡達市舉行了隆重的悼念會，有2萬多人參加。蘇哈托為了控制這項活動的內容，宣佈由政府接管其主辦權，並禁止蘇加諾的長女梅加瓦蒂、伊斯蘭教教師聯合會主席瓦希德和政界元老阿卜杜•加尼出席悼念活動。蘇加諾次女拉赫瑪蒂的書面發言稿也在經過當局審查後才得以在會上宣讀。
東帝汶位置
東帝汶
蘇哈托統治時期對外關係中一個重大行動就是以武力吞併東帝汶。帝汶島位於印度尼西亞群島以東。17世紀起，該島的西部由荷蘭佔領，東部則為葡萄牙殖民地。印度尼西亞獨立時，其領土自然包括西帝汶在內。1974年，葡萄牙政府宣佈放棄對東帝汶的殖民統治。1975年11月28日，在東帝汶獨立革命陣線領導下，成立東帝汶民主共和國。同年12月17日，蘇哈托下令以武力佔領東帝汶，又於1976年7月17日將他正式併入印度尼西亞版圖，成為印度尼西亞共和國的第27省。在東帝汶革命陣線領導下，東帝汶人民一直堅持反對印度尼西亞佔領的武裝鬥爭。聯合國大會也多次通過決議，要求印度尼西亞從東帝汶撤軍，一直遭到蘇哈托政府拒絕。東帝汶自然環境惡劣，生活條件十分堅苦，以致印度尼西亞，佔領軍必須經常輪換。印度尼西亞每天的軍費達到100萬美元，這使印度尼西亞的經濟又背上一個沉重的包袱。同時，蘇加託政府武力吞併東帝汶的行為不斷遭到各國輿論的強烈譴責！
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