在南明小朝廷裡，永曆帝朱由榔依靠大西軍餘部李定國、孫可望等人的力量，在雲南等地苟延殘喘，強行為明朝延續了16年的國運。但是，清廷的統一已經沒有懸念。1661年，當清軍進攻到雲南時，永曆帝不得不放棄雲南，逃奔到緬甸，被緬甸王莽達所收留。
想當年，永曆帝在廣東即位稱帝，還沒過上幾天安穩日子，就被如狼似虎的清軍窮追猛打，一路從廣東逃到廣西、從廣西逃到貴州，從貴州逃到雲南，從雲南逃到緬甸，早已疲憊不堪、魂飛魄散。不過，到了緬甸後，清軍並沒有跟著殺進來，讓永曆帝君臣暫時休息了一段時間。
可是，就在清廷由於兵力、物力、財力上的不足，已放棄追擊永曆帝的時候，有一個人站出來，堅決要對永曆帝進行追擊。這個人就是平西王吳三桂。
吳三桂本是明朝一員統兵大將，鎮守山海關。崇禎皇帝自縊身亡後，吳三桂打開山海關，放清軍入關，被清廷封為“平西王”。在那以後，吳三桂就成為清廷的一名鷹犬，再也不提所謂“君父之仇”，而是率部進攻抗擊清軍的三大政權：大西、大順和南明。為了表示對清廷的忠誠，吳三桂不但殘忍地絞殺農民起義軍，還不遺餘力地圍剿起兵抗清的朱明後裔。1659年，正是吳三桂親自率部進攻雲南，將永曆帝趕到緬甸。
這樣就夠了嗎？並沒有。1660年8月，吳三桂上奏朝廷，指出出兵緬甸的必要性。吳三桂說，如果聽任永曆帝留在緬甸，將會導致雲南有“三患二難”。要想解決“三患二難”，“惟有及時進兵，早收全局，誠使外孽一淨，則邊境無伺隙之慮，土司無簧惑之端，降人無觀望之志，地方稍得蘇息，民力略可寬紓，一舉而數利存焉。”
順治皇帝收到吳三桂奏報後，經議政王、貝勒、大臣會議後，決定同意吳三桂的意見，並命令侍衛內大臣愛星阿為定西將軍，率領八旗軍由北京開赴雲南，協助吳三桂進軍緬甸，捉拿永曆帝。
當年11月，吳三桂、愛星阿率領的清軍抵達中緬邊境。吳三桂、愛星阿致信緬甸國王莽達，稱：“吳三桂、愛星阿遣總兵官馬寧等率偏師追之，自領大軍直趨緬城。先遣人傳諭緬酋，令執送偽永曆朱由榔，否則兵臨城下，後悔無及。”
在永曆帝進入緬甸之初，莽達對他們還比較友好。吳三桂大軍壓境，讓緬甸方面驚慌失措。1661年5月23日，莽達弟弟莽白髮動宮廷政變，殺死莽達，自立為王。莽白早就對永曆帝一行不滿了，此時藉機發起“咒水之難”，殺死了永曆帝身邊的護衛隨從人員，以及護送永曆帝入緬甸的黔國公沐天波。
1662年1月22日，莽白將永曆帝交給吳三桂。吳三桂勝利班師。
接下來，怎樣處置永曆帝呢？吳三桂與愛星阿發生了分歧。愛星阿提出將永曆押送到北京，由朝廷處置。吳三桂卻不同意，要就地處決永曆帝。兩人爭執了很久，誰也說服不了誰，只好上報給朝廷。
4個月後，朝廷批覆:“仁皇帝命恩免獻俘”“著將永曆正法”。
那麼，怎樣殺永曆帝呢？吳三桂提出“斬首”。愛星阿不同意，他認為永曆帝也曾經做過一國之君，斬首對他來說太殘忍，不如賜其自盡，保留全屍，“彼亦曾為君，全其首可也。”
吳三桂聽了，不再堅持自己的意見。隨後，永曆帝及太子等人，全部被自縊於雲南五華山西側的蓖子坡金蟬寺。後來，人們根據蓖子坡的諧音，將此地稱為“逼死坡”。
至此，南明小朝廷徹底覆滅。
吳三桂為什麼要對永曆帝趕盡殺絕呢？一方面，是要對新主子清廷獻忠心。對於這一點，香港小說家金庸曾經在《鹿鼎記》中借韋小寶之口說過：
“韋小寶又道：‘聽說明朝的永曆皇帝，給王爺從雲南一直追到緬甸，終於捉到，給王爺用弓弦絞死……’說著指著牆上的一張弓，問道：‘不知用的是不是這張弓？’吳三桂當年害死明室永曆皇帝，是為了顯得決意效忠清朝，更無貳心，內心畢竟深以為恥，此事在王府中誰也不敢提起，不料韋小寶竟然當面直揭他的瘡疤，一時胸中狂怒不可抑制。”
另一方面，吳三桂也是想效仿明朝初期的沐英，世代鎮守雲南。而要鎮守雲南，就一定要剷除永曆帝的勢力，一勞永逸地消除所有的潛在威脅。
然而，吳三桂打錯了算盤。他千算萬算，沒有算到清廷的態度。清廷怎麼會允許吳三桂在雲南割據一方呢？當雲南的事態平息後，很快清廷就著手裁抑吳三桂的權勢，剝奪了他的兵權。及至後來，康熙皇帝更是發動撤藩，將吳三桂逼反。
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