深交所表示，《實施辦法》嚴格遵循《若干意見》確定的試點創新企業監管框架和基本原則，依託現行上市公司監管規則體系作出銜接適用安排。由於本次試點工作涉及境內創新公司、尚未在境外上市紅籌公司和已在境外上市紅籌公司三類主體，還包括股票和存託憑證兩種產品，需要考慮境內外法律法規、公司治理、股權結構、已上市與未上市、股票與存託憑證等差異。所以，《實施辦法》在《證券法》《若干意見》框架下，對不同主體下的不同產品實施針對性的差異化監管安排。主要包括以下方面：
一是上市要求。由於境內創新公司與境內其他上市公司並無實質性差異，故其上市條件、上市申請文件和披露事項均按A股執行，但根據創新業務特點增加了針對其特殊風險的補充規定。而紅籌公司境內發行股票則執行現行境內股票上市條件，紅籌公司境內存託憑證上市則設置了單獨上市條件。同時，針對具有投票權差異安排的紅籌公司，從特別投票權股東資格、持股比例、永久或臨時恢復普通表決權情形等方面做出了特別要求。
二是公司治理。根據《若干意見》，紅籌公司股權結構、公司治理、運行規範等事項可適用公司註冊地公司法等，不要求改變其原有的治理機制與決策程序，同時對董事履職調整了適用安排。
三是信息披露。持續信息披露在原則遵守現行信息披露制度的基礎上，針對不同試點主體作出適應性調整。如充分考慮已在境外上市紅籌公司面臨監管差異和轉換成本，對其定期報告、業績預告、重大交易、關聯交易等事項的披露標準與時點作出適應性調整。為充分保障投資者合法權益，特別強化了風險揭示要求。
四是退市安排。與上市安排相對應，境內創新公司股票的退市要求，適用境內法律和《上市規則》的規定，但針對未盈利和未彌補虧損的創新企業，明確上市後觸發相關退市情形的會計年度從公司股票上市後首個完整會計年度起算。針對存託憑證特殊機制，排除了社會公眾持股比例和一定期間內累計成交量等不適應性指標，特別強化了存託憑證終止上市後的投資者保護要求。
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