公司章程通常被人們稱為“公司的憲章”，是公司活動應當遵從的根本準則，其在公司中的法律地位毋庸置疑。股東協議是指全體股東就公司事項協商一致後達成的協議，往往體現了公司全體股東的最真實意思，因此對全體股東更具約束力。因二者對於公司股東的效力不分伯仲，在規定不明的情況下，二者往往會產生衝突，實務中就經常出現公司股東根據其一，提出不同主張從而引發糾紛的案例。那麼如何避免和解決二者的衝突，結合實務談幾點體會。
一、重視公司章程的制定
在設立公司時，發起人應當充分協商，共同制定公司章程，除必須包括法定內容外，要對本公司的特有事項做出原則規定。
要避免簡單從事，套用網上模板，就是借用網絡模板也應當針對自己公司情況做出相應調整，切不可照搬照抄。針對部分地方工商局在公司登記時只允許使用其提供的模板，而只讓填空的做法，發起人應當據法力爭使用自己制定的公司章程。即使不成，也要儘量在公司章程加入一條“公司章程未盡事項，以公司股東協議為準”。這樣做的目的只有一個，那就是避免公司章程規定不清引發的糾紛。
二、協調公司章程和股東協議的不同作用
二者雖然都是全體股東共同協商制定的，但二者在效用上還是存在區別。公司章程一經合法制定，不僅對全體股東有效，而且對公司的董事、監事、經理等公司職工，甚至公司經營的相對人都有效力，表現出了類似規章的公示效力。股東協議的效力一般只限於公司股東，涉及的範圍也只限於協議約定的事項，表現的是合同效力。
基於二者以上的效力特點，在擬定時就要有所側重，在制定公司章程時，要注重體現其的公示作用，只對公司的重大事項作出原則規定。並且賦權股東可就未盡事項做出約定。股東協議則要著眼規範股東的權利義務，任務分工，股份代持，表決權的分配行使，股權的轉讓退出等比較具體的事項。而且要明確這些約定具有優先效力。
三、遵循基本法律原則解決二者的衝突
在公司章程與股東協議出現不同規定，或者是一些條款引發爭議時。首先，如果爭議涉及股東之外的第三人，那麼在第三人不知股東協議的情況下，只能適用公司章程的規定。其次，如果股東間根據公司章程和股東協議提出不同主張的，一般應當優先適用股東協議的約定，這就如同普通法與特別法的關係。再次，如果公司章程經過修改後，其中的規定與之前制定的股東協議發生了衝突，這時一般應適用公司章程，這就是新法優於舊法的原則。最後，控股股東利用2/3表決權修改公司章程違背股東協議損害小股東利益的，小股東可以共同簽訂的股東協議提出抗辯。
以上是解決公司章程和股東協議衝突的大致思路。在實務中公司章程和股東協議發生衝突的情況要複雜的多，須具體情況具體分析，這裡只是最基本的原則而已。
