乾隆二十五年（1760年），清朝吞并准噶尔汗国后疆域达到极盛，北起蒙古唐努乌梁海地区及西伯利亚，南至南海，包括“千里石塘、万里长沙、曾母暗沙”（今南海诸岛），西南达西藏的达旺地区、云南的南坎、江心坡地区等缅甸北部，西抵葱岭、巴尔喀什湖地区，东北抵外兴安岭，包括库页岛，东南包括台湾、澎湖群岛。国土面积达1316余万平方公里。
清朝地图
清朝幅员辽阔，清朝在1662年统一全国后，划前朝的两京十三布政使司为十八个行省，省下设道、府（州）、县。在东北、外蒙、新疆则设立五个将军辖区，实行因俗而治，又在科布多设立参赞大臣辖区和西藏办事大臣及达赖喇嘛辖区、西宁办事大臣辖区、青海玉树四十族等负责管辖辽阔的藏区。在云贵地区则推行土司制度，并在雍正年间完成改土归流。
内地十八省：
直隶、江苏、安徽、山西、山东、河南、陕西、甘肃、浙江、江西、湖北、湖南、四川、福建、广东、广西、云南、贵州。
1645年（顺治二年）改北直隶为直隶省，改南直隶为江南省。1664年（康熙三年），分湖广为湖北、湖南二省。1667年（康熙六年），江南省正式分为江苏、安徽二省。1668年（康熙七年），陕西省正式分为陕西、甘肃二省，自此形成了所谓内地十八省的格局。
五个将军辖区：
东北：盛京将军、吉林将军、黑龙江将军。将军之下设专城副都统分驻各城，并管理各城的临近地区。副都统下有总管统领各旗。在汉民聚居之处，置府、州、县、厅，如同内地。居於黑龙江、嫩江中上游的巴尔虎、达斡尔、索伦（鄂温克）、鄂伦春、锡伯等族，编入八旗，由布特哈总管、呼伦贝尔总管管辖。黑龙江、乌蘇里江下游及库页岛的赫哲、费雅喀、库页、奇楞等渔猎部落则分设姓长、乡长，由三姓副都统管辖。
新疆：伊犁将军。其中的蒙古游牧地区实行盟旗制。维吾尔、布鲁特、塔吉克等族地区则实行伯克制。蒙古旧土尔扈特部与中路和硕特部设立旗、盟：旧土尔扈特部为南北东西四路乌讷恩素珠克图盟，和硕特部为巴图塞特奇勒图盟。准部地方设乌鲁木齐都统，统辖乌鲁木齐（迪化州）、库尔喀喇乌蘇、吐鲁番、哈密、古城、巴里坤（镇西府）等城。其中迪化州、镇西府由新疆与甘肃省双重管辖。塔尔巴哈台由塔尔巴哈台参赞大臣管辖。伊犁及其以西地方由伊犁参赞大臣、领队大臣管理。回部设总理回疆事务大臣（喀什噶尔参赞大臣），统辖喀什噶尔、叶尔羌、和阗、阿克蘇、乌什、库车、喀喇沙尔等城。
外蒙古：乌里雅苏台将军。乌里雅苏台将军统辖的军事区域包括外蒙古土谢图汗部、车臣汗部、赛音诺颜部、札萨克图汗部，以及唐努乌梁海、科布多。其地大致相当于今蒙古国大部（除苏赫巴托尔省等地）；俄罗斯图瓦共和国、阿尔泰共和国，阿尔泰边疆区东南部，哈卡斯共和国西部和克麦罗沃州南部；中国新疆阿勒泰地区北部；以及哈萨克斯坦东哈萨克斯坦州东部一隅。
两个办事大臣：
西宁办事大臣：西宁办事大臣统辖青海蒙古二十九旗和玉树等四十族土司，主持蒙古各旗会盟、祭祀青海湖神，掌管赋税、驻防、筹办粮饷、刑名按劾，以及青海入藏商道、驿站、茶粮互市等事宜，处理蒙、番矛盾，后来还要协助驻藏大臣转运粮饷、派遣兵员入藏。西宁办事大臣直接管理黄河以南的藏族部落，结束了明末以来西北地区藏族“但知有蒙古，不知有厅、卫、营、伍诸官”的状态，为雍正五年设置驻藏大臣奠定了基础。
西藏办事大臣：西藏地方的行政长官为驻藏大臣，驻喇萨，会同达赖喇嘛、班禅额尔德尼办理藏内政务。其政令由噶厦（西藏官府）执行。西藏的基层政区是宗，大致相当于内地的县，但规模很小。一些贵族、寺庙的庄园领地称为“溪卡”，地位比宗低或者平级。宗的长官为“宗本”，溪的长官为“溪堆”，一般由噶厦委派，也有的由特定寺庙委任。后藏札什伦布附近的几个宗，由班禅直接管理。今那曲地区、昌都地区北部的各部落统称霍尔三十九族，简称三十九族，为蒙古人后裔，由驻藏大臣的属员夷情章京管辖。驻扎于达木（今当雄）的达木蒙古八旗，每旗设一佐领，不设总管，直属于驻藏大臣。
理藩院：
理藩院是清朝统治蒙古、回部及西藏等少数民族的最高权力机构。也负责处理对俄罗斯的外交事务。
清代蒙古又分为内属蒙古与外藩蒙古。内属蒙古包括察哈尔、归化城土默特、唐努乌梁海、阿尔泰乌梁海等部，各旗由朝廷派遣官员（一般为总管）治理，与内地的州、县无异。外藩蒙古又按其归附清朝的先后分为内札萨克蒙古与外札萨克蒙古。内札萨克蒙古又被称为内蒙古，于天命至康熙初年陆续归附清朝。乾隆以后定为二十四部，共四十九旗，设六盟。内札萨克各旗不但政治地位很高，还保留了一定的兵权。康熙中期以后归附清朝的各部落称为外札萨克蒙古，包括漠北的喀尔喀四部、西套蒙古二旗、青海蒙古各部、科布多各札萨克旗、新疆旧土尔扈特部及中路和硕特部。外札萨克各旗无兵权，隶属于当地的将军、都统、驻扎大臣（西套蒙古二旗除外）。其中喀尔喀四部后来演变为外蒙古。
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