兒童癲癇可選擇藥物和外科手術、神經調控等方式來治療。70-80%患者經過正規系統的藥物治療能夠控制症狀，20-30%的患者經過上述治療後沒有改善，成為頑固性癲癇，此類患者應用手術治療。
癲癇的治療方法包括藥物、手術。無明確病因的癲癇首選藥物治療，對於有明確病因引起的癲癇，如局灶皮質發不良，腦顏面血管瘤病，建議早期手術治療，此類繼發性癲癇，自愈可能性極低，早期手術治療後腦功能可進一步代償發育。
藥物治療癲癇有利也有弊，主要是對腦功能的影響及藥物對身體發育影響的衡量，對於發作頻繁、程度嚴重的病人建議藥物治療，對於發作頻率低，且多為夜間發作的良性癲癇可慎重考慮應用藥物。
部分兒童癲癇為良性癲癇，如熱性驚厥、良性兒童肌陣攣、BECT、大部分兒童失神癲癇等，隨著年齡增長可自愈;部分繼發兒童癲癇：如局灶皮質發不良，腦顏面血管瘤病，部分結節硬化等可手術治癒。
有些人對大發作相對較重視，而對小發作或侷限性發作不太重視，事實上，每一種發作都是大腦神經細胞異常放電，都會對腦神經細胞造成損傷，因此，不論哪一種發作均應及時治療。
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