其實，1896年創辦之初它們就是一所高校，就一個名字:南洋公學！這是晚清名人盛宣懷上奏朝廷，經慈禧太后批准而創建的一所真正意義上的現代化的大學。校址定於上海徐家彙，至於創辦者盛宣懷這位牛人，這裡不作贅述，有興趣者可以百度。對了，他還創辦了中國另一所有名的大學:北洋大學堂（今天的天津大學）。
辛亥革命爆發後，大清跌進了歷史的塵埃中，中華民國成為中國合法政府，理所當然的接收了清朝的一切，南洋公學概莫能外。國民政府將南洋公學劃歸民國交通部管轄，因此南洋公學更名為國立交通大學。這期間，交通大學的實力和名氣達到了歷史頂峰，力壓國立中央大學（現在的南京大學），成為民國第一高校！（那時候清北遠沒有現在這麼牛），出現了許多優秀的人物，例如邵力子、謝無量、李叔同、黃炎培、唐文治、彭康、錢學森等等，總之，交通大學很厲害，非常牛，連蔡鍔都慕名進交大學習了一年。
抗戰爆發後，上海淪陷，交通大學西遷重慶九龍坡繼續辦學，在條件異常艱苦的情況下，交通大學一直堅持了下來。抗戰勝利後，交通大學遷回上海。新中國成立後，交通大學被中國人民共和國教育部接管，繼續著它的輝煌，直到1956年，事情有了變化，也造就瞭如今兩所交大的尷尬和矛盾。當年為了支援西部教育，國家決定從東部遷一所高校去支援西部，具體選哪所大學，這裡面有點波折。首先，清北兩校在天子腳下，是當時國家重點建設的高校，被排除。南京大學，因為在政治上不可靠（曾經是國民黨的中央大學）也被排除。復旦大學，因當時實力太弱，且是由私立高校而來也不在考慮範圍之內，挑來揀去，只有交通大學最合適，所以國家決定，交通大學西遷西安，支援西部建設。
那時不像現在，做什麼事都要把政治放在首位，既然國家決定了，就要無條件服從。所以交大開始封箱打包，遠赴西安。因此說，交大當年是搬家，不是分家，直到現在，還有人搞不清楚。50年代，長江上還沒有大橋，所有的物品都是用卡車裝運奔赴西安的。因交通不便，東西又太多，光實驗室的設備和圖書館的藏書都要搬一兩年的時間，所以交大斷斷續續搬了三年還沒有搬完，這期間，又出現了問題，因為西安的環境氣候、生活條件與上海是天壤之別，許多人適應不了，去了又返回上海，沒搬走的物品及部分人員都滿腹牢騷，不願意去，問題一直反映到北京，周總理接到報告後也犯起了躊躇，不過，總理到底是總理，這點困難難不倒他，總理大手一揮決定:已經搬去的就不要再返回，沒搬走的也不要再搬了，就留在上海，交大實行兩地辦學。搬去西安的命名為西安交通大學，留在上海的叫上海交通大學。此時，交通大學所有的設備以及教職工已經有四分之三搬去了西安，講師教授大部分也去了西安，上海只留下個船舶系，但總理已經決定了，任何人也不能再有意見，於是，交通大學就一分為二，變成了兩所交通大學，一直到現在。
因為交大的絕大部分都搬去了西安，所有西安交大底子厚，實力強，學風嚴謹，直到2000年以前，西安交大穩居國內高校前十名內。那是有名的重點大學，不管是211工程、985工程、雙一流工程，都少不了西安交大，歷次評重點大學都有西安交大的名字，西安交大穩居西部第一高校交椅，這點是沒有異議的。但2000年之後，東部城市發展強勁，經濟蒸蒸日上，尤其是大上海，那不是西安可以比擬的，在國家和上海市政府強有力的扶持下，上海交大持續發力，後來者居上，很快就反超了西安交大。而身處西安的西安交大有點尷尬，的確是被陝西省和西安市拖了後腿，甚至整個陝西省的GDP還抵不上一個蘇州市，更別提是上海市了，所以說，沒有財政的強力支持，西交是逐漸的沒落了，它也很無奈。
即便是現在，每年的高考分數，上交是遠超西交的。在上海，上交是與復旦齊名的著名高校，甚至超過了復旦。當然，瘦死的駱駝比馬大，西交與西部的其他高校相比，還是牛叉的存在，畢竟它還是C9成員之一，211、985、雙一流重點大學，中央直管、教育部直屬的副部級高校。在陝西省乃至整個西部，西安交大稱第二，那是沒有哪所高校敢稱第一的。只是跟東部的上海交大相比，西安交大是遠遠的落後了。
回到開頭的問題，西交與上交，到底誰才是交大的正宗嫡系？答案是:都是！不光西交與上交，連西南交大、北京交大、臺灣新竹交大，都跟交通大學有扯不斷的關聯，不過正宗的國立交通大學的餘脈就是西安交大和上海交大！這兩所交大是繼承了老交大的血脈，是最正宗的交通大學。如果非要在西交與上交中區分辨別一下，筆者認為，西安交大更正宗，更有老交大的味道！畢竟當年是搬家，不是分家。
當然，西安交大也有它的長處，它身處十三朝古都西安，浸潤了濃厚的歷史韻味。西交校址的下面，就是著名的大唐興慶宮遺址（當年楊貴妃住的地方），西交的北門就是如今的興慶公園。身處鬧市中，西安交大還能保持一份清靜和安然。如今的西安交大，遠古與現代並存，幾十年前的古色古香的大青磚教學樓與現代化的圖書館交相輝映，懷抱粗的法桐樹遮天蔽日，櫻花大道直通南北，錢學森圖書館高高矗立。西安交大學風淳樸，學子認真踏實，環境優美，是求學鍛鍊的一所好高校，當然，前提是你能考上。最後說一句，西安交大還是目前為止中國大學僅有的保留少年班的兩所高校之一（另一所是中國科技大學）。
