解放前，境內基督教會有兩個派系，一為基督教公理會，一為耶酥家庭。
基督教公理會 清光緒十一年（１８８５），公理會信徒金髮蘭，首次從恩縣龐莊至境內傳教，未果而回。光緒十四年（１８８８），金髮蘭、秦恆瑞再來境內，購買果子巷路南（今二小學分校）的宅房１處。次年又於廠街（今大橋煤廠一帶），購買空宅基一處，修建教堂、學校、醫院及西式房屋數間。光緒二十六年（１９００）六月，皆為義和團所焚。光緒二十七年（１９０１），外國傳教士在《辛丑條約》保護下，重返境內。在西門外（今聊城地區第二人民醫院和針織廠一帶）購地１６０餘畝，興建教堂、學校、醫院。至宣統元年（１９０９）冬，建成可容４００人的教堂１座，男校教學樓、宿舍樓各１座，女校平房數１０間，醫院門診樓（含男、女普通病房）１座，西式住宅樓３座（後增建１座）。成為華北公理會集佈道、教育、醫務三方面機構於一體的７個縣級機構之一。教會在農村的最基層組織——堂會，亦逐漸發展起來。民國２５年（１９３６）規模最大時所轄堂會分佈在東昌（聊城）、堂邑、清平、夏津、茌平、博平、邱縣、威縣、廣宗、清河等１１個縣，計２４處，其中有教產者１４處。抗日戰爭爆發後，日軍幾次佔領臨清，堂會逐漸減少。民國３０年（１９４１）底，日美戰爭爆發後，日軍以暴力手段干預公理會，致使其活動基本停止。
民國１６年（１９２７）至民國２３年（１９３４），境內部分教徒欲組織“華人事主會”，以實現自立。但因美國傳教士的阻撓未能實現。解放後，部分教徒在慶祥街柏濟川家聚會禮拜。１９５６年經牧師彭百祥的倡議，決定成立“三自愛國運動委員會”，以“自信、自傳、自養”和愛國為方針。這一行動受到黨和政府的歡迎，並將福德街的一所宅院撥予教會。“文化大革命”中，“三自”教會被查封，教會人員被批鬥，宗教活動中斷。中共十一屆三中全會後，“三自”教會恢復活動，部分教產歸還教會。１９８２年，“三自愛國運動委員會領導小組”成立，並得到了山東省“三自愛委會”的承認。至１９８５年，境內有教徒聚會點７處，教徒７００餘人。
年會：５０年代前，華北基督教公理會縣級教區稱眾議會，其最高組織為北京的董事部。董事部下設７個眾議會，臨清為７個眾議會之一。眾議會是一種議會制度，其例會稱年會，一般每年２月召開，會期１周左右。議員（亦稱“會員”或“代表”）由各堂會代表、中西牧師、學校校長、中西醫士、正式佈道員及美國傳教士的妻子和呈請議員（即“特邀代表”）組成。會議由代表選出的會正、會副主持，並選舉中英文書記擔任記錄。教會的佈道、教育、醫務等項工作經議員表決後，由各委員會執行，但實權掌握在美國人手中。臨清眾議會年會從民國４年（１９１５）召開第一次會議至民國３５年（１９４６），召開會議３０次。其間因抗日戰爭暴發間斷２次。民國３５年（１９４６）的第三十次年會亦流於形式。
境內基督教公理會主要有以下活動： 佈道：教會的首要工作是佈道，即傳教，由專職人員進行。公理會最高宗教職務稱牧師，一般是本教區宗教界的領袖人物。境內華籍牧師有３人：石福堂、王景灝、彭百祥。牧師以下為佈道員。民國２４年（１９３５），境內有佈道員３０人，其中美籍傳教士２人。
佈道的形式：１在禮拜時講道。２到各堂會走訪教徒進行傳道。清末時，亦曾在社會上公開佈道，但因不受歡迎而取消。另外，還有專人不定期到社會上賣聖書。
為培養神職人員，民國１１年（１９２２），美國牧師懷雅德創立葉氏學道院（因紀念美國牧師葉理士而得名），位於教會大院的西北角上。繼懷雅德之後，華籍牧師王靈泉任院長，美國牧師衛克思為副院長。民國１３年（１９２４）至民國２４年（１９３５），共舉辦６期，畢業生４８人，皆被派往臨清、德州兩地的農村。民國２４年（１９３５），學道院負責人為劉呈祥。 教育：基督教公理會傳入境內後，即著手興建學校，直至清光緒二十六年（１９００）停辦。規模仍近似於建國前的私塾。光緒３１年（１９０５），學校恢復，有男生２０人、女生１３人。光緒三十四年（１９０８），又招收３０餘人。宣統元年（１９０９），學校擴大，男女分校。男校名“育英”（中學），女校名“育貞”（小學），經費由美國總會按期撥付。民國１８年（１９２９），兩校合併為“培真”小學，男女合班，有高級班２個、初級班４個、學生１３０餘人。
民國２２年（１９３３），培真學校停辦。在原男校處建工讀學校１所，校長徐守城，其學制二年，畢業後自謀職業。全校共分竹器、木工、鞋工、白鐵４個組。抗日戰爭爆發後不久停辦，畢業生４０餘人。
