公元1670年，準噶爾首領僧格遇刺，其弟噶爾丹從西藏返回準噶爾部，奪取汗位。噶爾丹繼位之後，大力擴充勢力，壓服其餘的厄魯特蒙古部落。為了鞏固自己的統治，噶爾丹迫害僧格之子策妄阿拉布坦。
策妄阿拉布坦是僧格的長子，繼承了僧格的部眾，噶爾丹稱汗之後，策妄阿拉布坦率眾依附其叔父噶爾丹。但噶爾丹為了消耗僧格的殘餘力量，於公元1684年派策妄阿拉布坦西征哈薩克。
康熙二十七年（公元1688），噶爾丹派人迫害策妄阿拉布坦，導致後者被迫率領五千部眾向西北逃竄，噶爾丹與策妄阿拉布坦叔侄正式分立。
噶爾丹
康熙二十九年，稱霸西北的噶爾丹野心膨脹，東侵喀爾喀蒙古部，策妄阿拉布坦趁機攻佔伊犁地區。並接受清廷的招撫，共同對付噶爾丹。噶爾丹在烏蘭木通與康熙帝決戰，準噶爾軍隊失敗向西退去。
已經歸順清廷的策妄阿拉布坦派兵進駐科布多，在阿爾泰山一代設防，阻斷噶爾丹歸路，公元1695年，噶爾丹再次東侵，清軍於昭莫多全殲準噶爾軍隊主力，噶爾丹向西逃竄。
康熙三十六年，縱橫西北邊疆的一代梟雄噶爾丹自殺身亡。他的侄子策妄阿拉布坦收集了他的部眾，成為準噶爾汗國的新大汗。
康熙帝
策妄阿拉布坦比起他一代梟雄的叔叔噶爾丹更為傑出，他有勇有謀。稱汗之後，策妄阿拉布坦與清廷保持了近二十年的和平時期，給準噶爾部帶來了休養生息的時間。準噶爾部在他的領導下進入全盛時期，隨著勢力的增長，策妄阿拉布坦開始與清廷分庭抗禮。
策妄阿拉布坦採取先收西藏的策略，當時西藏的統治者是出身於厄魯特蒙古和碩特部的拉藏汗。拉藏汗是固始汗的曾孫，於公元1701年經康熙皇帝冊封繼承和碩特汗國汗位。拉藏汗進入拉薩之後，誅殺五世-達-賴-喇嘛的第巴桑結嘉措，並且廢黜了第巴所立的六世-達-賴-喇嘛倉央嘉措，這就是歷史上著名的情僧倉央嘉措。
倉央嘉措
倉央嘉措被廢之後，西藏陷入混亂。
策妄阿拉布坦清楚倉央嘉措在西藏和蒙古各部的影響力，決定將其迎入伊犁講經傳教。拉藏汗斷然拒絕，並將倉央嘉措押往內地。
策妄阿拉布坦一計不成，決意直接奪取西藏，公元1715年，康熙五十四年，策妄阿拉布坦派策凌敦多布率領6000軍隊遠征西藏。大軍從南疆出發，經歷千難萬險，翻越崑崙山，繞過冰川，到達青藏高原西北的阿里地區。
拉藏汗
倉央嘉措被拉藏汗廢黜之後，立了新的六世-達-賴-喇嘛，但是支持倉央嘉措的僧人們在理塘尋訪到了倉央嘉措的轉世靈童格桑嘉措。
策凌敦多布意識到轉世靈童的重要性，於是一面潛往拉薩，一面派人劫持駐錫青海塔爾寺的轉世靈童格桑嘉措。拉薩的拉藏汗並未認真對待準噶爾入侵的行動，直到策凌敦多布兵臨城下時，才開始組織抵抗。當時拉藏汗的軍隊人數、地形均優於準噶爾軍，但策凌敦多布向西藏人民宣傳道：拉藏汗所立的不是倉央嘉措的繼承人，只有倉央嘉措才是格魯派的保護者，只有倉央嘉措的轉世靈童才是黃教的領袖，他們是來給西藏人民送保護者來的。
準噶爾汗國版圖
就這樣，在準噶爾軍隊與西藏軍隊對峙的情況下，那些認同倉央嘉措的僧人們，卻四處收集糧草和武器、衣服援助準噶爾軍隊，並且動員人民組織武裝幫助準噶爾人。
1717年11月，準噶爾軍隊攻下拉薩城，策凌敦多佈下令洗劫了拉薩。逃入布達拉宮的拉藏汗全家也被殺死。
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