宋教仁遇刺後，國民黨內瀰漫著極度悲憤的情緒，大家都認為袁世凱是刺殺宋教仁的主使人，誓必報仇。但是在如何報仇的問題上，卻又意見不一。孫中山力主起兵討袁，然而當場只有戴季陶一人表示贊同；黃興則主張通過法律手段解決，這也是絕大多數人的意思。
黃興是在腥風血雨中鑄煉出來的革命派，他之所以主張慎重，不是因為膽怯，而是出於兩個方面的考慮：首先，孫中山說“若有兩師兵力，當親率問罪”，但當時的國民黨連兩師兵力都沒有，如此起兵，無異於以卵擊石。其次，此時已是民國，國民黨是國會的絕對多數黨，堂堂之陣，正正之旗，完全可以先訴諸法律，何必起兵打仗，若袁世凱公然撕毀法律，則將失去人心，屆時再打不遲。
此事如果發生在歐美民主國家，也當然會訴諸法律，打一場舉世矚目的官司。
因此，國民黨先請江蘇都督程德全向國會要求組織特別法庭，以公審刺宋案，不想卻被國民黨籍的司法總長許世英駁回。許世英認為，訴訟應從地方法庭開始，不可越級，所謂組織特別法庭，為干涉司法獨立。許世英誠然是依法辦事，但也彰顯出國民黨內部的離心力，這種內耗為宋案的法律解決增加了阻力。
事實上，宋教仁的飛揚凌厲的性格，不惟在黨外結怨甚多，在黨內也有許多矛盾，陳其美和他早就不和，這幾乎人盡皆知。
孫中山要動武，首先號令國民黨的三個都督——安徽柏文蔚、江西李烈鈞和廣東胡漢民宣佈獨立，然而三督馬上覆電，自承無此實力。孫中山乃欲親自赴東京乞援於日本，聯日倒袁，這一冒天下之大不韙的想法，馬上被同志所否決。
孫中山無奈，只好派人在武漢進行地下破壞活動，不想被黎元洪破獲，國民黨員甯調元、熊越山等死難。這邊孫中山動武不成，那邊袁世凱卻已經揮師南下了。
此時，袁世凱已取得向六國銀行團交涉兩年之久的善後大借款，摺合兩億銀元。國會中的國民黨人當即表示反對，認為是非法借款，拒不承認。國民黨三督以及湖南都督譚延闓，也聯名通電錶示反對。然而，當外國記者問到袁世凱“當前中國最重要的問題是什麼”時，他回答道：“對內對外均以和平，此為最重要之事。”記者又問：“那麼為什麼國民黨要反對中央，揚言第二次革命呢？”
他答道：“這些人已有革命的習慣，而無建設的思想，也無實地經驗，不瞭解中國大勢。然而人民必然不會幫助他們。這些人大概有兩種：一種是已經取得政府酬報或官職而不滿意者，另一種是尚未取得政府酬報或官職者。”
袁世凱對國民黨三督公然抗命十分不滿，他錢既到手，便馬上擴充軍備，準備內戰。孫中山等見此，自知不敵，又傾向於和平解決。素來親袁的汪精衛提出瞭解決辦法三條：一是推舉袁世凱為正式大總統；二是袁世凱在臨時大總統任期內不撤換都督；三是宋教仁案僅罪至洪述祖、應夔丞，不再往上追究。孫中山、黃興、蔡元培等均無異議。汪精衛便託張謇出面調和，不日得袁世凱復電雲：
自共和成立以來，待遇偉人，傾誠接納。即有以過於將順來相誚責，在所不顧，方謂敬人者人恆敬之耳。其依附偉人諸輩，氣焰燻灼，儼同貴胄，亦不惜屏聲忍氣，曲予優容。而經年以來，彼黨執拗，動輒罵人，肆意誣衊。凡與鄙人稍有情感者，莫不吹求痛擊，體無完膚。然且抱定不較之心，隱忍遷就，以冀其悔悟，非有所畏也。持以國計民生，不堪再憂，故降心相從耳。不意國會將開，黨爭激烈，適有變故，借為大題。北伐乍聞，逢人輒告；煽亂之使，日有所聞。以及軍事會議，暗殺分途，種種奇聞，現於滬上。調人絡繹，名曰維持，而暴烈進行，仍不住手。無非甘心鄙人，破壞民國。即不為一身計，寧不為一國計？為公為私，退無餘地，惟有行吾心之所安而已。倘偉人果肯真心息兵，我又何求不得！如佯謀下臺，實則猛進，人非至愚，誰肯受此。
電文中所說“偉人”，便是如今力主“北伐”的孫中山。孫中山明知實力不濟，卻公開揚言“若有兩師兵力，當率問罪”，在行動上卻又做不出任何部署，可謂毫無保密意識，視軍事行動如兒戲。但在袁世凱看來，孫中山雖不足懼，但國民黨三督卻不容小覷。因此，他雖聲稱可以息兵，但為自身安全考慮，則必須更換三督。
