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親王不是封國，吳三桂自然是沒有辦法掌管雲貴政事的。
吳三桂就藩，做的是平西親王，在滿清的爵位中屬於最高級別了，在此之下，才是“郡王”、“貝勒”、“貝子”等。這也是清朝對他幫助清軍，因此，平西王其最尊貴程度可見一斑。
但也就是尊貴，吳三桂的權限沒有被清政府完全開通，吳三桂對轄區內的軍隊有統轄權，對政府的官員有舉薦和罷免之權。就（並諭吏、兵二部，凡雲南文武官舉黜及兵民一切事，命吳三桂暫行總管，俟數年後，仍照舊例）而且在吳三桂勒死永曆後，得到了准予便宜行事，雲、貴督撫全受節制的獎賞，他所除授文武官員，號稱“西選”，有時候“西選”之官和滿清朝廷的官員都被派到一個地方任職，那就看誰跑的快，到任早了。
雖說如此，但作為巡撫這種高級官員還是要被朝廷掌握在手裡的，這就是所謂的制衡，軍事上，吳三桂掌控一切，政事上吳三桂可以選官，可以推薦，可以罷免一些轄區裡的官員，但巡撫卻是朝廷派來的，這就是政治上的鬥爭，清庭不會把整個地區所有的權利都交給吳三桂的。
所以朱國治這些人的作用就是，吳三桂對清庭負責，朱國治對清庭負責，但他只是個巡撫，吳三桂的等級比朱國治高的多，朱國治卻不需要對吳三桂直接負責。
說到朱國治，康熙王朝裡將他描寫成大聖人，堅貞不屈，面對吳三桂叛亂，英勇殉國，實際上，朱國治是順治和康熙時期出名的大貪官，江南一帶百姓對其十分厭惡，所以暗地裡稱其為“朱白地”。他在會見吳三桂之時，總是擺著架子，覺得自己是直系奴才而高人一等，最後死在吳三桂手裡，也算惡人自有惡人收拾吧。
朱國治死後，康熙給他建廟，結果卻沒有人來祭拜，足以顯示這人是多麼的遭人厭惡了。
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因為清朝沒有藩王的國家。
吳三桂當時確實位極人臣，不但領親王銜，還掌握了雲貴兩省的軍權。但是，也就是個軍權。
如果用現代說法，吳三桂的身份就是雲貴軍區司令員，負責雲貴兩省的防務。而兩省的政務，依舊由朝廷的任命的巡撫，也就是省長負責。
清朝的這個做法和明朝初期有點相似。朱元璋的幾個兒子被封為藩王，並掌握當地軍權，但是，政務並沒有控制。以朱棣為例，建文削藩時，朱棣並不是一開始就造反，而是裝病，因為北平布政使不歸他管，是朝廷派來的，必須要瞞過他。如果朱棣真有真正的王國，那他反而不用緊張。
說到地位，自然吳三桂遠遠高於雲南巡撫。他是正經的親王，超品，而云南巡撫撐死也就是個二品官，即便是雲貴總督，見了吳三桂也得下跪請安。
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清朝入關後所封之漢族人為王鳳毛麟角，而且皆是降清的前明將領，如孔有德，祖大壽，康熙元年又進封吳三桂為平西王，尚可喜為平南王，耿精忠為靖南王，吳三桂鎮守雲南兼領貴州事，尚可喜，耿精忠分別就藩廣東，福建。
康熙最初封這三人為王是為了籠絡人心，所以將廣東，福建等南方富庶之地封給他們，但畢竟是前明將領，誰能保證他們將來不會反清呢，削藩是早晚的事。
三王之中吳三桂封地最大而且實力最強，三藩兵糧賦稅及各自度用朝廷不予干涉，真可謂儼然三個獨立小國。
雲南巡撫朱國治作為雲南的地方大員，正二品銜，但在氣焰囂張的吳三桂面前，朱國治這個巡撫當的也是相當的憋氣，清朝入關之後，在省一級行政上設有巡撫總督等地方官職，皆是鎮守一方的大員，但顯然吳三桂並沒有把朱國治這個巡撫放在眼裡，明為輔助實則監視這個意思吳三桂還是明白的。
