康熙沒有平定準噶爾，而是用七年消滅了噶爾丹，在消滅噶爾丹的過程中，準噶爾汗國反而是康熙的盟友。
噶爾丹和準噶爾汗國的關係，稍微有點複雜，很多人容易搞混淆。簡單的說，噶爾丹曾經是準噶爾汗國的首領，但與康熙為敵時，準噶爾韓國已經被噶爾丹的侄子策妄阿拉布坦篡奪，噶爾丹是一隻流落在蒙古高原的孤軍。
（噶爾丹）
噶爾丹曾經是衛拉特蒙古準噶爾部首領，雄才大略，帶領衛拉特蒙古準噶爾部建立了稱霸西域的準噶爾汗國。準噶爾汗國地盤包括今天的新疆以及中亞很大部分地區，是一個比較強大的遊牧帝國。
1688年，噶爾丹率軍三萬進軍漠北喀爾喀蒙古（喀爾喀蒙古大致包含今天的蒙古國）。在噶爾丹遠征漠北時，噶爾丹的侄子策妄阿拉布坦在後方乘機起兵，奪了汗位，成為準噶爾汗國的新首領。噶爾丹企圖回軍擊敗，從此成為一隻孤軍，地盤只有漠北西部的一小部分科布多地區，大約有三萬戰鬥力比較強的軍隊。
處境困難的噶爾丹企圖佔據蒙古高原建立新勢力。1689年，噶爾丹率兵2萬再次征伐喀爾喀蒙古。噶爾丹軍雖然兵力較少，但戰鬥力比較強，大敗喀爾喀蒙古，並追擊喀爾喀蒙古深入到漠南蒙古。1690年六月，援助蒙古人的兩萬多清軍在烏爾會河被噶爾丹軍大敗，噶爾丹軍隨後直抵距離北京只有700裡的烏蘭布通。
1690年七月，清軍出兵十萬分路討伐噶爾丹，康熙皇帝也御駕親征。雙方在烏蘭布通大戰。康熙在途中患病，坐鎮後方，未抵達戰場。烏蘭布通之戰噶爾丹兵力兩萬，清軍六至七萬，且後續兵力還在源源不斷趕來。烏蘭布通之戰在戰場上雙方未分出真正的勝負，清軍戰場損失更大，康熙的舅舅佟國綱中槍身亡。噶爾丹軍火器應用水平很高，排槍給清軍造成很大損失。但噶爾丹在兵力遠小於清軍且各路清軍不斷趕來情況下，未能徹底擊潰清軍只能選擇退兵。退回漠北途中，噶爾丹軍發生嚴重的瘟疫，損失慘重，2萬人只剩數千人。噶爾丹自此失去再次進軍漠南的能力。
（康熙皇帝）
康熙三十五年（1696年）,康熙率11萬多大軍兵分三路遠征噶爾丹，西路軍（約3.5萬人）在昭莫多捕捉到噶爾丹主力（五千餘人），大勝噶爾丹。噶爾丹軍戰死兩千餘人，被俘數百，勢力遭到毀滅性打擊。
康熙三十六年（1697年）,康熙再次親征噶爾丹。噶爾丹在康熙親征途中病死，殘餘勢力投降，噶爾丹最終被消滅。
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