1、注意運行方式
掛靠方負責的工程施工相關手續，承擔相關費用。
以被掛靠方名義進行項目的籌建和施工管理，並以自身作為其權利義務的載體， 對工程項目的生產經營和其他一切活動承擔法律責任；被掛靠方僅按本協議的 約定對工程項目進行監控管理。
被掛靠方有權對項目生產合同財務、質量、安全、工期、進度、文明施工等進 行監控檢查，工程項目的所有配置由掛靠方按需要自行配置，但必須滿足工程 和業主的需要，所需一切費用由掛靠方承擔。
2.費用的收取
重要是三點：
一、管理費的收取 ；二、項目管理人的工資；三、項目涉及的稅費承擔。
被掛靠方收取總造價 3%的管理費（不含稅金及工程所在地政府要求繳納的各種基金和 規費），稅金按實際發生由被掛靠方代收代繳，政府要求繳納的各種基金和規費均由乙方 自行負擔。（稅金包括增值稅、附加稅、所得稅、印花稅等）
上述管理費在第一批工程款到賬時一次性扣除。稅金由被掛靠方從每筆應收工程款中按比例扣取。
3.過賬方式
工程項目的資金必須從被掛靠方公司財務走賬，可以單獨設立一個賬戶。
工程資金必須先保證項目施工的需要，即必須在支付完項目材料費、勞務費、 專業分包工程款等工程費用及所有債務全部支付完畢後方可另外分配使用。
重點考慮增值稅的問題。
【案例】：由乙企業實際運作的A工程項目掛靠在甲建築企業名下，工程價款 1000萬，雙方商定掛靠管理費為合同金額的2%，根據收款進度同比例支付，A項 目選擇的是稅率為11%的一般計稅方式。
1、如果乙企業沒有提供該項目的進項發票，則甲企業需要全額扣留 1000*11%+1000*2%=130萬的款項。
2、如果乙企業提供了增值稅率為17%的材料發票500萬，則可以抵扣稅款為 （500÷（1+17%））*17%=72.65萬，則甲企業扣留130萬-72.65萬=57.35萬。 這種方式最大限度的減少被掛靠企業的稅負風險，促進掛靠企業儘快獲得能夠抵 扣的進項增值稅專用發票。
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