準噶爾汗國的滅亡主要是由於自身出了問題，主要就是內亂。
話說準噶爾汗國在噶爾丹死後，雖然向東進的步伐得到遏制，但仍然保留了強大的實力。而葛爾丹的繼任者策妄阿拉布坦和他的兒子噶爾丹策零皆是梟雄。所以，準噶爾汗國仍然是中亞一強。
準噶爾汗國衰弱的契機是在噶爾丹策零死後。話說在他死後留下了三子一女：長子喇嘛達爾扎，次子那木札爾，三子策妄達什，女兒烏蘭巴雅爾。次子那木札爾由於母貴，繼承汗位。然而，那木札爾實在是昏庸之主，“童昏無行，恣睢狂惑”，長大後，更是“以讒幽其女兄多戮宰桑（管事官之意）”。如此倒行逆施的行為，引起了諸臺吉的不滿。於是“其女兄之夫與諸臺吉攻殪之”，立喇嘛達爾扎為汗。而當時的兩個同族臺吉大、小策零的部眾意圖擁立策妄達什，被喇嘛達爾札所忌。
喇嘛達爾札不久便將他的三弟策妄達什和小策零之子達什達瓦除掉，而大策零之孫達瓦齊知道終將大禍臨頭，遂與輝特部臺吉阿睦爾撒納聯合謀劃，阿睦爾撒納率軍“于山嶺僻境繞道入伊犁”，襲殺喇嘛達爾札，迎立達瓦齊為汗。在達瓦齊立後，又不滿阿睦爾撒納擅權，兩人遂率部眾互相攻殺。最後，阿睦爾撒納不敵，“遂率所部兩萬餘人來降”。
經過這一連串的大內耗，準噶爾汗國的實力遭到了極大的削弱，不斷有臺吉率領部眾歸降清廷，就連達瓦齊手下大將瑪木特也投降了清廷，“既而準部驍將瑪木特見諸臺吉相踵內附，必召大兵，知準噶爾事不可為，達瓦齊不可輔，亦脫身來歸”。
一直關心西北的乾隆意識到消滅準噶爾汗國的絕對機會到了，遂發動大兵以降軍為嚮導進行征伐，由於準噶爾汗國的內亂，戰爭並無驚險之處，“天山南北兩路皆不血刃而定”，俘虜達瓦齊。至此，稱雄西北的準噶爾汗國滅亡。
但是，事情還沒有結束。阿睦爾撒納和那些歸降原本歸降的部落和碩特部、輝特部等部在受封之後再次背叛了清廷。震怒的乾隆皇帝決定對反叛行為痛加洗剿，並且在這件事後，乾隆也決定將新疆納入中央政府以永遠消除邊疆禍患。《清稗類鈔》、《嘯亭雜錄》和《聖武記》對乾隆的態度記載非常明確“上以諸賊甫受封賞，輒叛，知額魯特概不可以恩信結”（除文字不同，語意相同），在付出了不小的代價後，終於將這場叛亂鎮壓下去。
而厄魯特蒙古也迎來了自己的浩劫。乾隆皇帝和他派駐的將領一致認為如若想穩定新疆局勢，必須將漠西蒙古連根拔起。於是，就有了無比慘烈的屠戮，請看《嘯亭雜錄》載：“時厄魯特懾我兵威，雖一部有數十百戶，莫敢抗者。呼其壯丁出，以次斬戮，寂無一聲，駢首就死，婦孺悉驅入內地賞軍，多死於途，於是厄魯特之種類盡矣！”除了杜爾伯特部始終沒有叛亂得以保留，準噶爾其他各部被清軍從新疆抹去。史載“凡病死者十之三，逃入俄羅斯、哈薩克者十之三，為我兵殺者十之五，數千裡內遂無一人”。
至此，曾經稱霸西北的厄魯特蒙古就此沉寂，不再為邊患了。
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