經過一番激戰，十字軍攻取了小亞細亞的重要城市多利留姆，此戰之後，十字軍繼續前進。由於正面交手兩次大敗於十字軍，阿爾斯蘭改變了作戰方略，以游擊戰和堅壁清野為主。一路上行進的十字軍所見的都是被燒燬的農田，被填死的水井和投放了毒藥的蓄水池。由於沒有後勤補給概念，一路前行的十字軍因飢餓不得不殺掉自己的戰馬，因體力不支逐步掉隊的士兵則容易遭遇突厥軍隊的伏擊而被殺。
落單的十字軍很容易遭到突厥人的襲擊
1097年8月中旬，十字軍才終於抵達了科尼亞城。在遭遇了一路的荒無人煙後，十字軍也終於得到了整休的機會。休整期間，十字軍遇到了意想不到的事情，首先是聖吉爾病倒了，之後37歲的戈德弗魯瓦意外受傷。戈德弗魯瓦聽說科尼亞附近有熊，便打算捕獲一隻，在狩獵過程中以意外地與熊發生了搏鬥，雖然最終殺死了熊，自己也深受重傷。好在中世紀歐洲的騎士身體都非常強壯，聖吉爾一直在恢復當中，戈德弗魯瓦也可以坐著擔架隨軍行進。
翻越陶魯斯山脈
在到達拉提那後，再往東南方向前進就是安條克了。在通往安條克的路上，橫亙著陶魯斯山脈，直接翻越的話距離最短，但是似乎很容易遭到突厥人的襲擊。希臘嚮導則向十字軍建議走凱撒利亞，沿此道進入亞美尼亞人的領地，之後再往南進攻安條克會安全的多。
當時的亞美尼亞人信奉基督教，十字軍的大多數將領認為在亞美尼亞人的領地行軍應該是安全的，唯獨鮑德溫和丹克雷迪不同意走遠路，他們不懼路上突厥人的襲擊，於是戈德弗魯瓦和波埃蒙多各自分出了一部分兵力給他們，讓他們自行走近路。
進軍安條克示意圖
十字軍主力在希臘嚮導的引導下走了遠路，去往凱撒利亞的路上沒遇到什麼情況，但是在往南走的時候遇到了突厥軍的伏擊，在交戰過後突厥人被擊退了，這次遇襲使得十字軍的主要將領，包括聖吉爾、戈德弗魯瓦、波埃蒙多等人都對東羅馬帝國皇帝產生了嚴重的不信任。畢竟一路上他們流血打下來的領土都讓東羅馬帝國給佔了，他們能做的只是不斷地往前進攻。
好在他們在進入到亞美尼亞人控制的地區後，便沒了麻煩，畢竟亞美尼亞人信奉基督教，對於十字軍的到來還是非常歡迎的。1097年秋天，十字軍主力來到了安條克。
另一方面，鮑德溫和丹克雷迪卻沒有遇到突厥人的攻擊，順利進入了沿海的基利基亞地區。鮑德溫的得到了兄長戈德弗魯瓦給他的500名騎兵和2000名步兵，丹克雷迪的兵力則不到鮑德溫的一半。儘管兵力不多，但他們也順利地拿下了基利基亞最大的城市塔爾蘇斯。
聽說十字軍攻過來了，突厥人沒有抵抗便放棄了塔爾蘇斯，先行來到塔爾蘇斯的丹克雷迪不費一兵一卒便拿下了塔爾蘇斯，後來來到的鮑德溫要求城市歸他所有，畢竟拳頭大就好說話，自己兵比丹克雷迪多，就有底氣。最終丹克雷迪放棄了塔爾蘇斯，也算是兩人相互妥協的結果。
此時倒是出現了一件有意思的事情，從歐洲來了一艘海盜船，說是要參加十字軍，其實也是想借著十字軍的征討撈點利益。有趣的是這艘海盜船是從北歐過來的，船長是法國人，水手也都是基督教徒。鮑德溫接見了海盜船長，在得知其也是來自於鮑德溫所在的洛林地區後，便任命其為自己的副將，撥給了他300名士兵，留下來警備塔爾蘇斯。
丹克雷迪則帶著自己的1000多人把基利基亞走了個遍，東羅馬帝國皇帝阿萊西奧斯一世本打算佔領基利基亞，但看到十字軍已經佔了，便放棄了這個打算。
十字軍主力南下後，鮑德溫和丹克雷迪也很快和大部隊會合了。關於海盜前來投靠的事情，鮑德溫將這個情況通報給了各領軍的諸侯，諸侯們對此也來了興趣，如果能夠從北歐航海過來，那麼就說明可以充分利用西歐的海上力量解決補給問題，比如熱那亞、威尼斯這些意大利的海上強國，如此一來也就不必依靠東羅馬帝國的海軍，不必受制於東羅馬帝國了。
鮑德溫意外獲得了一塊領土
此時埃德薩的領主向十字軍發出了邀請，希望能夠協助他防禦來自摩蘇爾伊斯蘭的進攻。鮑德溫接受了這個請求，帶著戈德弗魯瓦撥給他的2500人來到了埃德薩。
對於當時的伊斯蘭來說，他們並沒有意識到十字軍東征的目標是什麼，他們還以為十字軍是東羅馬帝國僱傭的西歐軍隊，用來收復東羅馬帝國的“失地”的。直到十字軍一路攻到中東的時候，他們才開始懷疑起十字軍的真實意圖。
伊斯蘭世界當時分成了眾多的諸侯國，各地的領主為了地盤不斷地相互攻閥，不過隨著十字軍的不斷深入，他們也逐漸團結了起來。伊斯蘭世界直到80年後的薩拉丁時代才意識到西歐來的十字軍是在基督教的旗幟下，以擊敗穆斯林收復聖地，建立十字軍國家為目的。
