誤區一：化肥是人造化工產品，施用化肥對環境、野生動物和人類有害
化肥實際上是植物可以吸收的物質，又稱為“植物營養”。化肥中氮、磷、鉀、硫、等營養元素與我們體內存在的和食物中的營養元素是相同的，化肥也是無毒的。化肥中的氮、磷、鉀元素都來自於空氣或土地，是自然中存在的天然物質。化肥生產過程是將自然界中的氮、磷、鉀轉化為作物可吸收的物質的過程。
誤區二：自然界中既然有氮、磷、鉀等元素，就不需要施用化肥
自然界中的營養元素不全面，也不完全是植物所需要的。自然界只能提供有限的植物營養，如果只依賴於天然土壤，需要幾十年的積累才能使土壤中的有機物能夠滿足植物所需的營養元素。如果在天然土地上種植，一個季節的耕種就可能消耗掉土地幾十年的養分積累。所以，施用化肥是補充土壤中養分的必要手段。
誤區三：有機農業不使用肥料，尤其不能使用化肥
有機農業目前還沒有公認的、嚴格的定義。有機農業也使用肥料，主要使用天然、有機肥料。如歐洲的有機農業規定：允許使用磷礦粉、鉀礦，不允許使用普鈣、重鈣。我國綠色食品AA級標準規定只允許使用天然、生物肥料，A級標準規定有限度地使用化學肥料。
實際上有機農業在肥料使用的規定上也令人費解，如歐洲制定有機農業標準的機構認為天然礦物肥料更純淨，對環境無害，我國AA級綠色食品只允許使用天然肥料（如磷礦石、草木灰）。實際上，天然礦物經過化學加工，其中的重金屬等雜質大部分已隨廢渣排出，有害物質含量大大降低，化學肥料比天然礦物要純淨得多，對環境的危害更小。有機農業和綠色食品生產不應該隨意控制某種肥料的使用，而應該看這種肥料對農產品品質及環境的影響。
誤區四：化肥與有機肥養分相同，應該完全使用有機肥
如果僅使用有機肥，難以滿足作物的全面、充足的養分需求，也就難以實現作物的高產、高質，或者需要大量地增加耕地面積。另外，有機肥料中氮磷鉀比例差異很大，僅使用有機肥料難以達到平衡施肥的要求，例如，玉米僅施用有機肥，能滿足氮的要求，則磷養分要超過玉米需求量的4-5倍，而化肥是最易實現平衡施肥的補充養分措施。
有機肥與化肥的配合使用效果更好。我國農民曆來重視有機肥料的使用，有機肥料的總量一直較穩定，隨著化肥使用量的上升，有機肥料的比例有所下降，但在國際上也處於領先的水平。據農業部資料，我國目前有機肥料約佔總肥料使用量的50％，歐盟目前的肥料養分比例是：化肥49％、有機肥49％、城市垃圾及廢料2％，美國為：化肥68％，有機肥32％。
誤區五：有機農業保護環境和野生動植物，常規農業對環境影響大
不論是有機農業還是常規農業，正確有效地使用肥料都不會對環境構成威脅，而常規農業的高產使我們在有限的土地上獲得了充足的食物，如果全部依賴有機農業，全世界的土地也不能養活世界人口，這就需要大面積地開墾耕地，將對環境和野生動物造成更大的影響。
誤區六：有機食品更加安全、健康，品質更好
關於有機食品的宣傳給人造成的印象是“天然”、“有機”就是好的。實際上，世界上目前還沒有確切的證據表明有機食品和常規食品的品質差異，即使是世界有機食品協會和負責的有機食品生產商也從未宣稱有機食品品質高於常規食品。而正確施用化肥可提高作物品質是公認的。
誤區七：化肥損失汙染了河流、海洋，造成富營養化
雖然化肥的淋失可造成水體汙染，但是水體汙染的因素很多，化肥並不是主要因素，據有關資料，城市汙水的排放量一般要遠高於化肥淋失。另外，不論施用有機肥料和化肥都可能淋失，都可能對水體造成汙染。如果在化肥施用時，控制好施肥時機和氮磷鉀施用量，採用科學的施肥手段，則化肥的損失很容易控制。
誤區八：沒有化肥，也能養活世界人口
如果沒有化肥，全世界將減產1/3的糧食；所有的森林、野生動物保護區、草地等都必須被用作耕地；食品價格將上漲，生活水平將下降。總之，人類的生活質量將大大倒退。化肥工業在提高農業產量，農產品品質、人民生活水平等方面發揮了重要的作用。今天在人們提倡綠色、環保的同時，對化肥的誤解也較多。我國化肥生產和使用部門有義務積極宣傳化肥的作用，消除人們對化肥的負面印象；同時，也應該大力開展科學施肥和農化服務，指導農民科學施肥，將化肥對環境的影響降低到最低程度。
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