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历史上准噶尔部，是中亚蒙古的小汘国，明未清初哈刺忽刺酋长的儿子巴图尔浑台吉1635年创立准噶尔汗国。
1678年准噶尔汗噶尔丹出兵南疆，灭叶尔羌汗国。想建立一个以喇嘛教为国教的帝国。十年后又率兵越杭爱山大举进攻，已经归降清朝谢图汗，喀尔喀蒙古漠北部落，使他们被迫南迁漠南。
1690年又继续扩张向漠南蒙古地区进攻。康熙大帝左右两路打败噶尔丹军队溃逃败亡。他的侄子策妄阿拉布坦当权后，又逐强大起来和清朝多次发生冲突。控制北到额尔齐斯河上游，东到乌布苏湖的地区包括吐鲁番库车等新疆的广大领土，向清朝臣服后，登上了大汗的宝座。有新疆，青海，蒙古高原，西伯利亚南部等广大地区，人口达到五百余万，拥有三十大军，近五佰万平方公里大国。
1716年准噶尔部出兵西藏占领拉萨，1718年康熙出兵青海入藏全军复没。准噶尔部数次击败清朝军队，又击败了哈萨克汗军队。
1720年大将军十四阿哥率军赶走准噶尔军队。1745年喝尔丹第零去世后，国内发生内乱，使其不断削弱无力反抗哈萨克汗国欺凌，却借助哈萨汗国汗阿布赉的支持维护政权。到了达瓦齐登上大汗位，更暴虐混淫，倒行运施，与支持他当汗辉特酋长阿睦尔撒纳大动干戈，掀起战争。阿睦尔撒纳战败投向清朝，于是清朝筹集大军1755年春，岳钟棋率军队分南北和阿布赉汗军队东西夹击下达瓦齐的军队使其溃逃瓦解。达瓦齐也被霍集斯伯克擒获送交清朝。准噶尔彻灭亡。新疆成中国土地。阿睦尔撒纳图谋当大汗发动叛乱。乾隆派兵镇压，阿睦尔撒纳多次使诡计逃脱追捕，多次叛乱。1757年到1759年由于内乱，加之北疆疫病流行，他的队伍不战自溃，他逃往哈萨克，又入沙俄染天花病死，沙俄送尸体给清朝。
到1759年八月，清军平定支持阿睦尔撒纳的大和卓波罗尼都和小和卓霍集占兄弟的叛乱。控制天山南路也全面控制今日新疆地区。前后战争用康熙，雍正乾隆三代，共
六十八年。
明未清初，我国北方的蒙古族分为三大块在内蒙为漠南蒙古，在漠北为喀尔喀蒙古，和漠西厄鲁特蒙古又称卫拉特蒙古。它又四部，硕特（西藏部、，准噶尔，土尔扈特，杜尔伯特。以准噶尔部势力最强，先兼并了土尔扈特，使他们流浪到额济勤河（伏尔加河）流城的，硕特人迁居青海。到噶尔丹执政时，在吞并新疆境内杜尔伯特和原隶土尔扈特的辉特部，进占青海硕特部。又攻占南疆维吾族聚居的诸城，在沙俄支持下，1788年又向喀尔喀蒙古进军，噶尔丹率骑兵三万自伊犁东进越爱杭山，进攻占领喀尔喀地区草原 己经归降清朝的喀尔喀诸汗赶到漠南，向清廷告急。康熙一面把安置他们安置到科尔沁草原，一面要噶尔丹罢兵西归。1690年6月噶尔丹有沙俄支持，气焰嚣张，反而从漠北聚势南下到漠南草原赤峰一带乌珠穆沁地区。
康熙二十九年（1690年）康熙决定亲征。分兵左路出古北口（滦平），右路出出喜峰口。迂回北上消灭噶尔丹，在乌珠穆沁遇喝尔丹军，清右军初战不顺南退。噶军长驱南下巡渡过沙拉木伦河。进抵乌兰布通。清左军也进到那里。康熙令右军仃止南撒与左路军会合，共同合击噶尔丹于乌兰布通，进驻归化城伺机侧击噶尔丹归路，噶尔丹将万余匹驼摆成城棚防线成为”驼城“依托箱垛放枪射箭。清军以火炮火铳部队在前，步骑兵在后。从八月初一中午清军首先集中火炮火铳猛烈轰击驼城。将驼成轰断为两半。康熙挥军渡河进攻噶尔丹，使其大败。仓皇撤往北山上，向清军求和，夜里乘机三军残兵逃回科布多只有数干人。
康熙三十三年康熙诏令噶尔丹前来会盟，他抗命不来却领军又入漠北。康熙决定诱其南下歼灭噶尔丹。康熙三十四年九月，噶尔丹又率三万骑兵自科布多东进入克鲁伦河东下游，扬言有俄罗斯鸟枪兵六万多人。将大举内犯， 康熙再次亲征，调集九万多军分东中西进行夹击。东路九干由萨布素率军越兴安岭西进，西4万六干人由费扬古为主将，出归远，宁夏越于翁金河后北上切断噶尔丹西逃科布多之路。康熙率军三万六干出独石口北，直指克鲁伦河游域与东路夹击噶尔丹。五月初。清军逼近敌人，噶尔丹感到有受到夹击危险，便连夜率部西逃。
