第二次鴉片戰爭以及英法聯軍攻破北京、火燒圓明園，同時也燒掉了清朝上層中保守派的堡壘。改革與積極進取的呼聲開始佔據高層決策的主導意見。總理各國事務衙門的成立，是標誌著官方主動應對外部侵略與自我救亡的重大舉措。太平軍的平定，借重了西方的武力，亦使清朝的封疆大吏們切身體會到了西方工業的先進。東南各省的大員紛紛採取學習、引進的措施，建立機構、翻譯西書、開辦廠礦，試圖在工業領域做出成績，趕上西方。“富國”“強兵”成為這一時代的兩大主題。中國也就此開始了現代化的艱難歷程。
被燒掉的圓明園
從第一次鴉片戰爭的節節敗退、簽訂喪權辱國的《南京條約》等一系列合約到十幾年後條約規定的換約時間，中間發生了許多事情。但是，沒有任何跡象表明清朝統治者做好了從恥辱中改變與奮起的準備。
以條約羈縻各國，贏取時間“自圖振興”。
《南京條約》等一系列條約的簽訂，對於大多數中國人來說，無疑是一記棒喝。然而對於道光皇帝和辦理交涉事務的官僚來講，卻是一種解脫。他們慶幸終於擺脫了洋人要直接到北京談判的麻煩，以把洋人的活動限制在五個開放口岸而沾沾自喜。戰後，耆英以《南京條約》簽訂人的身份獲得了空前的權力，就足以說明這一點。除了廣州人堅決反對洋人進入城內而發起了聲勢浩大的抵抗運動、幾個士大夫痛心疾首地編著了幾本瞭解外國的著作外，沒有任何跡象表明這一事件對這個體制產生了多大的震動。
《南京條約》簽訂場景
按照道光二十四年（1844年）簽訂的中美和中法條約，在十二年後應該重新修訂合約。這是列強預留的進一步侵略的伏筆，但大清政府完全沒有應對。十二年後，當英、法、美三國公使共同要求修訂條約的時候，道光皇帝的指令是一定要維護《南京條約》等“萬年合約”的完善安排，禁止提出其他要求。僅僅過了十幾年，鴉片戰爭失敗的屈辱感已經一掃而光，甚至成了朝廷堅守的底線。
第二次鴉片戰爭的一系列條約，構成了一個堅固的條約體系，將中國牢牢地禁錮在外國的特權之下，直到1945年雅爾塔會議前，中國一直未能擺脫這個體系的掠奪。英法聯軍攻佔首都、迫使皇帝外逃、焚燬號稱“萬園之園”的皇家園林，標誌著這個自稱世界中心的文明古國被徹底打敗並遭到無情的羞辱。1840年以來清朝僅存的一點尊嚴喪失殆盡。四年後，完全是由於太平天國內部的原因而使得清朝得以將其徹底鎮壓。簽訂條約後，暫時的平靜與內部危機的暫時消失，使得一部分漢族士大夫開始從更深層次來思考二十多年來的內憂外患，其結果就是中國第一次現代化的努力。
咸豐十年（1860年），在英法聯軍攻入北京後，負責留京談判的恭親王奕訢會同大學士桂良、文祥上了一個奏章—《通籌夷務全局酌擬章程六條折》。這個奏章是受到嚴重挫折的清政府統治階層對兩次鴉片戰爭失敗的一個全面反思和總結的文件，它在認識上的一個重大突破是終於承認俄、英、法、美等國在實力上強於清朝，無論“剿”還是“撫”都將面臨國家利益的喪失。其次是建議成立專門的機構來處理夷務，以同等國家的身份來對待這些遠道而來的國家，不再以進貢、藩邦等形式來處理。這就促成了近代中國外交體系的形成，這就是最終的總理衙門。
總理衙門
編練新軍，發展軍工企業。
在對外和對內的戰爭過程中，清朝原有的以八旗和綠營為主的軍事體制遭到徹底失敗。新式團練湘軍、淮軍具有較強的戰鬥力，但裝備和管理與外國比還是非常落後。第二次鴉片戰爭後，西方國家的在華利益已經與清朝政府緊緊維繫在一起，所以他們不斷建議清朝訓練和建立新式軍隊。這樣，在晚清的歷史舞臺上，最早出現了“練軍”這一新式的軍隊形式。在此後的若干年中，“編練新軍”成為清朝政治舞臺上經常出現的現象，而這些新軍則對以後的歷史產生了重要的影響。
湘軍
由於新式軍隊對槍炮、輪船的需求量大增，從外國購買價格昂貴而且週轉時間太長，所以各省大員們紛紛開始興辦製造槍炮的軍事工業。從全國來看，到甲午戰爭前，全國各省設立的軍工企業已經遍佈十八省，達到三十四家。
在奕訢等人的主持下，朝廷建立了比較順暢的外交體系，各省的大員也積極主動地更新舊式軍制和裝備，清朝在甲午戰爭前的三十多年中，軍工業的發展道路開始納入現代化的軌道。與西方列強相比，中國的軍事工業雖然還顯得非常幼稚、落後，但畢竟走出了傳統的冷兵器時代，進入了大規模工業生產的時代。
軍工企業
官督商辦，大規模興辦民用工業。