所以說到後面三藩反清這麼大的事身為雲南巡撫的朱國治竟然毫無阻攔之力反而丟了性命，這也正說明了雲南巡撫這個官在吳三桂眼裡算不得是什麼大官，既然反了殺一個朱國治又算得了什麼。
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毫無疑問，雲南巡撫首先地位和權力比平西王吳三桂低了很多，巡撫之上還有云貴總督管轄，而云貴總督之上，就是清廷初期授予“便宜行事”的平西王吳三桂。其次，康熙十年之前的雲南大小官員大部分都是吳三桂的派系，自然要聽吳三桂命令行事。
(三藩)
吳三桂殺死永曆帝之後，被封為親王，管轄雲貴兩省，還封部下十人為雲南總兵。實際上，吳三桂還插手雲貴之外的事務，因為三藩的勢力遍及全國之半，包括陝西提督，四川總兵等都是吳三桂的舊屬。所以，吳三桂甚至能在管轄範圍內“便宜”任命官員，號稱“西選”。雲南巡撫自然也在吳三桂的人了，比如順治十六年的雲南巡撫林天擎，後來也跟隨吳三桂造反。
(康熙帝)
但是，在順治十七年擔任雲南巡撫的袁懋功是例外，袁懋功和吳三桂有什麼關係，筆者沒查到。不過，《清史稿》記載，袁懋功知道吳三桂有“異志”，於是鎮之以靜，部曲愛重之，老袁還有是有本事的。
康熙皇帝上臺後，知道三藩對清廷的危害很大，於是有意開始打擊吳三桂等人。康熙下令三藩交出管理權給總督，巡撫，結果雲貴總督卞三元等雲貴官員還為吳三桂“請命”，可見吳三桂的根基。
(康熙和吳三桂)
康熙十年，委派了朱國治擔任雲南巡撫，這次是朝廷的人了。朱國治這個人還因為貪腐，引發過兵變，但是，吳三桂起兵時，由於不肯依附被殺害，這應該是吳三桂時期，最後一任雲南巡撫了。
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拋開康熙王朝中的各種情節不談，我們單純從政治佈局上來分析平西王的權利和雲南巡撫的設置。
首先是吳三桂為什麼會被封為平西王？清朝對於王爵的晉升是非常謹慎的。其實也可以說是非常的小心，或者說吝嗇也行，尤其是對於漢人封王，那更是一個一毛不拔。曾國藩統帥湘軍，剿滅太平天國，一舉平定江南。這個功勞放在之前的朝代都是不世之功，封個王那是順理成章。但是清朝就不行，後來把也就是侯爵之類。但是吳三桂確實做了平西王，準確的說是平西親王。這是為什麼呢，因為清朝初期，朝廷是十分需要吳三桂的？
吳三桂從東北山海關開始，追隨著清軍一路是高歌猛進，橫掃半個中國，最後到了雲南，甚至率領軍隊打入緬甸，追回永曆小皇帝，隨後處死，獻給朝廷。有人說他的功勞太大，所以封王？難道曾國藩的功勞不大嘛。
重點就是，吳三桂手裡的十幾萬精銳之師，而且與其他漢族將領關係很好。清朝一直投鼠忌器，只能虛與委蛇，封給其給好的爵位，籠絡人心。
清朝一直在做另一個方面的努力，就是傳說中的滲透摻沙子。就是企圖通過認命地方的行政官員，來將吳三桂的權利進行限制。所以這就有了巡撫，總督的派遣。
從理論上來看，吳三桂只能掌控軍事，不能過問行政。所有朝廷命官都是朝廷的人，但是初期吳三桂有節制總督，巡撫的權利，那個是為了當時打仗需要。按理說後來，吳三桂就應該交出來。無奈的是，權利是最好的誘惑，一旦開始就無法停止。吳三桂不到沒有交出權利，還不斷向下進行挖掘。以至於後來出現了西選。低級官員也開始效忠吳三桂了。
所以這個時候，裁撤三番已經是不能不為之事了。那已經是一個巨大的獨立王國，而且還在抽朝廷的血。
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李自成攻破北京後，吳三桂衝冠一怒為紅顏，決定獻關降清。在1644年的一片石戰役之中聯合清軍擊敗李自成的大順軍隊。隨後一路勢如破竹的攻滅李自成的大順政權，然後又西北地區剿滅了抗清的義軍， 最終在順治十六年（1659年）吳三桂攻下雲南後， 即開藩設府，鎮守雲南，總管軍民事務。康熙元年，因為擒殺南明桂王，被進封親王。
