密摺制度草創於明朝，在14世紀晚期的明朝初年，由於朱元璋猜忌功臣，時常派出親信偵察他們的言行，向自己作秘密報告，那時就形成了“祖制”。他的第四子朱棣，在父親死後發動軍事政變，奪取了侄兒建文帝的君位，自覺有悖於宗法傳統，更其防備親屬效顰，因而時常安排親信監視包括自己兒子在內的諸王言行，要他們將監視結果“密奏”。
而其真正完善卻是在清代，康熙帝在晚年，便曾自詡能行“密奏之事”，而無近侍藉機弄權之弊。可見他在位期間已鼓勵官員打小報告。據現存的故宮檔案，證明他派往江寧、蘇州的織造官，其實主要任務就是打小報告，管理皇家絲織工業倒是“副業”。當然和雍正比，康熙還是小兒科了。據統計，現存的清朝密摺，約十六萬餘件，其中屬於康熙朝的約三千餘件，屬於雍正朝的則達二萬二千餘件。
密者，秘也。“幾事不密則害成”，那是作《易傳》的先聖——據說就是孔夫子——早已傳授的古老教訓。長卷摺疊叫折。明清時代臣下寫給皇帝的報告，通行繕寫在折本上，但規定涉及公事要用印，涉及私事則不用印，分別稱為題本和奏本。到清代，奏本不限於官員個人私事。凡緊要事都可以個人名義上奏，傳遞手續也簡化。因此奏摺也就變成一種專稱，專指內陳緊要事宜的報告。這類奏摺，只要封面上寫明“密奏”一類字樣，便需由皇帝親自拆閱，好像現代註明“親啟”的信件或報告。皇帝在奏摺上的批示，如他以為必要，也在封緘後註明發回上奏者本人，不許可主管部門或官員拆閱。由於往返都有高度的機密性，所以依照古訓，喚作“密摺”。
”密摺”的內容，或者說傳遞的信息，輸出和反饋，通道既然如此狹窄，乃至只限於皇帝和上奏官員的兩人之間，那麼這類報告及其批示，如用流行術語形容，除了稱為“小報告”之外，便別無他詞。
被雍正所完善後的密摺制度有以下特點：
給皇帝上密摺，必須獲得皇帝的特許。獲得特許者，上自大學士和各省督撫，下至部郎和知府道員，都有，但必須是皇帝親自認可的“適當人選”。因而它是官僚中的一種特權。
獲得上密摺特權的官員，必須承擔如下義務：上奏需是“緊要應奏事件”，“不可無事頻來”，必須嚴格保密，否則“概照洩漏軍機律治罪”。
密摺的內容，除了請安、謝恩和繳批外，主要是陳事。陳事的範圍沒有限制。大概地說，凡不宜於在正式題本中上奏的，無論軍國大事還是平凡小事，也無論職守所在還是他官管轄，都可作為小報告的內容。康熙已指示親信“就是笑話”也可報告，雍正更明白規定“但有所聞，不必待訪的確，先即密奏以聞”，這就是前明已許可的所謂“風聞奏事”。
密摺從進呈、批示到繳還的程序，十分嚴密。例如密奏者必須親筆繕寫，親手密封，送呈宮中奏事處，轉交皇帝親拆、親批，再親封后發回本人，本人閱後立即密封繳批歸檔，不準留底、存留，更不準隱匿、焚棄。
密摺的重心是人事，不分級別和職權，一切官員都可成為打小報告的對象，而監視者本人也在受人監視之中，必定使人人自危，互不信任，便於皇帝操縱控制。
在雍正時代登峰造極的密摺制度並沒有隨著他消失，一直持續到清朝滅亡，密摺制度長期發揮著作用。
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