不久，袁世凱即先後發佈了免去李烈鈞、胡漢民、柏文蔚都督職務的命令，國民黨始得同仇敵愾。7月上旬，孫中山在上海召開黨務會議，決定興師討袁，發動“二次革命”。
7月12日，李烈鈞在江西湖口打響了“二次革命”的第一槍，江西宣佈獨立。緊接著，江蘇、安徽、上海、廣東、福建、湖南、重慶相繼宣佈獨立。15日，黃興就任討袁軍總司令，加入戰團。而黎元洪則表示服從中央，遂使北洋軍可取道京漢路進攻江西、湖南。
由於實力懸殊，不出兩個月，“二次革命”即告失敗。具體而言，江西李烈鈞敗於段芝貴和李純，江蘇黃興敗於張勳和馮國璋，安徽柏文蔚敗於倪嗣沖和湯薌銘，上海陳其美敗於鄭汝成和劉冠雄，廣東陳炯明敗於龍濟光，重慶熊克武敗於胡景伊和唐繼堯，福建和湖南的獨立因內訌而終。
顯然，“二次革命”的失敗是因為實力懸殊，但國民黨方面缺乏良將也是事實。
北京方面稱“二次革命”為“癸丑之役”或“贛寧之役”，它對民國的政局產生了深遠的影響。首先，國民黨要人亡命海外，國會因國民黨人被驅逐而名存實亡，革命局勢被打回辛亥革命前的原狀；其次，因本次戰爭的勝利，北洋軍中出現了幾個地方實力派，如張勳、馮國璋、倪嗣沖、李純、龍濟光等，都在袁世凱逝世後成為軍閥。
此時的袁世凱已視國民黨為頭號敵人，但他並未立刻解散國民黨，因為他需要國會選舉自己為正式大總統，若無國民黨，則國會也不復存在了。此時，北京國民黨部的負責人吳景濂和王正廷已被迫開除了黃興、陳其美以及“黨人三督”的黨籍。
然而到了總統選舉的環節，人心就不易駕馭了。按照《大總統選舉法》，總統選舉以選舉人總數三分之二以上列席，用無記名投票方法，得票滿投票人數四分之三者當選，兩次投票無人當選時，就第二次得票較多者二人得之，以得票過投票之半者為當選。
結果，第一次投票的結果，與會七百五十九人，袁世凱得四百七十一票，黎元洪得一百五十一票，袁所得票未達總票數的四分之三，必須進入重選。
第二次投票，袁世凱得票略有增加，但仍不足法定票數。第三次投票是從袁世凱和黎元洪兩人之中決選，結果袁世凱得五百零七票，已過半數，遂成為民國乃至中國歷史上第一個依法選出的總統。
本次選舉不僅是完全依法進行的，確切地說，還是在對袁世凱十分不利的前提下進行的。由於“宋案”、“善後大借款”和“二次革命”的緣故，佔國會大多數的國民黨人對袁世凱顯然有了成見，但縱然是在這樣的情況下，袁世凱仍然能當選總統，可見他的威望仍在，而國民黨的內部矛盾也暴露無遺。
然而此次選舉對袁世凱的打擊不小，當第二次投票後，出現他和黎元洪對決的形勢時，他十分緊張，繞室彷徨，搓手頓足，六神無主，直到第三次投票結束後才放下心來。他因此見識了民主的“可怕”，從此愈發要反其道而行之了。
總統就職典禮安排在10月10日國慶節，與國慶紀念活動同時進行。參議院院長王家襄認為總統不是皇帝，應該背南向北，向議員宣誓，袁世凱則堅持要背北朝南，並將議員安排在東西兩向。經過激烈爭論，他仍不願改變初衷，最終只是把議員的位置調到背南朝北方面而已。
他宣讀的宣言書中，開篇即道：“此種政體（指共和政體），吾國四千年前已有雛形，本無足異。乃事權牽制，吾可進行，夙夜彷徨，難安寢饋。”令聽者面面相覷。足見其內心深處，始終未嘗接受共和。
任職典禮前，世界上承認中華民國的只有美國、秘魯、巴西三國；而典禮後，日本、奧地利、葡萄牙、西班牙、墨西哥、德國、俄國、意大利、法國、瑞典、英國、丹麥、比利時、挪威、瑞士等主要國家才次第承認並正式建交。中華民國看似有了些新朝氣象，但事實上，她已經進入了一個比清末更甚的亂世。
首先，辛亥革命的一大後果，便是打破了清朝封疆大吏“本省迴避”制度，本省人把持本省軍政，形成地方軍閥。由於辛亥革命中，各省多是由本省革命黨人領導本省革命，事成則被推為本省軍政長官。以袁世凱之強勢，上臺後也不得不承認現狀。
