當黃巢攻佔長安建立偽齊後，起義軍的龐大在歷史上也是非常罕見的。來自唐朝各地的難民、土匪等勢力紛紛加入到黃巢麾下，成為偽齊軍隊的一員，使的這個軍隊的人數急劇膨脹。同時黃巢又利用長安的特殊政治地位，大量的招攬各地節度使加入偽齊，使得這支軍隊的人數超過五十萬，甚至有人說達到百萬。這種級別的軍隊在生產力水平落後的古代是不可想象的，當時讓唐朝所有藩鎮的軍隊加在一起也沒有這麼多。雖然他們大多是戰鬥力低下的土匪，吃不飽肚子的難民，可蟻多咬死象的事情在古代戰場上也是很常見的。
可是這些人數上的優勢卻沒有被黃巢充分的發揮出來，反而在之後的戰爭中打得縮手縮腳，面對唐朝藩鎮的圍攻不知所措。最後不得以在節節敗退之下離開長安返回關東，然後在東歸過程中一敗再敗，直到軍隊全線崩潰。而黃巢也在這種軍隊的崩潰中走上了人生的終點，這支龐大的軍隊終究不免被滅的結局。
規模如此龐大的軍隊，在中國古代戰爭史上也是很罕見的。儘管單兵作戰能力不高，武器裝備雜亂，可對唐朝的藩鎮軍隊來說也是強大的對手。如果數量優勢得以充分發揮，黃巢不可能短短數年時間內敗亡。實際上起義軍從內部開始崩潰才是急速敗亡的原因，而開啟這個頭的便是同州防禦使朱溫。
朱溫是黃巢手下大將，也是從起義軍基層成長起來的典型將領。他本來是宋州人，父親和祖父都是當地有名的學者和教師，有一定的聲望。他與眾不同，長大後不事生產，而喜歡結交豪雄勇士。唐僖宗年間中原和山東相繼發生災荒，王仙芝、黃巢等趁機裹挾難民發動農民起義。朱溫與哥哥朱存一起加入了黃巢的軍隊，成為基層的作戰士兵。黃巢軍隊轉戰嶺南時，朱存戰死，朱溫以軍功升為隊長，進入基層軍官行列。從此之後朱溫憑著自己卓越的軍事天賦屢立戰功，到長安時已經成為黃巢手下獨當一面的大將之一。
黃巢在長安稱帝后，唐僖宗逃亡成都，路上他任命鳳翔隴右節度使鄭畋為京西諸道行營招都統和同中書門下平章事，負責攻打黃巢軍隊和收復長安的事情。鄭畋先組織朝廷詔令鎮東、太原、代州等節度使出兵長安勤王，又聯合、、、等關西隴右的節度使歃血為盟，拉開了唐朝大反攻的序幕。
面對四面匯聚到長安的藩鎮軍隊，黃巢派出軍隊四面據敵，力圖保護自己在長安的大本營。當時黃巢任命朱溫為東南面行營都虞侯，帶兵攻打鄧州，阻止荊襄一代的唐軍像長安靠攏。然後他又派心腹大將尚讓、王璠出兵攻打鳳翔，再追擊逃往成都的唐僖宗。
面對四面圍攻過來的唐朝各藩鎮軍隊，黃巢也四面派出軍隊迎敵，可戰果並不好，打得左支右絀。尚讓和王璠在偽齊政權中都是高位，一個是宰相，一個是京兆尹，手下兵多將廣，卻被書生出生的鄭畋打了個幾乎全軍覆滅。而其它各路軍隊抵抗唐軍的效果也不理想，到處都是節節敗退。唯獨朱溫這一路打出了威風，他攻佔鄧州，打退了荊襄陽方面藩鎮軍的圍剿，穩定了東南面的局勢。然後他又出兵長安西邊，打退了來自隴西各地的藩鎮軍隊，在東渭橋一代擊破鄜延節度使李孝昌和夏州節度使李思恭的兵馬，穩定長安的局勢。
可以說在長安城收復戰的第一回合，黃巢能夠穩住局面，朱溫是其第一功臣。所以在朱溫回到長安時，黃巢親自到灞上勞軍，以表示對其功勳的獎勵。這種情況讓朱溫在黃巢陣營中威名大振，漸漸威脅到了其它軍將的地位。尤其是朱溫被封為偽齊爭權的同州防禦使，並被派往同州獨立作戰後，黃巢陣營內部的關係就變得非常微妙了。
一方面對於唐朝的藩鎮軍的四面圍攻，黃巢軍隊面臨的戰爭壓力極大。尤其在尚讓和王璠敗於鄭畋後，黃巢軍隊裡面陸陸續續的出現臨陣倒戈和投降唐朝的現象，使得局勢對黃巢軍隊和偽齊爭權非常不利。
