经过一番激战，十字军攻取了小亚细亚的重要城市多利留姆，此战之后，十字军继续前进。由于正面交手两次大败于十字军，阿尔斯兰改变了作战方略，以游击战和坚壁清野为主。一路上行进的十字军所见的都是被烧毁的农田，被填死的水井和投放了毒药的蓄水池。由于没有后勤补给概念，一路前行的十字军因饥饿不得不杀掉自己的战马，因体力不支逐步掉队的士兵则容易遭遇突厥军队的伏击而被杀。
落单的十字军很容易遭到突厥人的袭击
1097年8月中旬，十字军才终于抵达了科尼亚城。在遭遇了一路的荒无人烟后，十字军也终于得到了整休的机会。休整期间，十字军遇到了意想不到的事情，首先是圣吉尔病倒了，之后37岁的戈德弗鲁瓦意外受伤。戈德弗鲁瓦听说科尼亚附近有熊，便打算捕获一只，在狩猎过程中以意外地与熊发生了搏斗，虽然最终杀死了熊，自己也深受重伤。好在中世纪欧洲的骑士身体都非常强壮，圣吉尔一直在恢复当中，戈德弗鲁瓦也可以坐着担架随军行进。
翻越陶鲁斯山脉
在到达拉提那后，再往东南方向前进就是安条克了。在通往安条克的路上，横亘着陶鲁斯山脉，直接翻越的话距离最短，但是似乎很容易遭到突厥人的袭击。希腊向导则向十字军建议走凯撒利亚，沿此道进入亚美尼亚人的领地，之后再往南进攻安条克会安全的多。
当时的亚美尼亚人信奉基督教，十字军的大多数将领认为在亚美尼亚人的领地行军应该是安全的，唯独鲍德温和丹克雷迪不同意走远路，他们不惧路上突厥人的袭击，于是戈德弗鲁瓦和波埃蒙多各自分出了一部分兵力给他们，让他们自行走近路。
进军安条克示意图
十字军主力在希腊向导的引导下走了远路，去往凯撒利亚的路上没遇到什么情况，但是在往南走的时候遇到了突厥军的伏击，在交战过后突厥人被击退了，这次遇袭使得十字军的主要将领，包括圣吉尔、戈德弗鲁瓦、波埃蒙多等人都对东罗马帝国皇帝产生了严重的不信任。毕竟一路上他们流血打下来的领土都让东罗马帝国给占了，他们能做的只是不断地往前进攻。
好在他们在进入到亚美尼亚人控制的地区后，便没了麻烦，毕竟亚美尼亚人信奉基督教，对于十字军的到来还是非常欢迎的。1097年秋天，十字军主力来到了安条克。
另一方面，鲍德温和丹克雷迪却没有遇到突厥人的攻击，顺利进入了沿海的基利基亚地区。鲍德温的得到了兄长戈德弗鲁瓦给他的500名骑兵和2000名步兵，丹克雷迪的兵力则不到鲍德温的一半。尽管兵力不多，但他们也顺利地拿下了基利基亚最大的城市塔尔苏斯。
听说十字军攻过来了，突厥人没有抵抗便放弃了塔尔苏斯，先行来到塔尔苏斯的丹克雷迪不费一兵一卒便拿下了塔尔苏斯，后来来到的鲍德温要求城市归他所有，毕竟拳头大就好说话，自己兵比丹克雷迪多，就有底气。最终丹克雷迪放弃了塔尔苏斯，也算是两人相互妥协的结果。
此时倒是出现了一件有意思的事情，从欧洲来了一艘海盗船，说是要参加十字军，其实也是想借着十字军的征讨捞点利益。有趣的是这艘海盗船是从北欧过来的，船长是法国人，水手也都是基督教徒。鲍德温接见了海盗船长，在得知其也是来自于鲍德温所在的洛林地区后，便任命其为自己的副将，拨给了他300名士兵，留下来警备塔尔苏斯。
丹克雷迪则带着自己的1000多人把基利基亚走了个遍，东罗马帝国皇帝阿莱西奥斯一世本打算占领基利基亚，但看到十字军已经占了，便放弃了这个打算。
十字军主力南下后，鲍德温和丹克雷迪也很快和大部队会合了。关于海盗前来投靠的事情，鲍德温将这个情况通报给了各领军的诸侯，诸侯们对此也来了兴趣，如果能够从北欧航海过来，那么就说明可以充分利用西欧的海上力量解决补给问题，比如热那亚、威尼斯这些意大利的海上强国，如此一来也就不必依靠东罗马帝国的海军，不必受制于东罗马帝国了。
鲍德温意外获得了一块领土
此时埃德萨的领主向十字军发出了邀请，希望能够协助他防御来自摩苏尔伊斯兰的进攻。鲍德温接受了这个请求，带着戈德弗鲁瓦拨给他的2500人来到了埃德萨。
对于当时的伊斯兰来说，他们并没有意识到十字军东征的目标是什么，他们还以为十字军是东罗马帝国雇佣的西欧军队，用来收复东罗马帝国的“失地”的。直到十字军一路攻到中东的时候，他们才开始怀疑起十字军的真实意图。
伊斯兰世界当时分成了众多的诸侯国，各地的领主为了地盘不断地相互攻阀，不过随着十字军的不断深入，他们也逐渐团结了起来。伊斯兰世界直到80年后的萨拉丁时代才意识到西欧来的十字军是在基督教的旗帜下，以击败穆斯林收复圣地，建立十字军国家为目的。
