1965年，印尼政府被軍政府推翻，那些反對軍事獨裁的人都被認定為“共產黨人”，並遭遇了血腥屠殺，一年之內，就有超過100萬“共產黨人”喪命，其中就包括農民還有一些當地的華人，史稱“9·30”事件。
“9·30”事件的導火線是1965年9月30日6名陸軍將領被殺。總統蘇加諾被迫下臺，繼任者蘇哈托成了最大受益者——他迅即譴責事件系由印尼共產黨所為，緊接著便以此為藉口開始了對共產黨人及其支持者的大肆鎮壓。其中便包含了大量的華人。
暴亂當時，當地一個同軍隊有聯繫的穆斯林青年組織四處搜尋並屠殺共產黨青年組織的領導人，他們還開始在棉蘭和其它北蘇門答臘城市襲擊華人中的共產黨人，大批華人遭到毆打，房屋、商店被燒。在亞齊省，穆斯林狂熱分子幾乎襲擊了當地所有的共產黨人，一些亞齊暴徒甚至將人殺死後，將他們的頭顱割下，掛在道路兩旁的柱子上
其間，印尼軍方曾誣稱有9名大雅族（印尼高山原住民）長老被華人所殺，挑撥大雅人對華人的仇視。報仇心切的大雅人，在許多華人住所前放置盛有雞血或狗血的紅色土碗。這就是大雅人復仇的記號，任何大雅人見到紅碗，都有責任將屋裡的人趕盡殺絕 。
根據倖存者的陳述，至少有好幾個地方發生“屠村”事件。“溝水都變成紅色”，“大雅人殺華人，就像殺雞殺鴨一樣”。據印尼官方在1975年公佈的數據，至少有45到50萬人被殺。
為什麼大量的華人會成為受害者？究其原因有兩點。第一，荷蘭殖民者採取間接統治和分而治之的統治方式，埋下隱患。間接統治是殖民者選出有影響力的上層華人，賦予一定的內部管理權力。這種制度下，殖民者將部分稅收給華人承包，藉此將當地人對高額稅收的反感情緒轉嫁了華人身上。
第二，華人遷居印尼之初就是為了經商貿易，經濟實力明顯優於當地人。當地人生活日漸貧困，仇富心態下，排華情緒一觸即發。
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