關於SCI論文至上的爭論在科學網已經有過很多，正反兩方面的觀點都有，用“成也蕭何、敗也蕭何”的觀點來評價SCI論文至上的評價體系是最合適不過了。對於SCI至上評價體系的好處已經有過很多評價，這裡本人結合自己的體會談談SCI論文至上評價體系的弊端。
一、降低了博士畢業生的生存競爭力
眾多周知，絕大部分SCI源期刊的語言是英語，這對於以漢語為母語的中國人來說是個挑戰。為達到眾多高校不切合實際的畢業答辯標準，許多博士一入學就開始將自己的研究範圍侷限於一個非常狹小的領域，將大部分的時間用於閱讀英文文獻、模仿句法結構、熟悉專業詞彙，根本沒有剩餘時間來把握本領域基本理論，前沿熱點。更是沒有閒暇時間去陶冶情商、薰陶愛好，導致很多博士畢業生變成“窄士”，除了科研之外，別無所長。在博士生供過於求的情況下，如果不能夠從事本領域研究被迫改行，百無一用是書生的悲劇在所能免。
二、加速了學科之間、不同研究方向之間的惡性衰增
不同學科之間、同一個學科不同研究方向之間各有側重，有的側重於基礎，有的側重於應用。在SCI論文至上的評價體系指揮棒下，容易發表SCI論文的學科、學科方向一枝獨秀，其他的學科、學科方向則百花凋零，最終會導致許多學科、學多學科方向的衰敗。以筆者所從事的森林調查規劃學科為例，除了容易發表SCI論文的遙感與GIS應用方向，其他研究方向都出現了嚴重的衰敗。由於森林調查規劃理論、規劃方法等研究方向的持續萎靡，導致整個學科的衰敗。令老一輩森林調查規劃前輩遺憾的是，曾經輝煌的林學三大支柱學科之一的學科，已經淪為一個只能為其他學科提供3S手段的技術工具。
三、加劇了人才專業結構的供需不平衡
毫無置疑，在SCI論文至上的考評機制下，發表SCI論文最多的學科、人員，獲得科研經費、科研獎勵越多，在這種情況下，這些學科、人員所指導的研究生也越多。如果從SCI論文發表的領域來看，無疑是基礎學科佔盡天時地利。在整體的產業結構低下的情況下，這種考評機制會增大面向科研的人才培養模式與面向市場需求模式之間的矛盾。再以筆者從事的森林調查規劃為例，全國博士點9個，碩士點22個，以遙感與GIS方向的研究生、博士生佔了一大半。經過多年的人才補充，林業勘察設計部門的遙感與GIS方向人員已接近飽和，而用人單位需要的測樹、森林資產評估、森林認證人員學校卻很少培養，人才結構不合理的矛盾日益突出。
四、惡化高校本已緊張的人際關係
SCI論文至上的考評機制下，能夠發表高影響因子的SCI論文的教師揚眉吐氣，各項人才工程桂冠、職稱破格提拔、鉅額獎勵紛至沓來，連報考的研究生都踏破門檻，而沒有發表SCI論文的教師則如同無人欣賞的灰姑娘，無人喝彩。在這種冰火兩重天的激勵機制下，原來溫情脈脈的同事關係、師生關係很難維持，會使在行政化、學術幫派影響下的人際關係更加惡化。
五、助長了投機剽竊、弄虛作假之風
馬克思說：“如果有20%的利潤，資本就會蠢蠢欲動；如果有50%的利潤，資本就會冒險；如果有100%的利潤，資本就敢於冒絞首的危險；如果有300%的利潤，資本就敢於踐踏人間一切的法律”。知識分子也是人，同樣受價值規律的支配。華東地區某三流高校的獎勵政策明文規定，一篇SCI核心庫論文獎勵現金1萬元，科研經費2萬元，該學校一新成立學院甚至標出一篇SCI論文10萬元現金獎勵的天價。在很多三流高校，研究生1篇SCI論文就可以穩操2萬元國家獎學金的勝券，教師2篇SCI論文就可以破格提拔教授。可以想象，在這樣重賞之下，無論是投機剽竊、還是弄虛作假，什麼樣的敢於踐踏人間一切的法律勇夫產生不了？
六、加速了科學研究與生產實踐兩張皮現象
絕大部分SCI論文發表在以英語為工作語言的國外期刊上。不言而喻，讀者也應當是精通英語的專家、教授，英語水平低下的生產第一線人員自然無緣、也不可能有欣賞國際水準的科研成果的機會。這樣一種考評機制，又如何促進生產力發展呢？以筆者所從事的林業行業為例，建國60年來，發表在SCI期刊上的科研成果不計其數，然而，我們的生產力水平呢？如果以單位面積蓄積量、單位面積年增長量來衡量，仍然位居世界落後國家行列。如果到國有林場、集體林區一線生產單位看看，整個營林業的生產力水平還是停留在數十年前的水平。生產力落後，高學歷人才需求不足，導致林學相關專業的本科生、研究生大部分被迫改行。
幾年前，在籌備第十屆中國林業青年學術討論會上，很多籌委會專家對SCI論文至上的考評機制都提出了尖銳的批評，並且把當年的研討會主題定位為“把我們的論文寫在大地上”。為此，還專門邀請了奮戰在林業生產第一線的專家做了大會主題報告。然而，受各種利益驅使，這種SCI論文至上的考核機制任然呈越演越烈趨勢，尤其在一些仍然做著趕超世界一流高校夢想的三流院校。
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