埃德萨的领主是亚美尼亚的基督教徒，此时正为了领地与摩苏尔的伊斯兰领主交战。埃德萨向十字军发出邀请，只是为了保住自己的地盘。
其实十字军决定援助埃德萨的领主也不是因为同为基督教的信仰，而是埃德萨的战略地位，如果能够保住埃德萨，那么在十字军进攻安条克的时候就不用担心腹背受敌。而要夺取圣城耶路撒冷，则必须夺取耶路撒冷的北大门安条克，所以安条克是十字军必须要攻占的城市。
当时安条克附近地区的形势
控制住埃德萨不仅可以免除十字军进攻安条克时腹背受敌的危险，而且还能够成为向中东腹地进攻的前沿基地。
这就涉及当时从今天的叙利亚地区进攻阿拉伯腹地的路线问题了。通常来说，如果从安条克进攻巴格达，直线距离是最短的，但这就意味着大军要穿越沙漠行进，行军和运输会非常困难。公元前53年罗马“前三巨头”之一的克拉苏便是走了这条沙漠道路最终全军覆没的。安全的行军路线是沿着幼发拉底河行军，这样一来路上的运输补给可以通过船只运输，大军也不缺水源。沿着幼发拉底河一路南下，便能安全抵达巴格达附近。埃德萨便处在幼发拉底河流域地区，是进攻阿拉伯腹地的绝佳前沿阵地。
虽然来到埃德萨的鲍德温部只有500名骑兵和2000名步兵，但埃德萨领主托罗斯却大喜过望。一开始托罗斯想出钱雇佣鲍德温的部队，此举被鲍德温拒绝了，鲍德温回答说他们不在乎钱，感动了的托罗斯便收了鲍德温做养子，托罗斯此时年龄已经很大且没有儿子，举行了盛大的仪式正式收鲍德温做养子，并由其负责埃德萨的守卫，鲍德温同意了。
在盛大的收认养子仪式结束后不久，托罗斯就被暗杀了。伊斯兰世界的相关记载中，托罗斯是被鲍德温暗杀的，实际上托罗斯是被自己的仇人所杀，鲍德温有所疏忽，但并未参与暗杀。
托罗斯死后，他的养子鲍德温自然就成为了埃德萨的领主。意外得到的领土让鲍德温很是兴奋。在他的属国洛林，他只是一个“居家骑士”，没有自己的领土，而在这里，他得到了自己的领土，成为了一个有了领土的骑士。
之后鲍德温带领他手下的士兵在埃德萨周边四处征战，到1098年年底拿下了托罗斯名下的全部领地，此后鲍德温将其统治下的埃德萨及周边地区变成了“埃德萨伯爵领地”，成为了中东地区的一个十字军国家。
1097年10月中旬，十字军终于抵达了安条克。
乌尔班二世雪耻
十字军的东征的因素很多，一是基督教世界受到了伊斯兰势力的直接威胁；二是在伊斯兰控制基督教圣城耶路撒冷后，到了十字军东征前夕，断绝了基督教徒朝圣耶路撒冷的道路；三是部分基督教徒出于对宗教的信仰和狂热；四是部分参加十字军的人员本身的贪婪。当然，最为重要的因素还有罗马教廷本身。
在乌尔班二世之前的格列高七世为了显示罗马教廷的权威对神圣罗马帝国皇帝采取了绝罚的措施，导致了1078年的“卡诺萨之辱”事件。事后神圣罗马帝国皇帝亨利四世一生都与罗马教廷为敌，并对罗马教皇展开反击。在亨利四世部队的追击下，格列高七世不得不离开了罗马拉特兰宫，最终客死异乡。
后来的乌尔班二世即便当上了教皇，也一直没能进入罗马，进入拉特兰宫，在外当了个流亡的罗马教皇。而在罗马拉特兰宫的是另一位由亨利四世扶持的教皇与乌尔班二世分庭抗礼。
乌尔班二世明白，要想对抗皇帝亨利四世，就必须要掌握军权，所谓的“枪杆子里出政权”是千古不变的道理，谁手头有军队，谁才能掌握真正的实权。
罗马教皇乌尔班二世
于是乌尔班二世便发动了十字军东征，将众多西欧皇帝和国王手头的军队纳入了宗教的名义之下，实际上是受了罗马教廷的操控。亨利四世手头的大量军队，尤其是洛林领主戈德弗鲁瓦也参加了十字军，使他能够掌控的军队越来越少，亨利四世的权威也日薄西山。
随着十字军的东征，越来越多的拥有实权的诸侯和领主承认罗马教皇的地位，亨利四世终于败下阵来，他扶持的罗马教皇也最终离开了罗马拉特兰宫，逃到了意大利北部。
亨利四世人生最后的9年是在寂寞中度过的。帝国境内大多数数诸侯和领主都参加了十字军，他的长子和次子也相继反叛。晚年的亨利四世又受到了教会的绝罚，最终在孤寂中死去。
战胜了神圣罗马帝国皇帝的乌尔班二世又回到了罗马的拉特兰宫，成为了名副其实的教皇，他也树立了罗马教廷的权威。史学家一般认为，罗马教廷的权力是乌尔班二世时期开始走入了上升通道，到了英诺森三世时期达到了顶峰。
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