乾隆統治前期，天下基本太平，但是遠遠沒有達到四海昇平的境界。當時，比較盛行的地下宗教有白蓮教、大乘教、羅教、宏陽教、收元教、長生道、清水教等，有的教派被有私心的人利用，成為斂財的工具，也有野心家利用百姓對封建君主專制的不滿，發展教徒叛亂。
大乘教陰謀叛亂
大乘教是流傳最廣的教派，張保太是大乘教創始人，雲南大理雞足山人。康熙年間，張保太就在雞足山傳教，張保太自取法名“道岸”。康熙二十年（公元1681年），張保太創立大乘教，自稱“西來教主”，正值平定吳三桂等人三藩叛亂之後，雲南百姓飽受戰亂之苦，盼望“明主”出現，大乘教宣揚明主降臨天下太平，聚眾誦經，百姓紛紛加入，大乘教發展到全國各地，信徒幾萬人。
雍正時期，大乘教引起朝廷注意，雍正八年（公元1731年），清朝逮捕張保太，打算處以絞刑，張保太在監獄關押期間，雍正皇帝去世，乾隆登基後，大赦天下，張保太回到家鄉，暗地裡繼續傳教。
乾隆六年（公元1742年），張保太去世，兒子張曉繼承大乘教教主職位，但是，張保太的弟子劉奇更有組織能力，很快就取代張曉成為大乘教新教主，劉奇以雲南、貴州、四川為大乘教大本營，向全國傳教，成為一個龐大的教派。
乾隆十一年（公元1747年）三月，大乘教再次引起官府注意，貴州總督張廣泗密奏乾隆皇帝，大乘教燎原之勢發展，恐生叛亂。乾隆高度重視，下了九道諭旨，命雲南、貴州、四川、江蘇、直隸、湖廣、江南、江西、山西等地官府緝拿大乘教的大小首領。
雲南總督逮捕了大乘教原教主張曉和現教主劉奇的徒弟劉鈞、楊聲等六人，張曉和劉鈞被凌遲處死，其他人斬立決。
貴州總督張廣泗緝拿了創始人張保太的弟弟張二郎，通過審訊得知了大乘教的聚會時間和地點，將大乘教在貴州的重要人物一網打盡，逮捕了大乘教的貴州首領魏明璉，得到了大乘教的內部信息，基本瓦解了大乘教在貴州的勢力，只有一個叫朱牛八的首領逃脫。
朱牛八是一個非常神秘的人，但是朱牛八是白蓮教的一個首領，朱牛八加入大乘教，意味著白蓮教和大乘教的聯合，白蓮教曾宣傳“清朝氣數已盡，四方正佛出自王門，胡人滅亡之後，何人登基？牛八原來是土星。”宣揚朱牛八是未來的皇帝。
四川巡撫追查大乘教不利，多次收到乾隆責罵，四川巡撫抓住了大乘教骨幹份子129人，後來抓住了大乘教四川首領李奇和蘇君賢。
北京雖然是清朝首都，但是大乘教活動卻非常猖獗，大乘教的北京首領呂齋婆逃脫了抓捕。其他省份抓住了大乘教的主要首領。
乾隆命令將大乘教的主要首領斬首，其他次要人員或流放或免罪，持續了九個月的追捕，乾隆十一年十一月，大乘教結案。
羅教的簡短起義
羅教起源於明朝嘉靖年間，創立人羅清，山東即墨縣人，羅清吸取了佛教“萬物皆空”的理論，認為真空是宇宙的本源，又結合了道教和宋明理學，認為萬物都是無極化，羅教又被稱為“無極教”和“太極教”。
羅教後來發展到浙江，浙江處州府慶元縣姚普善將羅教發揚光大，留下了《三世因由》一書，書中說羅教初世姓羅，二世姓殷，三世姓姚，他們都是天上彌勒佛化身，號為無極佛祖，百姓男女老幼都可以加入這個宗教，不過必須吃齋，凡是教徒，都必須用“普”字作為教名。