另一方面黃巢軍隊中將領對黃巢的不滿日益增加，矛盾衝突不斷激化。而這種激化也在朱溫身上出現，由此引發了朱溫叛變投唐的事情。這個事情成為黃巢軍隊和偽齊政權分崩離析的開始，在引發了一系列連鎖反應後，出現大量軍將投降唐朝的現象，將黃巢送上了敗亡之路。
究其朱溫投唐的原因，其根本還是在於黃巢軍隊內部矛盾極大，尤其是在偽齊建立之後。當時黃巢在長安稱帝，建國"大齊"，改元金統，大肆冊封官員和將領。比如尚讓當了宰相、王璠當了京兆尹，孟楷當了尚書左僕射兼軍容使，就連朱溫都混了個諸衛大將軍。
然而這些冊封只是空頭名聲，並沒有什麼實質的好處。因為黃巢義軍內部不是唐朝體制，而是山頭林立的義軍首領們的私兵。黃巢只是作為最大的頭領將這些義軍兵頭聯合起來，共同攻打長安。黃巢的封官並不能給這些義軍帶來任何實質性的好處，既沒有大量財物的賞賜，也沒有擴充兵權。實際上這些義軍兵頭夢寐以求的是成為割據一方的藩鎮節度使，而不是所謂的宰相將軍。這是當時所有唐朝軍人的終極夢想，義軍中大小兵頭們也不例外。不論是更早發生的龐勳桂林兵變，還是王仙芝、黃巢請降，都是為了謀求節度使的權位。
然而作為義軍後起之秀的朱溫卻得到了同州防禦使的職位，並授權獨立攻取同州。雖然防禦使的職位不高，卻授予了獨立組建軍隊的大權，這是義軍兵頭們夢寐以求的。唐朝的藩鎮節度使一般就是從防禦使、觀察使等升遷起來的，節度使便是最高級別。黃巢以朱溫穩定長安城大局的功勞授予其同州防禦使，允許其獨立建軍，獨立管轄同州的軍政事務，事實上讓朱溫成為了小型節度使。在這種情況下，長安城的義軍兵頭紛紛找理由離開長安，或者逃離關中，準備找個自己的地盤當節度使。
在這樣的過程中，義軍各個山頭各自為戰，互相爭搶地盤，各種矛盾被激化，陷入了一片混亂之中。正好此時受到鄭畋召集的唐朝藩鎮軍開始進行第二輪攻打長安和關中的戰爭，這對於義軍來說就是雪上加霜。各自為戰的義軍自然不是藩鎮軍的對手，尤其是面對來自於河中節度使王重榮和雁門以北行營節度使李克用為首的北方邊境強軍，黃巢軍隊簡直是不堪一擊。而朱溫作為黃巢軍中的悍將，對上了河中節度使王重榮的數萬精銳甲士，被打得節節敗退。於是朱溫在敗退後派人向黃巢傳信，請求軍隊支援。
可他向黃巢求救的十封奏章都被尚書左僕射兼軍容使孟楷截留了，根本沒有傳到黃巢手裡。這種情況讓朱溫非常窘迫，一方面面臨王重榮數萬大軍的強大壓力，另一方面卻沒有任何援軍，生死就在須臾之間。在這種情況下軍隊也出現軍心不穩的兆頭，朱溫最終選擇聽從親信將領、的建議率領同州軍民向王重榮投降。
朱溫的投降引發了一連串連鎖反應，很多在唐軍的壓力的苦苦支撐的義軍頭領宣佈倒戈，於是黃巢的偽齊爭權出現分崩離析的兆頭。有了臨陣倒戈的義軍當帶路黨，黃巢也就在關中呆不下去了，只能選擇向東撤退，逃離長安。
分析朱溫選擇背叛黃巢，投靠唐朝的原因，最為主要的便是義軍中的矛盾激化和互相傾軋。在內外交困的情況下，義軍內部還出現這種內耗的事情，對於義軍來說是雪上加霜的。再加上朱溫又面臨生死抉擇的關頭，他主動投靠王重榮也是最為合理的選擇。由於朱溫在義軍中地位較高，投靠唐朝後又受到唐僖宗的禮遇，被封為左金吾衛大將軍的官職，擔任河中行營副招討使，又賜名"全忠"。這讓義軍的大小兵頭們看到了生的出路，於是引發了連鎖反應，加劇了義軍內部的分裂和崩潰，讓黃巢大軍走向滅亡。
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