洋務派官僚在創辦軍事工業的時候，已經面臨經費浩大，交通、通訊落後等一系列問題的制約，他們訪問西方各國後所提交的各種報告也都對列強的富裕與文明給予重要篇幅，說明發展國家經濟以支持政府和軍事的重要性已被廣泛認識。李鴻章在光緒二年（1876年）九月奏稱：“中國之積弱不振，皆因貧窮之故。”他指出國家“必先富而後能強，尤必富在民生，而國本乃可益固”。因此，從同治末年開始，各種以“富國”為目標的民用工業開始大規模興辦。
由於各地軍工企業的興起，煤炭等能源日趨緊缺。因此李鴻章等人開始建議開設煤礦，以廣利用。光緒四年（1878年），位於直隸的開平礦務局成立，開辦開平煤礦。到光緒十年（1884年），全國總共開辦十二個煤礦，其中大多數是官督商辦。
“官督商辦”是晚清民用工業普遍採取的一種管理形式，這是在特殊的歷史背景下出現的一種企業管理模式。現代工礦業、鐵路、航運等行業對於民間商人來說都是新生事物，完全採用民營需要民間有一個認識的過程。而政府在這個過程中也在逐步增加認識，從開始的限制到主動設局招商，促進了工業的發展。但是這些企業的經營管理卻掌握在官方手中，這就為官僚作風和貪汙腐敗提供了機會。所以，
官督商辦的企業在近代中國社會雖然起了重大作用，但其發展一直處於艱難曲折之中。在第二次鴉片戰爭後的短短三十多年中，中國社會從完全閉塞、對外界沒有認知，到輪船、電報、鐵路四通八達，發生了翻天覆地的變化，這對於中國以後的發展來說影響較深。
官督商辦企業
籌建海軍，掌握制海權。
兩次鴉片戰爭，列強的戰艦在中國沿海來去自由，使得清朝的陸軍在沿海各省疲於奔命。從16世紀開始，西方各國已經進入了海洋時代，海上貿易、殖民拓展、海軍爭霸成為世界的主題。掌握制海權成為西方各國的主要軍事戰略。於是朝廷上下展開了一場關於海防的討論。最後朝廷決定創建北洋、東洋、南洋三支外洋海軍，任命李鴻章和沈葆楨分別督辦北洋、南洋防務。但是由於政治鬥爭和外國勢力的阻撓，海軍建設並沒有取得理想的結果。到光緒十年（1884年）中法戰爭時，只初步建成了五支各自為戰、殘缺不全的艦隊。其中最大的是北洋水師，總共花費白銀一千二百萬兩，最後建成一支擁有大小艦船十五艘、總噸位一萬二千二百九十六噸的海軍。它與其他如南洋海軍、福建海軍、廣東海軍、浙江海軍等幾支小型艦隊，構成了中國海軍的雛形。清朝後期，由於朝廷的政治鬥爭，北洋海軍連續多年無法添置新的艦船，最後甚至出現了李鴻章挪用海軍軍費為慈禧太后修建頤和園的荒唐行徑。
晚清海軍的建設步履艱難，一方面是內部因素，朝廷有以左宗棠為代表的主張應該優先防禦西北俄國邊疆的“塞防論”與以李鴻章為代表的“海防論”的爭論，導致籌辦海軍在政策、經費方面面臨巨大壓力。另一方面，清朝於同治元年（1862年）委託英國人購買艦隊，英國人李泰國與後來僱用的艦隊指揮阿斯本所表現出的專橫跋扈與野蠻無理，導致艦隊最後解散。 同樣，在隨後的中日甲午戰爭中，當北洋水師在抗擊日本海軍的攻擊之時，南洋水師卻宣佈保持“中立”。這就涉及政治體制的問題。在落後的政治體制下，清朝海軍的失敗是不可避免的。
北洋水師
新政夭折
也就是在這個時期，佔據著清朝統治金字塔最頂端的人既不是皇帝，也不是權臣，而是咸豐皇帝的遺孀——太后慈禧。 咸豐皇帝在英法聯軍攻入北京的時刻倉皇逃出北京城，前往熱河避暑。然而，身體虛弱卻過度沉湎於酒色的他再也沒能回來，他死在了熱河。在彌留之際，他立六歲的兒子載淳為太子。他的這個決定也決定了大清王朝的最終歸宿，因為新皇帝的生母正是葉赫那拉氏慈禧。在以後的近五十年中，慈禧將是這個國家真正的主人。
慈禧太后像
光緒十年（1884年）中法戰爭期間，保守派官僚對他發起猛烈的抨擊，慈禧一口氣摘掉了四位軍機大臣的頂戴。這使得奕訢逐漸失去勢力，淡出政壇。此後的中樞領導為身為海軍衙門主管的醇親王，以及領班軍機大臣禮親王。這兩人都是庸碌無能之人，從此，清朝中央再也沒有出現過有能力的領導人。
洋務運動很大程度上依賴於地方大員的經營，而每個決策都會面臨來自所謂“保守派”的攻擊。保守派大臣大多是那些飽讀詩書的清流人士，他們痛恨列強的侵略，但認為任何妥協、談判的行為都是喪權辱國，任何學習西方的行為都會導致以夷變夏，使得華夏文明遭到玷汙。這種道德上的純淨主義在價值上是可貴的，但在社會實際的層面，卻往往無所作為。從另外一個角度來看，保守派對洋人的指責和擔心在若干年後都變為了現實。