西路清军己进扺土刺河上游。费扬古以逸待劳，准备好设伏截击的列阵，等待噶尔丹军。战斗开始后，清军先以4百骑兵挑战，诱使噶尔丹入埋伏圈。噶尔丹率军兵进击，企图攻占清军控制的山头。孙思克率兵据险防守激战一天，难分胜败。
费扬古设伏骑分兵迂回到敌后，袭击阵后噶尔丹家属辎重后卫。据守山头孙思克也奋勇出击，噶尔丹军大乱夺路北逃，清军全歼数干人收降三干，击毙噶尔丹之妻阿奴。噶尔丹率军西逃。噶尔丹兵败后他的大本营国内被侄儿策妄阿拉布坦所占不让其回。康熙三十六年二月下诏亲征噶尔丹要他投降，他精气丧亡，牲畜皆无，无处所归，只有干人跟随，众叛亲离的情况下服毒自杀。康熙代亲征噶尔丹的战争结束。
策妄阿拉拉布坦是噶尔丹的侄子，首领僧格之长子在达赖喇嘛以及和硕特首领鄂齐尔罔车臣汗的支持下登上了准噶尔大汗之位。在1690噶尔丹出兵喀尔喀蒙古诸汗时，趁机占领了原准噶尔领土，让噶尔丹在科布多无法西还。又与康熙皇帝合作彻底击败噶尔丹。1698年成准噶尔大汗，他强大以后，派军康熙未年袭击哈密北境五塞，令策零效多布率兵六干多攻占拉萨，杀拉藏汗。企图挟达赖喇嘛号令众蒙古，与清朝分庭抗礼。清朝初次出兵西藏，但被其大打败全军覆没。1720年清朝再度出兵，以十四阿大将王胤禵统领各军，年羹尧为四川总督，负责后勤保障。三路发兵攻击策凌敦多布兵败逃走 ，清朝进驻拉萨建立了对西藏的直接统治。之后清朝向准噶尔本土发动了一系列攻势，一度占领乌鲁木齐，但因康熙帝去世而撤回。1723年准噶尔支持罗小藏丹津在青海发动叛乱，年羹尧率军平定。也在雍正九年（1731年）靖边大将傅尔丹被准噶尔军引诱离开科布多大本营深入到瀚海之中，被其围歼精兵万人在博克托岭和通泊等处中伏，损失惨重仅存二干退至大夲营科布多。清军也在雍正十年，在以奇袭击和伏击等在光显寺一带大败二万六干人设伏大败准噶尔军。噶尔丹策零率残部，乘夜拼死突围，尽弃辎重牲畜塞满山谷，迟滞清军前进，自鄂尔浑河逃跑。但是早在1725年清朝雍正帝同策妄问拉布坦划分了边界，己经相互贸易。
乾隆初年，和噶尔丹策零议和告成。双划定牧场，息兵罢战。噶尔丹策零死后，上层争夺汗位斗争激烈，发生内讧，达瓦齐在辉特台吉策妄阿拉布坦外孙阿睦尔撒纳帮助下夺得汗位 得汗位后两人开始不和互相攻伐。阿睦尔撒纳战败，帅残兵二万降清。达瓦齐为人残酷，荒淫无度，不理政事，厄鲁特蒙古多个部落都先后归时清朝，乾隆降以大批内附头人给予高官厚爵。
在内江和百相残杀以及达瓦齐众叛亲离的情况。乾隆下决乘势出兵新疆，完成最统一西北壮伟大业。乾降二十年（1755年）清朝发兵5万分两路直捣伊犁。中玉兹问布赉汗派博洛布拜随清朝使至伊型清军营地建归降。1757年阿布勒比斯代表阿比赉汗要求归附清朝。1758年大玉首领阿比里斯亲赴清军营宣誓我右哈萨克久欲归诚，东布鲁特五部茫归归附清朝。1759年西布鲁特十五部落，归附清朝。于是浩罕汗国以东，伊犁西南克什噶尔西北，伊塞克湖周围帕米尔帕米尔喀喇昆仑山一带广大地区，全部归属清朝政府管辖。达瓦齐没有料到清军会提前行动部下的不战而降，使其阵脚大乱，仅带亲信七十余逃往天山以南投乌什，结果被乌什城阿奇木伯霍集斯擒获交清军。达瓦齐被押送至北京，乾隆却免死加恩，封为亲王入旗籍，赐地京师。充分显示了乾隆皇帝，怀柔远人的用心。
但阿睦尔撒纳被封为双亲王，食双俸，并成辉特汗，他也不满足，不久又聚众叛乱，清廷遣军从巴里坤等分路合击很快平定叛乱，他逃往哈萨克，在哈萨克首领阿布赉追捕下，只身带七八人逃到俄占区谢米巴拉厂斯克要塞，由于清廷坚持，己经天花病死了阿睦尔撒纳的尸体还了回来，清军平定分裂叛乱的战争，到此全面胜利。
1635年10月卫拉特蒙古（新疆）的盟主固始汗遣使归顺后金。他去青藏高原发展后。和硕特首领兼卫拉特盟主的位子给予侄鄂齐尔图汗。1675年准噶尔部看领噶尔丹派兵击败盟鄂齐尔图汗。厄鲁特在明朝史书称卫拉特。固始汗的祖先是和顾特首领比族是成吉思汗弟弟后代。固始汗归顺后金代表厄鲁特（卫拉特）都归附清朝。清军平定准噶尔贵族分裂叛乱战争的胜利。不仅维护巩固西北边陲，消灭了分裂势力打击沙皇俄国侵略中国准噶尔的野心，当然粉碎帝国主义利用败类分裂祖国的阴谋，捍卫西北之边疆。