埃德薩的領主是亞美尼亞的基督教徒，此時正為了領地與摩蘇爾的伊斯蘭領主交戰。埃德薩向十字軍發出邀請，只是為了保住自己的地盤。
其實十字軍決定援助埃德薩的領主也不是因為同為基督教的信仰，而是埃德薩的戰略地位，如果能夠保住埃德薩，那麼在十字軍進攻安條克的時候就不用擔心腹背受敵。而要奪取聖城耶路撒冷，則必須奪取耶路撒冷的北大門安條克，所以安條克是十字軍必須要攻佔的城市。
當時安條克附近地區的形勢
控制住埃德薩不僅可以免除十字軍進攻安條克時腹背受敵的危險，而且還能夠成為向中東腹地進攻的前沿基地。
這就涉及當時從今天的敘利亞地區進攻阿拉伯腹地的路線問題了。通常來說，如果從安條克進攻巴格達，直線距離是最短的，但這就意味著大軍要穿越沙漠行進，行軍和運輸會非常困難。公元前53年羅馬“前三巨頭”之一的克拉蘇便是走了這條沙漠道路最終全軍覆沒的。安全的行軍路線是沿著幼發拉底河行軍，這樣一來路上的運輸補給可以通過船隻運輸，大軍也不缺水源。沿著幼發拉底河一路南下，便能安全抵達巴格達附近。埃德薩便處在幼發拉底河流域地區，是進攻阿拉伯腹地的絕佳前沿陣地。
雖然來到埃德薩的鮑德溫部只有500名騎兵和2000名步兵，但埃德薩領主託羅斯卻大喜過望。一開始託羅斯想出錢僱傭鮑德溫的部隊，此舉被鮑德溫拒絕了，鮑德溫回答說他們不在乎錢，感動了的託羅斯便收了鮑德溫做養子，託羅斯此時年齡已經很大且沒有兒子，舉行了盛大的儀式正式收鮑德溫做養子，並由其負責埃德薩的守衛，鮑德溫同意了。
在盛大的收認養子儀式結束後不久，託羅斯就被暗殺了。伊斯蘭世界的相關記載中，託羅斯是被鮑德溫暗殺的，實際上託羅斯是被自己的仇人所殺，鮑德溫有所疏忽，但並未參與暗殺。
託羅斯死後，他的養子鮑德溫自然就成為了埃德薩的領主。意外得到的領土讓鮑德溫很是興奮。在他的屬國洛林，他只是一個“居家騎士”，沒有自己的領土，而在這裡，他得到了自己的領土，成為了一個有了領土的騎士。
之後鮑德溫帶領他手下的士兵在埃德薩周邊四處征戰，到1098年年底拿下了託羅斯名下的全部領地，此後鮑德溫將其統治下的埃德薩及周邊地區變成了“埃德薩伯爵領地”，成為了中東地區的一個十字軍國家。
1097年10月中旬，十字軍終於抵達了安條克。
烏爾班二世雪恥
十字軍的東征的因素很多，一是基督教世界受到了伊斯蘭勢力的直接威脅；二是在伊斯蘭控制基督教聖城耶路撒冷後，到了十字軍東征前夕，斷絕了基督教徒朝聖耶路撒冷的道路；三是部分基督教徒出於對宗教的信仰和狂熱；四是部分參加十字軍的人員本身的貪婪。當然，最為重要的因素還有羅馬教廷本身。
在烏爾班二世之前的格列高七世為了顯示羅馬教廷的權威對神聖羅馬帝國皇帝採取了絕罰的措施，導致了1078年的“卡諾薩之辱”事件。事後神聖羅馬帝國皇帝亨利四世一生都與羅馬教廷為敵，並對羅馬教皇展開反擊。在亨利四世部隊的追擊下，格列高七世不得不離開了羅馬拉特蘭宮，最終客死異鄉。
後來的烏爾班二世即便當上了教皇，也一直沒能進入羅馬，進入拉特蘭宮，在外當了個流亡的羅馬教皇。而在羅馬拉特蘭宮的是另一位由亨利四世扶持的教皇與烏爾班二世分庭抗禮。
烏爾班二世明白，要想對抗皇帝亨利四世，就必須要掌握軍權，所謂的“槍桿子裡出政權”是千古不變的道理，誰手頭有軍隊，誰才能掌握真正的實權。
羅馬教皇烏爾班二世
於是烏爾班二世便發動了十字軍東征，將眾多西歐皇帝和國王手頭的軍隊納入了宗教的名義之下，實際上是受了羅馬教廷的操控。亨利四世手頭的大量軍隊，尤其是洛林領主戈德弗魯瓦也參加了十字軍，使他能夠掌控的軍隊越來越少，亨利四世的權威也日薄西山。
隨著十字軍的東征，越來越多的擁有實權的諸侯和領主承認羅馬教皇的地位，亨利四世終於敗下陣來，他扶持的羅馬教皇也最終離開了羅馬拉特蘭宮，逃到了意大利北部。
亨利四世人生最後的9年是在寂寞中度過的。帝國境內大多數數諸侯和領主都參加了十字軍，他的長子和次子也相繼反叛。晚年的亨利四世又受到了教會的絕罰，最終在孤寂中死去。
戰勝了神聖羅馬帝國皇帝的烏爾班二世又回到了羅馬的拉特蘭宮，成為了名副其實的教皇，他也樹立了羅馬教廷的權威。史學家一般認為，羅馬教廷的權力是烏爾班二世時期開始走入了上升通道，到了英諾森三世時期達到了頂峰。
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