白求恩医科大学是卫生部直属高等学校，1939年9月由聂荣臻元帅创办于晋察冀抗日根据地——河北省唐县，因加拿大著名胸外科专家诺尔曼·白求恩参加了学校的创建、教学和医疗工作而命名。老一辈无产阶级革命家朱德、聂荣臻、徐向前、邓小平等同志曾先后为学校题词和题写校名。
建校58年来，学校已为部队和地方培养了3万多名高级医务工作者，涌现出了一批卓有建树的医学人才，许多人担当着卫生部门的领导工作。
白求恩医科大学的前身是创建于1939年的晋察冀军区白求恩卫生学校和第十八集团军卫生学校。
1939年9月18日，晋察冀军区卫生学校在河北省唐县牛眼沟村正式成立。不幸的是，两个月后，白求恩在一次抢救伤员的手术中以身殉职。为了纪念他，学校更名为白求恩卫生学校。
学校以白求恩命名，不仅因为他是学校的奠基者之一，更重要的是为了继承和发扬他救死扶伤的革命人道主义精神，遵循他的办学思想，建设有自己特色的医学校。聂荣臻同志，1943 年给学校毕业的题词写道：
“要有医学丰富的知识，要有人类高尚的道德，才配称白求恩的弟子”。
1946年，抗战胜利后发展壮大，白求恩同志逝世后，为了纪念他，白求恩卫生学校命名为白求恩医科大学。
1948年，与北方大学医学院合编为华北医科大学。
1951年，命名为中国人民解放军第一军医大学。
1959年，更名为吉林医科大学。
1960年，组建了中国第一个放射医学专业。
1978年，更名为白求恩医科大学。
1981年，经国务院批准，学校成为全国首批博士和硕士学位授予单位。
2000年，与原吉林大学、吉林工业大学，长春科技大学、长春邮电学院合并成为新的吉林大学。
2003年，成立了白求恩医学部。
2007年，成立了白求恩医学院，增加了其对三个附属医院教学、学生管理等工作的统筹和协调职能。
2012年，学校根据教育部《关于进一步推进教育部直属高校医学教育管理体制改革的意见》（教直〔2012〕1号）的文件精神，进一步推进医学教育管理体制改革，赋予了白求恩医学部实质性的管理职能
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