乾隆初期，姚普善的後人姚正益每年都去福建傳教，剛開始教徒不多，後來人數越來越多，教徒都把姚正益奉若神明。
這些教徒自號老官齋教徒，經常聚會吃齋，後來，聲勢越來越大，乾隆十二年（公元1748年），老官齋的首領陳光耀搭建帳篷，聚集大量鄉民吃齋唸經，引起地方官府不安，官府抓捕了陳光耀。
陳光耀被抓捕後，老官齋的大小首領擔心牽連自己，商量劫獄。一個叫宋錦標的教徒妻子嚴氏是個女巫，自稱能通神，她揚言彌勒佛降臨到自己身上，準備治理亂世。很多教徒受到鼓舞，蒐集兵器，設置元帥、總兵、副將、遊擊、守備、千總等軍銜，每人頭上裹一塊布，準備攻佔州府。
幾千名教徒直奔寧府城，寧府城知府徐士俊開始還不信，後來收到官兵報告，才知道是真的，立即派兵鎮壓。
老官齋的教徒都是烏合之眾，雖然有幾千人，但不是官兵的對手，一經交戰，教徒就被打散，紛紛逃亡山中，官兵進山抓了三百多人。
乾隆知道後，不僅沒有嘉獎寧府城知府徐士俊，反而因為他平時不知防範，導致羅教老官齋做大，失職被撤職。
鎮壓老官齋叛亂後，老官齋教派一人被凌遲處死，四十九人被斬首，九人被絞死，發配充軍八十八人，其餘人輕罪處理。
清水教大起義
清水教原名八卦教，是康熙初年由劉佐臣創立，劉佐臣是山東單縣人。清水教自稱喝一杯水，可以七七四十九天不吃飯不喝水。
清水教第一代教主劉佐臣，第二代教主是劉佐臣的兒子劉儒漢，第三代教主是劉儒漢的兒子劉恪，第四代教主是劉恪的兒子劉省。
自從乾隆取締大乘教和羅教之後，民間的教派傳播更加隱蔽，官府認為邪教已經沒有了。
乾隆三十七年（公元1772年），清水教教徒山東濮州人諶梅帶一本邪書來到河南臨潁縣傳教，被官府查獲邪書，後來，山東巡撫抓獲了清水教的濮州首領王中。
邪書是王中寫的，裡面有一句“平明不出周劉戶，近在戊辰己已年”，王平說是氣功引導之術，練習氣功應該在天微明時起來。另一句“也學太公渭水事，一釣周相八百秋”，王中解釋說，太公、八百秋是教導人們修身行善，這樣才能延年益壽，活的像姜太公那麼長。
山東巡撫將案情上報乾隆，乾隆仔細觀察邪書，覺得大有蹊蹺，發現“明”有改動痕跡，很像是“胡”字，如果是“胡”字，指的就是滿族，那麼這本邪書的後臺就是企圖推翻清朝的邪教。“平胡不出周劉戶，近在戊辰己已年”意思是說推翻清朝是姓周或姓劉的首領，很快就要開始行動。
經過查明，發現王中的上級是一個叫劉省的老教主，劉教主下面有三個教派分支，分為先天、中天、後天，王中只是分支的教派首領。乾隆得知後，立即下令捉拿劉省，並從劉省臥室地下挖掘出一萬兩千兩白銀，全部是劉省從教徒手中搜颳得來。
在審問下，劉省供出了清水教的主要頭目，官府抓捕了很多首領，後來，劉省被處斬，劉省的弟弟和兒子被判斬後，王中等人被絞刑處死，其餘人輕罪處罰。但是，清水教最重要的人物王倫逃脫了。
王倫是山東壽張縣人，王倫年輕時認識了清水教的一個堂主張既成，加入了清水教。王倫拳腳功夫很好，還會氣功，經常在家鄉行醫傳教，王倫的教徒很快發展到幾千人。
清水教教主劉省被抓後，王倫也很擔心以後的日子，但是，王倫為人看病不收錢只收徒，所以他的教徒比較忠心，三教九流的人也願意跟他混。所以，王倫的教徒比較齊心，也很有戰鬥力。
