清廷入关后，为了对抗李自成的农民起义军和南阳政府的反抗，特封云南的吴三桂、广东的尚可喜还有福建的耿精忠为藩王，平定叛乱。由于清朝统治力量不足以直接控制南方各个省份和县衙，因此任命一些有功的汉人来接管一些南方的省份。而吴三桂、耿精忠和尚可喜则皆在名列之中，三方势力合并成为“三藩”。
康熙帝
平定完叛乱的三藩各自拥兵自重，久据数省，且三藩势力几乎占全国一半之多。不仅如此，吴三桂自持权重为人傲慢，且踞明桂王五华山旧宫为藩府，将明黔国公沐氏旧庄七百顷作为 藩庄，强占民田，私铸钱币，日练兵马，囤火药利器。耿精忠更是“苛捐杂税”弄得民不聊生，妄称火耳者。尚可喜私充盐商，每岁所获不下数百万真金白银但对大清王朝还算忠心，无奈年老多病将其位置传给尚之信，由于尚之信生性桀骜，酗酒弑杀，搞得官民怨愤，这三藩势力实际上早就已经形成了藩镇割据势力。
康熙皇帝盲目的撤藩做法把吴三桂闭上了绝路，历时八年的三藩之乱也因此拉开了帷幕。康熙十二年春，吴三桂诛杀云南巡抚朱国治。提出“兴明讨虏”的口号，直接将矛头指向了朝廷。并且拘捕了按察使以下所有不顺从的官员，发布檄文，自称“元镇守山海关总兵官，今奉旨总统天下水陆大元帅，兴明讨虏大将军。”佯称拥立“先皇三太子”兴明讨请。由此，浩浩荡荡的三藩之乱开始了。
康熙帝
清朝政权统一中原之后，民族矛盾在全国范围内依然普遍存在这；阶级矛盾在这时已经成为了主要的社会矛盾；当然了统治集团的内部矛盾依然也继续存在着。因此，当吴三桂刚刚举起反清复明的大旗时，便就得到了明皇室和郑经集团、部分汉宫、汉兵以及一些少数民族的相继回应。其中也包括四川的土司、苗族、察哈尔蒙古布尔尼、以及青海的墨尔根台吉等民族的回应。
康熙十七年（1673年）七十四岁的吴三桂在衡州称帝，国号大周，同年秋吴三桂病死，叛军群龙无首，众心瓦解。孙子吴世璠继承皇位，清政府借此机会发动进攻，从此叛军一蹶不振，湖南、广西、贵州、四川等地逐步被清政府攻陷。
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康熙二十年代，清政府直逼云南，吴世璠自杀，其余人皆被招降，自此，三藩之乱终告平定。平定叛乱之后没收了各藩王的财产，并且撤藩回京师。除吴三桂部下调往边区之外，其余各部重新编入八旗之中。彻底的消灭了藩镇制。
三藩之乱的胜利同时也意味着被割据受到迫害的人民也得到了解放，给这些地区的社会经济的恢复和发展也提供了必要的条件，也有利于边疆和内地的经济，文化的交流。
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公元1683年康熙皇帝收复台湾的明郑政权，至此彻底的消灭了南明的抗清势力。自此以后，反清复明的运动便不复存在。
对于康熙皇帝盲目的撤藩在史学界是饱受争议的。但是，无论撤不撤藩吴三桂的叛乱只是迟早的事情，康熙皇帝的举措也是十分冒险，自大清以前的历代强盛王朝。其实都存在这如何撤藩的问题，武力撤藩，都会给国家带来重大的损失，给人民百姓带来巨大的灾难。
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但无疑的是，这次的平叛战争的胜利，清除了地方割据势力，避免了一次国家的大分裂的同时也加强了中央集权，有利于多民族统一国家的巩固和发展。如果说，康熙皇帝能够以史为鉴，认真吸纳历史的教训，在撤藩之前制定一个详细的计划和给予被撤藩的藩王一定的待遇安排等等。那么，此次的藩王之乱会不会因此而避免呢？
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