抗日戰爭爆發前，各堂會亦有小學，多則１０幾人，少則幾人，以擴大教堂影響，後隨教會的消失而停辦。
此外，公理會還舉辦平民教育，以平民教育促進會的“平民讀物”為教材，增設漢語注音符號班，推廣“識字牌”遊戲。據民國２１年（１９３２）統計，僅臨清一區便有初級班３７個、學生１１００人、畢業生５００餘人，分佈在３２個村莊。義務教職員工１２８人。
醫務：清光緒十四年（１８８８），金髮蘭、秦恆瑞在會通河北支南崖後鋪街辦起醫院和藥房，稱“施醫院”。光緒十六年（１８９０），衛格納醫士來到施醫院，但因時人不相信西醫，故雖免費或少收費，但就診者很少。光緒二十六年（１９００），施醫院改名“華美醫院”，美國醫生高美玉（女）、羅厚敦夫婦、胡保仁夫婦、瑞春生、孔美德（女）、護士孟愛慈（女）、蔡樂爾（女）、聶美麗（女）等來醫院就職。華籍醫士姜××、馬獻、吳瑞芳（女）、劉子剛、楊銘鼎等及護士許秀清亦來華美醫院工作。醫院設有內科、外科、婦產科及男女病房，７０個床位，並有較為先進的手術室。自此，華美醫院影響逐漸擴大。僅民國２３年（１９３４）１年，華美醫院的門診人數即達１２８０８人次。其中住院病人９２０人次，一天最多住院人數達６２人，最少亦有１３人。共作大手術６４次、小手術２２７次，細菌檢查８２１次、透視１４次、Ｘ光照像１３８次。民國２６年（１９３７）至民國２８年（１９３９），華美醫院停辦。民國２８年（１９３９）四月恢復工作時，醫生僅孔美德１人。民國３０年（１９４１）十二月，日美宣戰時，醫院工作最後停止，再未恢復。
節日及禮儀：公理會的宗教活動，主要是星期禮拜和節日聚會。其主要節日有聖誕節、受難節及復活節。洗禮、婚喪是公理會的重要禮儀。
禮拜：基督教認為，星期是主日，每到星期日上午就舉行禮拜，一般持續３個小時左右。教徒未到齊前，佈道員或執事在教堂內分片講道，男女分片。正式禮拜由牧師或佈道員主持並主講。
除星期日禮拜外，如有宗教界名人來教區時，還特邀在星期日以外的時間聚會講道。 聖誕節：１２月２５日，是耶穌基督誕生日。基督教會於此日要舉行紀念活動。節日前幾天，教徒之間即互送聖誕禮品，扎聖誕樹，舉行聖誕晚會，唱詩班練習聖誕歌曲。２４日午夜，活動達到高潮，通宵唱詩“報佳音”。２５日則以耶穌降生為題聚會或舉辦文娛活動。
受難節：公元四世紀時，世界基督教（舊教）尼西亞公會議決定，每年春分月圓後第一個星期五（３月２１日至４月２５日之間）為受難節，紀念耶穌受難。
復活節：受難節後的“安息日”，即星期天，是復活節，紀念耶穌的復活。
洗禮：洗禮是基督教徒入教的重要儀式，受過洗禮的人即正式被承認為教徒。
婚喪：教徒的婚喪大事，可請牧師或佈道員主持儀式。儀式上要讀經、唱詩、祈禱、祝福，祝婚配者和睦幸福，祝死者安息。
耶穌家庭 耶穌家庭是基督教現代時期的一個派系。抗日戰爭爆發前由敬奠壇創辦於泰安馬莊，人稱之為“老家庭”，外地分設者為“小家庭”。民國３３年（１９４４），境內部分“基督教”教徒在胡裡莊鎮郭莊村徐保山捐獻的房子里正式成立“小家庭”共１１人，泰安馬莊派來的王永琳任男“家長”，徐履新任女“家長”。民國３４年（１９４５）春，“小家庭”遷至胡裡莊鎮西北一帶，購地２０畝，修建了簡易禮拜堂和住房，計１０餘間。 耶穌家庭實行“家長制”。參加家庭者須將其財產歸家庭共有，家庭成員必須服從“家長”的命令，否則違背教義。家庭成員的婚姻由“家長”安排結合，不得與家庭以外的人結婚。喪葬及其他宗教活動沒有變化。另外，各地家庭的男、女“家長”須參加正月初一、六月初一在“老家庭”的兩次聚會，彙報工作，並聽取“老家庭”的意見。會期７天。境內“家庭”規模較小，每年亦舉行兩次聚會，由“家長”傳達“老家庭”的意見及“小家庭”今後的活動意見。境內“家庭”內部分為４組：農工組，種田種菜；木工組，做木工活；針線組，負責縫紉；炊事組，做飯燒水。全體成員吃住在一起，共同勞動。
民國３５年（１９４６），胡裡莊鎮西北一帶的“家庭”解體。民國３７年（１９４８），城東楊八里莊成立“小家庭”，“老家庭”派鄭玉琳、馬秀榮到此擔任男、女“家長”。１９５２年，“老家庭”革新改組。１９５３年，境內“家庭”組織解體。１９５６年，原“家庭”成員加入基督教“三自”愛委會。
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