但是，這種現狀對中央而言是一大弊政，因為各省均以各種名義扣留國稅，中央財政因此毫無著落，最終不得不通過舉外債來度日。因此，國民黨人批評袁世凱的善後大借款，而事實上若易地而處，只怕除此之外別無善策。
袁世凱深知此弊，遂決意削藩，因此“黨人三督”通電反對“善後大借款”，恰恰撞到了槍口上。袁世凱免去這三省的都督後，又用不同的手段，先後免去了在“二次革命”中首鼠兩端的湖南譚延闓、浙江朱瑞、雲南蔡鍔、廣西岑春煊的都督職務。敲山震虎，至少在一段時間內，各省都督對中央的態度有了轉變，中央財政也略有好轉了。
蔡鍔的情況有所不同。袁世凱欣賞蔡鍔的才具，故欲延攬於麾下，以備革故鼎新之用。而蔡鍔素有大志，也不願僻居一隅，正好一拍即合。再者，蔡鍔是湖南人，在雲南都督的任上雖得擁戴，卻也不滿各省割據自保的現狀，終至羞與噲伍，瀟灑而去，也是一段佳話。
但當時的封疆大吏們，能如蔡鍔這樣志存高遠者又有幾人？如山西閻錫山、奉天張作霖等，袁世凱在世時還能小心伺候，等袁世凱一死，就擁兵自重，且要逐鹿中原了。因此，作為民國最大亂政的軍閥混戰，實際上在辛亥革命時已埋下伏筆了。
其次，袁世凱在依法當選後，便要毀掉這個對自己處處設限的《臨時約法》。按理，臨時大總統成為正式大總統，臨時政府成為正式政府，《臨時約法》自然也應代以正式的憲法。
1913年10月，即他當選的當月，國會即制定出中國歷史上第一部完全的憲法《中華民國憲法草案》，亦稱《天壇憲法》。然而這個憲法，仍然是按照《臨時約法》的精神制定的，貫徹的仍然是責任內閣制的思想，仍然極大地掣肘著總統的權力。
袁世凱對此十分不滿，於是請出《臨時約法》為尚方寶劍，堅稱《天壇憲法》與《臨時約法》有諸多不符，乃決意廢止之，另行增修《臨時約法》。而增修的內容，自然大有文章可做。
從法律精神考量，宋教仁實可謂中華民國的精神象徵，他一夜之間草就的《臨時約法》，在民國最初十幾年內，成為民國正統的標誌之一。袁世凱戕害《臨時約法》，使民國的法理基礎被破壞殆盡，此後，《臨時約法》再未重見天日。而沒有憲法的垂範作用，民國就成為一個基本制度和法律極不健全的國家。
再次，順利當選後，他自然就要解散國民黨，殺害“亂黨暴徒”，以徹底解決這個第一勁敵。他於1913年11月4日發佈解散國民黨令，凡屬國民黨的中央和地方一切機關限令三日之內解散，國民黨籍的國會議員一律追繳議員證書和徽章，驅逐出會。
兩日之內，被驅逐的國民黨籍議員達四百三十八人之多，是國會總議員數（八百二十）的一半以上，國會從此不足召開會議的法定人數，事實上也就癱瘓了，其憲法會議和憲法起草委員會等下屬機構，也相應終止。次年1月10日，袁世凱發佈解散國會令，這個美國模式的國會，就此壽終正寢了。
“二次革命”失敗後，革命領袖們被迫流亡海外，重新開始辛亥革命前的艱苦創業，因此，將從此時開始的革命事業稱為“二次革命”，似乎更為貼切！兩年後，袁世凱真的背叛民國，稱帝改制，蔡鍔將軍發動了護國運動，國民黨才乘此東風，重返國內，並在西南和華南諸省站住了腳跟。
袁世凱死後，北洋系的軍閥在內訌之餘，還在整體上與國民黨的政權呈對峙態勢。從1916年護國運動到1928年東北易幟，這十二年裡，中國實際上處於類似“南北朝”的分裂狀態。
《約法》廢置，軍閥混戰，南北分裂，外患頻仍，再加上農民起義和工人暴動，民國是一個不折不扣的亂世，而追溯這一切的源頭，未始不是宋教仁遇刺一案。宋教仁是《約法》之父，他既死難，《約法》的精神也就隨之而去了，亂臣賊子不復有畏懼之心，天下於是大亂。
向使當初，國民黨能調動國際國內、黨內黨外的一切力量，用法律手段來解決此案，興許會使民國走上一個依法而治的良性循環軌道，雖然也許只存在十分之一的可能性，但就算只為了給國人上一堂莊嚴的法律課，也是值得的！
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