晉爵平西王掌管雲南後的吳三桂大權在握，但是理論名義上其只擁有當地的軍權和賦稅的權力，所以國家派遣巡撫和總督行事行政權力是必須的。
然而在吳三桂開藩設府之後，為了鞏固自己的地位，對於其轄下的所有官吏，他“選用自擅”，“各省員缺，時亦承製除授，謂之西選”。也就是說吳三桂封地內的官員都是由自己選派。而且在清廷所給雲、貴二省督撫的敕書，都要寫入“聽王節制”。以此，兩者地位高下立判，吳三桂的地位遠高於清廷派選的總督巡撫。
在康熙上臺之後，吳三桂和清廷的矛盾日趨激烈，清廷多次收繳吳三桂的權力。最終引起了吳三桂起兵叛亂。
這裡值得一提的是《康熙王朝》中的朱國治，電視劇中被塑造成了忠義無雙的官員，實際上其貪贓枉法，聚斂錢財，羅織罪名殺害金聖嘆等人。在1671年調任雲南後並沒有監視吳三桂，而是大肆收受賄賂，阿諛奉承吳三桂。這也足以證明吳三桂在雲南擁有著最高的地位。
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首先要弄清楚的是，吳三桂的開藩設府的真實情況是怎麼樣的？
開藩設府，並不等同於國中之國，吳三桂並沒有獨立於清朝廷之外一套行政制度在運行，雖然朝廷賦予了他鎮守雲貴，總管軍務事的權力，但這種權力還是節制在朝廷體制之下。總管軍務事，只是行政權力的下放，並沒有人事權力的下放。國家人事權力，官員任免還在朝廷手中。
只是後來，吳三桂率部從西北打到西南邊陲，為清朝確立對全國的統治建立了特殊的功勳。因此，清朝對他由原先的控制使用改為放手使用。不但在李國翰死後，讓他獨承方面之任，而且在一切軍事活動中也“假以便宜，不復中制，用人，吏、兵二部不得掣肘，用財，戶部不得稽遲”。
由此可見吳三桂後來獲得了一些列的人事特權，以及財政傾斜，是建立在軍事行動上的，朝廷只是將這種權力作為一種表彰吳三桂的過渡手段。而永鎮雲南這個許諾，也只是許諾他個人，等他死了以後他兒子吳應熊能不能接替朝廷可沒有規定。
後來吳三桂擒殺桂王，朝廷給他晉爵親王，併兼管轄貴州。到了這一時期，全國基本已經歸了大清，而吳三桂的權力與聲勢都達到了頂點。
實際上，吳三桂的開藩設府更像是一種朝廷為了籠絡他不得已的開出的價碼，而吳三桂作為臣子，他接受了這樣的價碼，獲得了相應的權力，自然不可能跳出朝廷的制度，他依然是要服從中央管轄的。
所以無論是雲南巡撫還是其他重要地方行政官員的任免權力依然還在朝廷手裡，吳三桂的永鎮雲貴更像是朝廷許諾的終身制加強版雲貴總督。
法理上來說，人事權力在中央，雲南巡撫屬於朝廷流官官員正常序列，而吳三桂作為兩省的最高行政軍事長官，也同樣是由朝廷任命的，即便吳三桂在雲貴具有架空朝廷的實力，只要他一天沒打算造反，在人事任免上他依然需要尊重朝廷。
再談及吳三桂於雲南巡撫之間的地位關係，那麼這就好像省委書記兼省軍區司令員與省長的關係，而平西王這個只是職級待遇，並不代表是雲南國王，二者之間沒有臣屬關係。
綜上所述，吳三桂的藩地。並不是藩國，並不具備獨立運營一個獨立於朝廷體制以外的行政班子，他任命或者罷免官員，都是需要走身為人臣的正常程序的，只是這種程序某種意義上來講只是走過場。
所以解答題主的疑問只需要明白兩點即可：
其一，雲南行政體系與其他地方是一致的，中央權力也是一致的，只是吳三桂作為藩鎮，具有高於一般總督的特權。
其二，朝廷在人事任免上會遷就吳三桂的特權，但吳三桂為表示服從調劑，也會尊重朝廷的人事任免，這是政治需要。
緣説
這個巡撫自己老婆兒子都被吳三桂殺了，吳三桂在雲貴川就是土皇帝
