現在不少人把明朝時期的倭寇作亂現象理解為，朱元璋實行海禁，導致東南沿海和周邊各國無法自由貿易，從而產生了倭亂。
這種說法是本末倒置的。
歷史史實是：先有倭寇、海盜等在沿海作亂，對東南地區老百姓正常生活造成嚴重威脅，為了杜絕這類現象，最終才導致朱元璋實行海禁的決策。“海禁”當然會對社會發展和老百姓生活造成一定負面影響，但兩害權衡取其輕，明朝初年，戰亂後急需休養生息的王朝當然是選擇穩定國內發展生產。
倭寇之亂是貫穿明朝始終的一件大事，倭亂的肇始是開始於元朝，而且和中原王朝的興衰本無直接關係，其直接原因是日本的內亂。元末日本分裂為南北朝，雙方戰亂不斷。在戰爭中失敗的封建主、武士和浪人為了謀生和求財，就組織成武裝團伙，和海盜商人一起到中國沿海地區進行武裝走私和搶劫等罪惡行為，因為主力是來自日本，因此被當時人稱為倭寇。
明朝創建後，在朱元璋統一江山過程中，他的一系列手下敗將，比如張士誠、方國珍等人的部下不願意投降，於是也逃跑到了沿海島嶼，他們選擇和倭寇海盜等團伙合作勾結，結果對明王朝的海防造成了嚴重的威脅。
明太祖朱元璋為了抵禦倭寇入侵，以及清除海患，應該說投入了巨大的成本進行海防建設。他曾經派遣了一系列開國名將或功臣，比如湯和、廖永忠、周德興、吳傑等人擔任巡海主將抵禦倭寇，同時還對東起遼東、南到廣東的萬里海疆設置了備倭行都司、衛所，管轄海兵二三十萬，對海域進行巡邏，並防備海盜倭寇。應該說這種大規模的軍事威懾對抵禦倭寇是有很大作用的。
朱元璋為了永絕海患，實行了海禁政策，禁止老百姓私自出海貿易。不過朱元璋並沒有完全斷絕中外交流，他還是設置了由官方壟斷的市舶貿易，有浙江寧波、福建泉州和廣東廣州三處。不過倭寇當然不會死心，他們繼續侵犯中國海疆，到了永樂年間，明王朝取得了望海堝大捷，從此海疆平定了將近一百多年。
應該說，朱元璋和朱棣父子倆的海防建設還是很有成效的，有力地維繫了明王朝的和平穩定。而海禁政策也讓倭寇之亂平息了百多年，直到嘉靖年間，由於日本國內形勢的變化，再度導致了倭亂爆發。但這和朱元璋的海禁政策並無必然聯繫。
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