新疆维吾尔自治区辖3个地级市、6个地区、5个自治州，13个市辖区、21个县级市、62个县、6个自治县。
乌鲁木齐市
市辖区：天山区、沙依巴克区、新市区、水磨沟区、头屯河区、达坂城区、米东区
市辖县（市）：乌鲁木齐县
克拉玛依市
市辖区：独山子区、克拉玛依区、白碱滩区、乌尔禾区
吐鲁番市
市辖区：高昌区
市辖县（市）：鄯善县、托克逊县
哈密地区
市辖县（市）：哈密市、伊吾县、巴里坤哈萨克自治县
阿克苏地区
市辖县（市）：阿克苏市、温宿县、库车县、沙雅县、新和县、拜城县、乌什县、阿瓦提县、柯坪县
喀什地区
市辖县（市）：喀什市、疏附县、疏勒县、英吉沙县、泽普县、莎车县、叶城县、麦盖提县、岳普湖县、伽师县、巴楚县、塔什库尔干塔吉克自治县
和田地区
市辖县（市）：和田市、和田县、墨玉县、皮山县、洛浦县、策勒县、于田县、民丰县
昌吉回族自治州
市辖县（市）：昌吉市、阜康市、呼图壁县、玛纳斯县、奇台县、吉木萨尔县、木垒哈萨克自治县
博尔塔拉蒙古自治州
市辖县（市）：博乐市、精河县、温泉县、阿拉山口市
巴音郭楞蒙古自治州
市辖县（市）：库尔勒市、焉耆回族自治县、轮台县、尉犁县、若羌县、且末县、和静县、和硕县、博湖县
克孜勒苏柯尔克孜自治州
市辖县（市）：阿图什市、阿克陶县、阿合奇县、乌恰县
伊犁哈萨克自治州（全国唯一副省级自治州)
自治州直辖县（市）：伊宁市、奎屯市、霍尔果斯市、尼勒克县、伊宁县、霍城县、巩留县、新源县、昭苏县、特克斯县、察布查尔锡伯自治县
塔城地区：塔城市、乌苏市、额敏县、沙湾县、托里县、裕民县、和布克赛尔蒙古自治县
阿勒泰地区：阿勒泰市、布尔津县、富蕴县、福海县、哈巴河县、青河县、吉木乃县
自治区直管市：
石河子市、阿拉尔市、图木舒克市、五家渠市、北屯市、铁门关市、双河市、可克达拉市。
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