乾隆三十六年，除了清水教教主劉省被抓，山東還發生了饑荒，官府不但不賑災，還額外徵收賦稅，導致許多農民無以為生，王倫趁機宣佈起事，王倫宣揚“在八月以後，會有四十九天大劫，大劫之時會有大風雨，跟隨我的人可以免遭劫難。”
清水教在八月二十八日起事，攻佔了壽張縣城，殺死知縣沈齊義。後來，果然如王倫所言，風雨大作，於是相信王倫的人越來越多，王倫又攻佔堂邑縣和陽穀縣，跟隨王倫的教徒有幾千人。
王倫決定攻打臨清作為大本營，九月七日，山東巡撫帶兵五百攻打起義軍，結果還沒有到跟前，軍兵的槍炮就用完了，官兵反而被清水教起義軍圍住，山東巡撫逃亡臨清城。
王倫帶領起義軍攻打臨清城，王倫用“邪術”讓官兵的槍炮失效，實際應該是長期下雨反潮所致，官兵們驚慌失措，用雞血狗血抵擋起義軍。
後來，清軍在德州、青州相續派兵支援，王倫退守到臨清的舊城，這時王倫的手下有上萬人。
德州援軍來到臨清舊城和王倫交戰，王倫帶兵大敗德州援軍，援軍退守東昌，王倫趁機阻斷漕運，劫奪漕糧。起義軍控制運河之後，官兵不敢南下交戰。
王倫阻斷漕運，朝野震驚，乾隆大為不滿，這時，給事中李漱芳上奏摺，認為清水教之所以滋事，主要是因為山東饑荒和地方官隱瞞災情引起的，這些奸民主要是一些饑民，生活所迫。山東很多饑民流徒到京城附近，官兵攔截不許他們北上，就是怕皇上知道災情。
李漱芳認為，官兵鎮壓應該把握好度，鎮壓和安撫饑民，同時改良山東地方吏治。
乾隆聽後大怒，認為李漱芳為刁民說話，純粹是沽名釣譽！乾隆否認山東有災情，假如有災情，地方官員怎麼敢隱瞞？乾隆派大學士舒赫德為欽差大臣，指揮山東剿滅起義軍，並暗中調查山東饑荒問題。
欽差大臣舒赫德精明強幹，指揮三路大軍圍攻王倫起義軍。王倫寡不敵眾退回臨清舊城，舒赫德指揮大軍攻入臨清舊城進行巷戰，起義軍拼命抵抗，巷戰非常慘烈，兩千多起義軍戰死，幾千人受傷。
後來，官兵得知王倫在一座樓上，將這座樓團團圍住，王倫的副將勸王倫投降，王倫寧死不降，點火自焚而死。清水教起義軍被鎮壓下去。
鎮壓完起義軍，乾隆讓舒赫德調查山東饑荒，舒赫德實地調查後，證實了李漱芳所奏，山東確實有饑荒，糧食歉收，地方官隱瞞實情。乾隆對調查結果不滿意，山東地方官也極力否認，乾隆始終認為地方官員不敢隱瞞實情，因此更傾向於李漱芳為個人沽名釣譽，命令舒赫德再次調查災情是否屬實，舒赫德洞悉乾隆意圖後，得出了山東並無災情的結論，民變完全由王倫等邪教徒圖謀造反。
乾隆對這次的調查結果很滿意，批評李漱芳拿亂民造反為藉口，沽名釣譽，是蛇蠍心腸，將李漱芳降為禮部主事，四年後，禮部員外郎空缺，吏部尚書永貴建議李漱芳補缺，被乾隆罵沽名釣譽，罷免了永貴的吏部尚書職位。
李漱芳的奏摺提醒乾隆關注民生，改良吏治，為清朝的統治著想十分中肯。乾隆卻十分固執，自認為是個聖君，任何決定都沒有錯誤，官員絕不敢欺上瞞下。雖然通過武力鎮壓解決了清水教造反問題，但是清朝的衰落也已經開始。
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