舔龙血
南京明故宫没保存下来的原因比较复杂。
首先，朱元璋为了彰显自己“超越一切古代帝王”的气魄，在修建南京城时有很多别出心裁的地方，比如城池不是方的，皇城和宫殿也没有照惯例放在都城正北，而是偏在都城的东南方向，更要命的是，皇宫选址是在一个名叫燕雀湖的湖盆上，为此不得不填平湖盆（燕雀湖的一角被城墙隔在南京城外，因此保留至今，称为“前湖”），施工时就多次发生地基塌陷等事故，据说为此竟然活埋了一个叫“田德满”（填得满的谐音）的老人，并封为土地神。尽管如此，因为地基先天不足，此后几百年间明故宫仍然不断沉降，许多房舍都变成危房。永乐十九年（公元1421年）明成祖迁都北京后，南京虽然仍是陪都，皇宫地位也依旧保存，但实际上除了宣宗因儿时在此长大较为关照，其他明朝皇帝对南京的维修营缮只是虚应故事，因此到了明代末年南京故宫已经荒废不堪，且宫内无人居住，只有少数留守太监，问题自然更严重。
明皇城、皇宫布置在南京城东南角，而非中国传统的都城正北
其次，明故宫使用了大量木结构，而防火考虑并不周全，加上明代迁都后留守人员不足，宫内无人居住，因此火灾屡屡发生，事实上早在明朝未迁都的建文帝建文元年（1400年），明故宫就第一次失火，此后大火三六九，小火年年有，烧得勤快修得懒散，自然也就越来越破败了。
第三，到了清代，明皇城被清朝江宁将军及其属下驻防八旗占据，虽然变成八旗驻防城后，原来皇宫的一些构造因“僭越”而被拆，皇城内驻扎上万八旗军民，也不免乱拆乱建，皇宫实际上面目全非，但毕竟这里重新有了人气，沉降、火灾之类就不再频繁发生，且八旗驻防城是汉人禁区（咸丰三年即1853年，太平军攻破南京城，贵为从一品大员的两江总督、钦差大臣陆建瀛败退至驻防城，都吃了闭门羹，最后在小营被太平军杀死），“闲人免入”，客观上也减少了破坏——但八旗聚居却成了明故宫彻底毁灭的祸根：咸丰三年二月十日（1853年3月19日），太平军攻破南京城，清江宁将军祥厚率驻防八旗官兵、家属两万多人死守驻防城，拒绝太平军劝降，苦战至次日晚驻防城被攻破，祥厚以下八旗军民两万多人仅逃出四百多人（一说只逃出六人），其余全部被杀。由于八旗驻防兵全家世代在这里居住，一旦城破玉石俱焚，因此抵抗十分积极，有人甚至累死在城头，战事十分惨烈，驻防城也即明皇城、明故宫就此在激烈战斗后成为一片瓦砾废墟。此后洪秀全扩建清两江总督署为“天朝宫殿”，但施工过程中因火灾不得不返工，建筑材料严重缺乏，就从明故宫废墟中拆走大量能用的材料，此后杨秀清等人修建自己王府，也就近在明故宫废墟上拆卸，从此明故宫就只剩下东华门等极少的遗存了。
明故宫东华门遗址
其实若非朱元璋异想天开把皇宫设在都城东南，原本明故宫还有一线保存下来的希望：刚入城时太平天国二号人物（实际上的军政主持人）东王杨秀清考虑将东王府设在八旗驻防城内，因为驻防城的最高主官是江宁将军，品级和两江总督相若，洪秀全的“天王府”既然设在两江总督署，自己的东王府设在江宁将军署才“般配”。但几天后清朝钦差大臣向荣率军追到，把大营设在南京城东不远的孝陵卫，并且在可隔城墙俯瞰明故宫的钟山上架起大炮，炮弹飞入八旗驻防城中，杨秀清认为真把王府设在那里太不安全，就改变主意，先设王府于夫子庙附近的瞻园，三天后又迁往城西的清凉山下，这样一来，丧失“户主”的明故宫废墟就只剩下一个“拆”字了。
江南大营驻地孝陵卫其实和明故宫只隔一道墙
